Journal of The Korean Society of Grassland and Forage Science
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v.40
no.4
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pp.279-284
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2020
This study aimed to analyze ruminal fermentation, methane emissions, and methanogen levels for different forage feed type and concentrate feed ratios. Alfalfa hay, oat hay, and a feed concentrate were used for in vitro fermentation experiments, at ratios of 9:1, 5:5, and 1:9 (forage:concentrate). After 24 h of incubation, rumen fermentation and methanogen level changes were evaluated. In the low forage treatments, the total gas, CH4, NH3-N, true dry matter digestibility, and total volatile fatty acid were higher than the other treatments, which were used as the parameters on which to assess rumen fermentation (P < 0.05). The feed ratio influenced the copy number for the total archaea and the genus Methanobrevibacter (P = 0.015, P = 0.010). The copy number result trend was like that for CH4 per digested dry matter (DDM). The PCR results and methanogen copy number analysis indicated that the composition of the methanogens affected the CH4 levels, not their copy number. The results of this study can be applied to predict rumen fermentation and methane emission patterns for cattle fed a variety of feedstuffs.
Animal experiments are essential to the study of animal nutrition. Because of the large variations among individual animals and ethical and economic constraints, experimental designs and statistical analyses are particularly important in animal experiments. To increase the scientific validity of the results and maximize the knowledge gained from animal experiments, each experiment should be appropriately designed, and the observations need to be correctly analyzed and transparently reported. There are many experimental designs and statistical methods. This editorial does not aim to review and present particular experimental designs and statistical methods. Instead, we discuss some essential elements when designing an animal experiment and conducting statistical analyses in animal nutritional studies and provide guidelines for submitting a manuscript to the Asian-Australasian Journal of Animal Sciences for consideration for publication.
Objective: RNA epigenetic modifications play an important role in regulating immune response of mammals. Bovine mastitis induced by Staphylococcus aureus (S. aureus) is a threat to the health of dairy cattle. There are numerous RNA modifications, and how these modification-associated enzymes systematically coordinate their immunomodulatory effects during bovine mastitis is not well reported. Therefore, the role of common RNA modification-related genes (RMRGs) in bovine S. aureus mastitis was investigated in this study. Methods: In total, 80 RMRGs were selected for this study. Four public RNA-seq data sets about bovine S. aureus mastitis were collected and one additional RNA-seq data set was generated by this study. Firstly, quantitative trait locus (QTL) database, transcriptome-wide association studies (TWAS) database and differential expression analyses were employed to characterize the potential functions of selected enzyme genes in bovine S. aureus mastitis. Correlation analysis and weighted gene co-expression network analysis (WGCNA) were used to further investigate the relationships of RMRGs from different types at the mRNA expression level. Interference experiments targeting the m6 A demethylase FTO and utilizing public MeRIP-seq dataset from bovine Mac-T cells were used to investigate the potential interaction mechanisms among various RNA modifications. Results: Bovine QTL and TWAS database in cattle revealed associations between RMRGs and immune-related complex traits. S. aureus challenged and control groups were effectively distinguished by principal component analysis based on the expression of selected RMRGs. WGCNA and correlation analysis identified modules grouping different RMRGs, with highly correlated mRNA expression. The m6 A modification gene FTO showed significant effects on the expression of m6 A and other RMRGs (such as NSUN2, CPSF2, and METTLE), indicating complex co-expression relationships among different RNA modifications in the regulation of bovine S. aureus mastitis. Conclusion: RNA epigenetic modification genes play important immunoregulatory roles in bovine S. aureus mastitis, and there are extensive interactions of mRNA expression among different RMRGs. It is necessary to investigate the interactions between RNA modification genes regulating complex traits in the future.
Lim, Dajeong;Gondro, Cedric;Park, Hye Sun;Cho, Yong Min;Chai, Han Ha;Seong, Hwan Hoo;Yang, Bo Suk;Hong, Seong Koo;Chang, Won Kyung;Lee, Seung Hwan
Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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v.26
no.5
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pp.603-608
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2013
Hanwoo have been subjected over the last seventy years to intensive artificial selection with the aim of improving meat production traits such as marbling and carcass weight. In this study, we performed a signature of selection analysis to identify recent positive selected regions driven by a long-term artificial selection process called a breeding program using whole genome SNP data. In order to investigate homozygous regions across the genome, we estimated iES (integrated Extended Haplotype Homozygosity SNP) for the each SNPs. As a result, we identified two highly homozygous regions that seem to be strong and/or recent positive selection. Five genes (DPH5, OLFM3, S1PR1, LRRN1 and CRBN) were included in this region. To go further in the interpretation of the observed signatures of selection, we subsequently concentrated on the annotation of differentiated genes defined according to the iES value of SNPs localized close or within them. We also described the detection of the adaptive evolution at the molecular level for the genes of interest. As a result, this analysis also led to the identification of OLFM3 as having a strong signal of selection in bovine lineage. The results of this study indicate that artificial selection which might have targeted most of these genes was mainly oriented towards improvement of meat production.
The Yeonsan Ogye (YO) chicken is a natural heritage of Korea, characterized by black feathers, skin, bones, eyes, and comb. The purebred of YO population has been reared under the natural mating system with no systematic selection and breeding plan. The purpose of this study was to identify the genetic diversity and find the optimal number of population sub-division using 12 polymorphic microsatellite (MS) markers to construct a pedigree-based breeding plan for the YO population. A total of 509 YO birds were used for this study. Genetic diversity and population structure analysis were conducted based on the MS marker genotype information. The overall average polymorphic information content value and expected heterozygosity of the population were 0.586, and 0.642, respectively. The K-mean cluster analysis based on the genetic distance result confirmed that the current YO population can be divided into three ancestry groups. Individuals in each group were evaluated based on their genetic distance to identify the potential candidates for a future breeding plan. This study concludes that a future breeding plan with known pedigree information of selected founder animals, which holds high genetic diversity, could be the best strategy to ensure the conservation of the Korean YO chicken population.
Objectives This study is to review the effect of pharmacopuncture on treatment of osteoporosis in animal models reported in korean domestic journals. Methods The databases (Koreantk, KISS, NDSL) were searched with term as osteoporosis, and animal study reports on osteoporosis with pharmacopuncture were reviewed. Animal model, intervention, and osteoporosis indicator were extracted. Results 22 articles were reviewed. 11 studies used ddy mouse and 9 studies used SD rat. 20 studies used ovariectomy to induce osteoporosis. 21 studies used simple pharmacopuncture. Cervi pantotrichum cornu was most frequently used pharmacopuncture and Umgok (KI10) was most frequently used acupuncture point. Each study shows significant changes of osteoporosis indicators. Conclusions Pharmacopuncture is expected to be a positive effect on osteoporosis.
This study was carried out to obtain the basic data for the development of the solid fuel with investigating the characteristics of mixtures of animal wastes and wasted coal and supply it as an energy resource to agricultural farms for heating of agricultural facilities. It was investigated for the characteristics of animal wastes (swine waste, swine waste with sawdust, cattle waste), wasted coal, the mixtures of animal wastes and wasted coal with or without mixing seawater. The characteristics of solid fuel according to the mixture ratio of animal wastes and wasted coal were analyzed. The effects of seawater affecting on calorific value and thermal pyrolysis of solid fuels were investigated. The results of this study are as follows: 1) The calorific value was improved with mixing seawater into wasted coal due to chemical reaction. 2) The diverse solid fuels of various calorific values can be made with adjusting the ratio of animal wastes and wasted coal. 3) Animal wastes and wasted coal had each different reaction temperature of thermal pyrolysis and the decreasing rate of weight. 4) The mixture of animal wastes and wasted coal would be ignited easily. Therefore, the solid fuel could be ignited more conveniently when seawater is mixed with it.
Objective: Loin muscle area (LMA) is an important target trait of pig breeding. This study aimed to identify single nucleotide polymorphisms (SNPs) and genes associated with LMA in the Duroc×(Landrace×Yorkshire) crossbred pigs (DLY). Methods: A genome-wide association study was performed using the Illumina 50K chip to map the genetic marker and genes associated with LMA in 511 DLY pigs (255 boars and 256 sows). Results: After quality control, we detected 35,426 SNPs, including six SNPs significantly associated with LMA in pigs, with MARC0094338 and ASGA0072817 being the two key SNPs responsible for 1.77% and 2.48% of the phenotypic variance of LMA, respectively. Based on previous research, we determined two candidate genes (growth hormone receptor [GHR] and 3-oxoacid Co A-transferase 1 [OXCT1]) that are associated with fat deposition and muscle growth and found further additional genes (MYOCD, ARHGAP44, ELAC2, MAP2K4, FBXO4, FBLL1, RARS1, SLIT3, and RANK3) that are presumed to have an effect on LMA. Conclusion: This study contributes to the identification of the mutation that underlies quantitative trait loci associated with LMA and to future pig breeding programs based on marker-assisted selection. Further studies are needed to elucidate the role of the identified candidate genes in the physiological processes involved in LMA regulation.
Choudhary, Shanti;Li, Wenli;Bickhart, Derek;Verma, Ramneek;Sethi, R.S.;Mukhopadhyay, C.S.;Choudhary, Ratan K.
Journal of Animal Science and Technology
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v.60
no.7
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pp.18.1-18.12
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2018
Background: Xanthosine treatment has been previously reported to increase mammary stem cell population and milk production in cattle and goats. However, the underlying molecular mechanisms associated with the increase in stem cell population and milk production remain unclear. Methods: Primiparous Beetal goats were assigned to the study. Five days post-partum, one mammary gland of each goat was infused with xanthosine (TRT) twice daily ($2{\times}$) for 3 days consecutively, and the other gland served as a control (CON). Milk samples from the TRT and CON glands were collected on the 10th day after the last xanthosine infusion and the total RNA was isolated from milk fat globules (MEGs). Total RNA in MFGs was mainly derived from the milk epithelial cells (MECs) as evidenced by expression of milk synthesis genes. Significant differentially expressed genes (DEGs) were subjected to Gene Ontology (GO) terms using PANTHER and gene networks were generated using STRING db. Results: Preliminary analysis indicated that each individual goat responded to xanthosine treatment differently, with this trend being correlated with specific DEGs within the same animal's mammary gland. Several pathways are impacted by these DEGs, including cell communication, cell proliferation and anti-microbials. Conclusions: This study provides valuable insights into transcriptomic changes in milk producing epithelial cells in response to xanthosine treatment. Further characterization of DEGs identified in this study is likely to delineate the molecular mechanisms of increased milk production and stem or progenitor cell population by the xanthosine treatment.
Cho, Kyung Uk;Choe, Byung-In;Kim, Hwi Yool;Han, Jin Soo;Kim, Jin Suk
Korean Journal of Veterinary Research
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v.49
no.1
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pp.91-99
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2009
The concept about zoo is changing from the animal exhibition which simply contained the animals to the ecological zoo which has the function of preserving the animal species. At the central point of maintaining such role, the basic principle called the animal welfare lies obviously. Korea has applied the animal welfare principles such as carrying out the enrichment in the zoos since 2003, but there has not been any institutional device to evaluate and examine the application of the animal welfare so far. This study aims to confirm the level of animal welfare in Korea and suggest a developmental direction. For the purpose of the study, 12 zoos in Korea were evaluated according to 68 evaluating categories. 'Five Principles of Animal Welfare' in the Secretary of State's Standards of Modern Zoo Practice were selected and carried out as the evaluation categories, and the result, from the highest to lowest score given, was 'provision of food and water', 'provision of protection from fear and distress', 'provision of health care', 'provision of an opportunity to express most normal behaviours', and 'provision of a suitable enrichment' with the overall score of the entire Korean zoos being 2.86 (${\pm}$ 0.56). It was also confirmed that in order to improve the animal welfare of the Korean zoos, the animal management system must be standardized and organized. The evaluation and feedback, the active practice of animal welfare and its legislative support should be provided to establish an effective institutional device as well.
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