• 생명과학회지
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• 제28권2호
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• pp.195-200
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• 2018

베타아사론은 널리 알려진 석창포의 주요 효능 성분이다. 본 연구에서는 모기의 oviposition 페로몬 성분인 MOP와 석창포 효능성분 베타아사론의 열대집모기 후각 단백질 CquiOBP1 활성 부위에 대한 친화도 분석 실험을 컴퓨터 분자결합 분석 방법을 통해 비교하였다. CquiOBP1 후각 단백질의 3차원 구조 정보는 PDB database (PDB ID: 3OGN)를 활용하였다. In silico 결합 분석을 수행하기 위해 PyRx, Autodock Vina, Discovery Studio Version 4.5, and NX-QuickPharm 프로그램을 각 분석 조건에 따라 활용하였다. CquiOBP1 후각단백질 활성 부위에 대한 베타아사론의 결합친화도는 -6.40 kcal/mol으로 나왔으며 이는 -6.00 kcal/mol으로 나온 MOP의 결합친화도 보다 훨씬 더 높고 효율적인 것으로 분석되었다. 리간드와 상호작용 하는 CquiOBP1단백질 활성 부위의 아미노산들 가운데 TRP114가 공히 MOP와 베타아사론과 결합 하였다. CquiOBP1 단백질 활성부위의 아미노산들을 전혀 다른 전기적 성질을 지닌 아미노산으로 치환 시킨 후 분자결합 분석을 해 본 결과 리간드들의 X,Y,Z Grid 값에 현격한 변화가 유도되었으며 결합 친화도 또한 감소되었다. 이러한 결과를 통하여 베타아사론은 CquiOBP1 단백질 활성을 조절하는 리간드로서 효과적으로 작용할 것으로 보인다. 결론적으로 석창포 추출물 또는 베타아사론은 곤충기피제 신물질 연구 개발 분야에 효율적으로 활용할 수 있을 것으로 사료된다.

• 한국어병학회지
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• 제14권1호
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• pp.31-36
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• 2001

해수에 적응된 뱀장어, Anguilla japonica의 장 세포막으로부터 새로운 clonidine의 결합부위가 있음이 밝혀졌다. Clonidine의 특이적인 결합부위는 적어도 2개의 부위 (high affinity $K_d=1.4{\pm}0.3$ nMn= 5, low affinity $K_d=175{\pm}34$ nM)를 가지고 있었다. 2nM [$^3H$]clonidine의 특이적인 결합은 $20^{\circ}C$, pH 7.5에서 최적 결합능을 가지고 있었고, 라벨되지 않은 clonidine에 의해 가역적인 반응을 보였다. 이러한 결합은 adrenaline, yohimbine과 rauwolscine에 의한 저해능은 약하였다. 그리고 대부분의 결합부위는 $\alpha_2$-adrenoceptor와는 상이하였다. Clonidine의 특이적인 결합은 다양한 imidazoline/guanidinium약물에 의해 억제되었다. Competition 실험의 결과, 2nM[$^3H$]clonidine의 치환 rank order는 다음과 같다. guanabenz > cirazoline = naphazoline=UK14,304= ST587 $\geq$ clonidine $\geq$ idazoxan = RX821002 = tolazoline > ST93 = oxymetazoline = amiloride = ST91 > yohimbine = efaroxan = rauwolscine $\geq$ adrenaline = ST567 = histamine = agmatine. 이러한 순서는 포유류에 분류된 imidazoline receptorl($I_1$), imidazoline receptor 2($I_2$) 및 imidazoline/guanidinium receptive sites(IGRS)형태와는 틀리기 때문에 새로운 imidazoline receptor라고 생각된다. 지금까지 보고된 포유류의 세포와 조직에서 IGRS의 생리학적인 역할은 명확하지 않지만, 해수뱀장어 장은 IGRS의 세포에 있어서의 역할 그리고 IGRS의 내인성(內因性) ligand가 무엇인가에 대한 좋은 모델이 될 수 있다고 생각되어진다.

• 대한핵의학회지
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• 제17권2호
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• pp.35-40
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• 1983

To evaluated the usefulness of cultured human fibroblast for insulin receptor assay, the authors cultured fibroblast from biopsied normal adult female eyelid skin and assayed the insulin receptor with radioreceptor assay method. From the data obtained, percent of labeled insulin bound, numbers of insulin binding sites, affinity constants(Ka) and affinity of the empty sites(Ke) were calculated. The results were as follow; 1) The percent radioactivity bound of cultured fibroblast reached plateau at 4 hours $15^{\circ}C$ incubation. 2) The scatchard plot of insulin binding to cultured human fibroblast was curvilinear and the affinity to receptor was decreased with increased receptor occupancy. 3) The numbers of high affinity, low affinity and total insulin receptor of cultured fibroblasts were 852, 24,800 and 25,652 sites per cell. 4) High and low affinity constants of cultured fibroblasts were $3.4\times^{10}M^{-1},\;and\;1.08\times10^8M^{-1}$, and the affinity of empty site was $5.0\times10^8M^{-1}$.

• KSBB Journal
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• 제16권2호
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• pp.170-173
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• 2001

Liposome-amino acid conjugates were prepared using dipalmitolyphosphatidylcholine(DPPC) and hydrophobically modified asparagine. A microdialyzer was used to measure glucose diffusion. The glucose binding affinity of DPPC-ODA-asparagine liposomes higher than that of DPPC liposomes and distilled water. The size of DPPC-ODA-asparagine was approximately 75-150 nm. Cholesterol increased the stability of liposomes, and reduced the size of liposome particles.

• 한국응용약물학회:학술대회논문집
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• 한국응용약물학회 1994년도 춘계학술대회 and 제3회 신약개발 연구발표회
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• pp.290-290
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• 1994

The binding characteristic of oxomemazine to muscarinic receptor in the cerebrum, heart, and ileum were compared to those of pirenzepine to investigate whether oxomemazine could classify the muscarinic receptor subtypes. 〔$^3$H〕Quinucl idinyl benzilate(QNB) identified a single class of muscarinic receptors with apparent K$\sub$D/ value of about 60 pM in three tissues. Analysis of the pirenzepine inhibition curve of 〔$^3$H〕QNB binding to cerebral microsome indicated the presence of two receptor subtypes with high (Ki=16 nM, M$_1$-receptor) and low (Ki=400 nM, M$_2$-receptor) affinity for pirenzepine. Oxomemazine also identified two receptor subtypes with high (Ki=84 nM, On-receptor) and low (Ki=1 4 ${\mu}$M, O$\sub$L/-receptor) affinity in rat cerebral microsome, The percentage population of the M$_1$-and M$_2$-receptors to the total receptors were 61 : 39, and those of the O$\^$H/- and O$\sub$L/-receptors 39 : 61, respectively, However, the Hill coefficients of these two drugs for the inhibition of 〔$^3$H〕QNB binding to the heart and ileum were close to unity which indicated that these drugs bound to a uniform population of receptors in these two tissues. The Ki values for the low affinity sites of pirenzepine and oxomemazine in the cerebrum were similar to those of these drugs in the heart ileum. Both pirenzepine and oxomemazine increased K$\sub$D/ value for 〔$^3$H〕QNB without affecting the binding sites concentration and Hill coefficient for the 〔$^3$H〕QNB binding. Oxomemazine had a 10-fold lower affinity at Ma-receptors than at M$_1$-receptors, and pirenzepine a 8-fold lower affinity at O$\sub$L/-receptors than OH-receptors. Analysis of the shal low competition curves of oxomemazine for the H$_1$ receptors and pirenzepine for the O$\sub$L/-receptors yielded that 69% of the M$_1$-receptors were of the O$\sub$H/-receptors and the remaining 31% of the O$\sub$L/-receptors, and that 29% of the O$\sub$L/-receptors were of the M$_1$-receptors and 71% of the M$_2$-receptors. However, M$_2$ for oxomemazine and O$\sub$H/ for pirenzepine were composed of a uniform population. These results suggest that oxomemazine could discriminatethe muscarnic receptor subtypes and may subclassify the M$_1$-receptors into two subtypes.

• 미생물학회지
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• 제32권2호
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• pp.102-108
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• 1994

ABF1(Autonomously replicating sequence Binding Factor 1)은 효모 genome에서 $RTCRYN_5ACG$의 염기 서열을 가지고 있는 promoter, mating-type silencer, ARS에 결합하는 DNA binding 단백질이다. E. coli 에서 ABF1 유전자를 발현하기 위하여, ABF1 유전자를 pMAL-c2 벡터에 cloning하였다.(pMAHW). pMAHW를 E. coli에 형질전환하여, ABF1 융합단백질을 발현시키고, amylose resin affinity chromatography에 의하여 분리하였다. Factor Xa protease를 이용하여 분리된 융합단백질로부터 maltose binding protein을 잘라낸 후에 gel retardation analysis 방법으로 분리된 ABF1이 ARS1에 결합하는 능력을 지니고 있음을 확인하였다. DNA 결합에 관련된 부위를 찾기 위하여, 비전형적인 zinc finger motif가 위치하는 자리에서 pMAHW의 ABF1 유전자에 His-61을 다른 아미노산으로 치환하였다. DNA binding 부위로 추정되는 ABF1 단백질의 중간지역에 Leu-353, Leu-360를 다른 아미노산으로 치환하였다. Site-specific mutagenesis 를 통해 만들어진 mutant를 gel retardation analysis와 complementation test를 통해서 비전형적인 zinc finger motif이외에 다른 DNA binding motif가 있는 것을 알 수 있었다.

• Bulletin of the Korean Chemical Society
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• 제31권2호
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• pp.464-466
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• 2010

• 한국가축번식학회지
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• 제18권2호
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• pp.95-99
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• 1994

우수성이 이미 입증된 oxytocin antagonist-I(AI)이 발정된 쥐의 자궁내 옥시토신 수용체 수와 결합친화력이 어떤 영향을 미치는 지를 알아보는 것이 본 연구의 목적이었다. 마취된 흰쥐들에게 5$\mu\textrm{g}$의 AI를 투여하였으며, 30분과 4시간후에 도살하였다. 자궁조직을 회수하여 잘게 잘라 냉동시킨 다음 다시 자궁조직을 분쇄한 후 단계적인 초고속 원심분리를 거쳐 옥시토신 수용체가 있는 세포막을 추출하였다. 옥시토신 수용체 분석은 높은 활동성을 보이는 옥시토신 길항제와 방사선 동위원소가 붙지 않은 옥시토신이 경쟁하는 포화상태에서 실시하였다. 옥시토신 수용체의 수와 결합친화력은 nonlinear curve fitting 방법에 의해 계산되었다. 연구 결과, AI이 투여된 흰쥐들은 수용체의 수와 결합력에 있어서 control과 유의한 차이를 보이지 않았다(p>0.05). 결론적으로 AI은 옥시토신 수용체의 수와 결합친화력을 변화시키지 않고 다만 옥시토신과 경쟁력으로 억제하는 작용을 옥시토신 수용체에서 나타낸다는 것을 이 연구에서 입증하였다.

• Molecules and Cells
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• 제39권3호
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• pp.217-228
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• 2016

To generate a biobetter that has improved therapeutic activity, we constructed scFv libraries via random mutagenesis of several residues of CDR-H3 and -L3 of hu4D5. The scFv clones were isolated from the phage display libraries by stringent panning, and their antiproliferative activity against HER2-positive cancer cells was evaluated as a primary selection criterion. Consequently, we selected AH06 as a biobetter antibody that had a 7.2-fold increase in anti-proliferative activity ($IC_{50}$: 0.81 nM) against the gastric cancer cell line NCI-N87 and a 7.4-fold increase in binding affinity ($K_D$: 60 pM) to HER2 compared to hu4D5. The binding energy calculation and molecular modeling suggest that the substitution of residues of CDR-H3 to W98, F100c, A101 and L102 could stabilize binding of the antibody to HER2 and there could be direct hydrophobic interactions between the aromatic ring of W98 and the aliphatic group of I613 within HER2 domain IV as well as the heavy and light chain hydrophobic interactions by residues F100c, A101 and L102 of CDR-H3. Therefore, we speculate that two such interactions were exerted by the residues W98 and F100c. A101 and L102 may have a synergistic effect on the increase in the binding affinity to HER2. AH06 specifically binds to domain IV of HER2, and it decreased the phosphorylation level of HER2 and AKT. Above all, it highly increased the overall level of p27 compared to hu4D5 in the gastric cancer cell line NCIN82, suggesting that AH06 could potentially be a more efficient therapeutic agent than hu4D5.

• Bulletin of the Korean Chemical Society
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• 제25권6호
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• pp.791-795
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• 2004

The binding of cethyl trimethylammonium bromide, (CTAB) with human serum albumin (HSA) has been investigated at 5 mM phosphate buffer pH 7.0, 27 $^{\circ}C$ and various ionic strength using ion selective membrane electrodes. This method is faster and much more accurate than equilibrium dialysis technique, so provides sufficient and accurate data for binding data analysis. A novel and simple method was introduced for resolution and characterization of binding sets on basis of binding capacity concept. The values of Hill binding parameters were estimated for each set and used for calculation of intrinsic binding affinity. The results interpreted on basis of nature of forces which interfered in the interaction and represent the existence of three and two binding sets for binding of CTAB at $10^{-4}$ and $10^{-3}$ M of NaBr, respectively.