• 제목/요약/키워드: 2D Marker

검색결과 507건 처리시간 0.027초

콩에서 microsatellite marker를 이용한 불포화지방산 함량의 양적형질 유전자좌의 분석 (Analysis of Quantitative Trait Loci (QTLs) for Unsaturated Fatty Acid Contents in Soybean Seed Using Recombinant Inbred Lines)

  • 김현경;임무혁;정명근
    • 생명과학회지
    • /
    • 제18권12호
    • /
    • pp.1665-1670
    • /
    • 2008
  • 콩의 oil은 식량유지 자원으로서 매우 중요한 부분을 차지하고 있으며, 전세계 식용유의 22%를 콩 oil이 차지하고 있으며 식품에서 매우 중요한 영양학적인 요소이다. 이중 불포화지방산은 지방산 중에서 종자 구성물질들은 polygenetic 형질들로 되어있다. 본 시험은 큰올콩과${\times}$신팔달콩의 RIL 계통과 SSR marker를 이용하여 유전자지도를 작성하고, 이를 바탕으로 불포화지방산의 함량과 관련된 양적형질 유전자좌(QTLs)를 탐색하였다. Oleic acid 함량과 관련된 QTLs는 7개의 연관군에서 8개의 마커가 확인되었으며, linoleic acid는 5개의 연관군에서 7개의 마커가 확인되었다. 그리고 linolenic acid는 5개의 연관군에서 각각 하나씩의 마커가 확인되었다. 본 시험의 결과 불포화지방산에 공통적으로 나타난 QTL은 연관군 C1과 L이었다.

Watersheds 기반 계층적 이진화를 이용한 단백질 반점 분할 알고리즘 (The Algorithm of Protein Spots Segmentation using Watersheds-based Hierarchical Threshold)

  • 김영호;김정자;김대현;원용관
    • 정보처리학회논문지B
    • /
    • 제12B권3호
    • /
    • pp.239-246
    • /
    • 2005
  • 생물학자가 단백질을 검색하고 분석하기 위해서는 2차원 젤 전기영동(2DGE : Two Dimensional Gel Electrophoresis) 실험을 해야 한다. 실험 결과는 2차원 영상이 생성된다. 2차원 영상에서 단백질 반점의 패턴 분석을 위해 2차원 젤 영상에 펼쳐진 단백질 반점들을 영상처리를 통해 분할하고, 대조 그룹의 단백질 패턴과 비교분석을 통해 밝히고자하는 단백질 반점을 찾아내야 한다. 단백질 반점을 분할하는 알고리즘에 있어서 기존에는 가우시안 함수를 적용하였지만, 최근 들어 형태학 분리개념에 의한 Watersheds 영역기반 분할(Watersheds region-based segmentation) 알고리즘을 활용하고 있다. 그러나 Watersheds 영역기반 분할 알고리즘은 크기가 큰 영상에서 원하는 영역을 신속하게 분할한다는 장점이 있지만, 영상 화소의 그레이 값이 연속적인 경우 실제 반점의 개수 에 비해 과다분할(over-segmentation)되거나 과소분할(under-segmentation)의 문제점을 안고 있다. 이는 마커(marker) 포인트의 설정에 의해 어느 정도 해결할 수 있지만 병합(merge)과 분할(split) 과정을 반복해야 한다. 본 논문은 Watersheds 기반 계층적 이진화 기법을 적용하여 마커 드리븐 Watersheds 영상분할의 문제점을 해결하고자 한다.

콩에서 Microsatellite marker률 이용한 oil 및 단백질 함량의 양적형질 유전자좌의 분석 (Identification of Quantitative Trait Loci (QTLs) Associated with Oil and Protein Contents in Soybean (Glycine max L.))

  • Kim, Hyeun-Kyeung;Kang, Sung-Taeg
    • 생명과학회지
    • /
    • 제14권3호
    • /
    • pp.453-458
    • /
    • 2004
  • 콩의 oil 및 단백질은 식품에서 매우 중용한 영양학적인 구성요소이다. Oil및 단백질과 같은 종자 구성물질들은 polygenetic 형질들로 되어있다. 본 시험은 큰올콩과${\times}$익산10호의 RIL 계통과 SSR marker를 이용하여 유전자 지도를 작성하고, 이를 바탕으로 oil 및 단백질 함량과 관련된 양적형질 유전자좌(QTLs)를 탐색하였다. Oil함량과 관련된 QTLs는 연관군 C2와 satt100과 연관군 DIb+W의 satt546및 연관군 L의 satt418의 세 개의 독립적인 QTLs를 확인하였다. 단백질 함량에 있어서는 연관군 B2와 J 및 L에 각각 satt556과 satt414 및 satt238의 marker에서 독립적인 QTLs를 확인하였다. 본시험의 결과, oil 및 단백질 함량과 관련된 공통의 QTL은 연관군 L이었다. 한편, oil 및 단백질과 같은 종자구성물질은 주로 환경적인 stress및 종자의 크기 등에 의해서 구성되어지는 것으로 생각된다.

신경회로망을 이용한 2D 얼굴근육 파라메터의 자동인식 (Automatic Estimation of 2D Facial Muscle Parameter Using Neural Network)

  • 김동수;남기환;한준희;배철수;권오흥;나상동
    • 대한전자공학회:학술대회논문집
    • /
    • 대한전자공학회 1999년도 하계종합학술대회 논문집
    • /
    • pp.1029-1032
    • /
    • 1999
  • Muscle based face image synthesis is one of the most realistic approach to realize life-like agent in computer. Facial muscle model is composed of facial tissue elements and muscles. In this model, forces are calculated effecting facial tissue element by contraction of each muscle strength, so the combination of each muscle parameter decide a specific facial expression. Now each muscle parameter is decided on trial and error procedure comparing the sample photograph and generated image using our Muscle-Editor to generate a specific face image. In this paper, we propose the strategy of automatic estimation of facial muscle parameters from 2D marker movement using neural network. This also 3D motion estimation from 2D point or flow information in captered image under restriction of physics based face model.

  • PDF

Evaluation of DNA Markers for Fruit-related Traits and Genetic Relationships Based on Simple Sequence Repeat in Watermelon Accessions

  • Jin, Bingkui;Park, Girim;Choi, Youngmi;Nho, Jaejong;Son, Beunggu;Park, Younghoon
    • 원예과학기술지
    • /
    • 제35권1호
    • /
    • pp.108-120
    • /
    • 2017
  • Modern watermelon cultivars (Citrullus lanatus [Thunb.] Matsum.& Nakai var. lanatus) have fruits with diverse phenotypes, including fruit shape, rind patterns, and flesh color. Molecular markers enable efficient selection of plants harboring desirable phenotypes. In the present study, publicly available DNA markers tightly linked to fruit shape, rind stripe pattern, and flesh color were evaluated using 85 watermelon accessions with diverse fruit phenotypes. For fruit shape, the dCAPS SUN - Cla011257 marker revealed an 81% of marker - trait match for accessions with elongated or round fruits. For rind stripe pattern, the SCAR wsb6-11marker was effective for selecting Jubilee-type rind pattern from other rind patterns. For flesh color, the Clcyb.600 and Lcyb markers derived from a mutation in the Lycopene ${\beta}$ - cyclase (Lcyb) gene, were effective at selecting red or yellow flesh. Forty-eight accessions possessing diverse fruit - related traits were selected as a reference array and their genetic relationships assessed using 16 SSR markers. At a coefficient of 0.11, the 48 accessions grouped into two major clades: Clade I and Clade II. Clade I subdivided further into subclades I - 1 and I - 2 at a coefficient of 0.39. All accessions with colored flesh were classified into Clade I, whereas those with white - flesh were classified into Clade II. Differences in fruit traits between subclades I - 1 and I - 2 were observed for rind pattern and fruit color; a majority of the accessions with Crimson-type striped or non-striped rind were grouped together in subclade I - 1, while most accessions in subclade I - 2 had a Jubilee - type rind stripe pattern. These results imply that reference array watermelon accessions possess distinguishable genetic structure based on rind stripe pattern. However, no significant grouping pattern was observed based on other fruit-related traits.

CT 영상 및 kV X선 영상을 이용한 자동 표지 맞춤 알고리듬 개발 (Development of an Automatic Seed Marker Registration Algorithm Using CT and kV X-ray Images)

  • 정광호;조병철;강세권;김경주;배훈식;서태석
    • Radiation Oncology Journal
    • /
    • 제25권1호
    • /
    • pp.54-61
    • /
    • 2007
  • 목 적: 본 연구의 목적은 전립선암 환자의 방사선 치료 시 표적의 정확한 위치를 찾기 위해 표지(marker)를 삽입한 경우 방사선치료계획 시 촬영한 CT 영상과 매 치료 시 온보드 영상장치(on-board imager, OBI)로부터 획득된 직교 kV X선 영상을 이용하여 표지의 위치를 계산하고 자동으로 맞춤을 수행하여 환자 셋업 오차를 보정하도록 하는 방법을 개발하는 것이다. 대상 및 방법: 세 개의 금 표지를 환자 전립선의 기준 위치에 삽입한 후 CT 모의치료기를 이용하여 2 mm 슬라이스 간격으로 CT 영상을 획득하였으며 매 치료 전에 환자 셋업 보정을 위하여 OBI를 이용하여 직교하는 kV X선 환자 영상을 획득하였다. CT 및 kV X선 영상 내 표지 정보 및 좌표 값 추출을 위하여 화소값의 문턱값 처리, 필터링, 외곽선 추출, 패턴 인식 등 다수의 영상처리 알고리듬을 적용하였다. 각 표지들 위치의 대표값으로 삼각형의 무게중심 개념을 이용하였으며 기준 CT 영상 및 직교 kV X선 영상으로부터 각각 무게중심의 좌표를 구한 후 그 차이를 보정해야 할 셋업의 오차로 계산하였다. 알고리듬의 건전성(robustness) 평가를 위해 팬텀을 이용하여 계산된 CT 및 kV X선 영상의 무게중심이 실제 지정된 위치와 일치하는지 여부를 확인하였으며, 본원에서 방사선 치료를 시행한 네 명의 전립선암 환자에 대상으로 치료 직전 촬영한 38 내지 39쌍의 kV X선 영상에 대하여 알고리듬을 적용한 후 OBI 프로그램에서 제공되는 2차원-2차원 맞춤 결과와 비교하였다. 결 과: 팬텀 실험 결과 실제 값과 CT 영상 및 직교 kV X선 영상으로부터 계산된 무게 중심 좌표 값이 1 mm 오차 내에서 일치함을 확인할 수 있었다. 환자 영상에 적용한 경우에도 모든 영상에 대하여 성공적으로 각 표지의 위치를 계산할 수 있었으며 2차원-2차원 맞춤 기능을 이용하여 계산된 셋업 오차와 비교해본 결과 1 mm 범위 내에서 일치함을 확인할 수 있었다. 본 알고리듬을 이용하여 계산한 결과 셋업 오차는 전후(AP) 방향으로 환자별로 작게는 $0.1{\pm}2.7\;mm$에서 크게는 $1.8{\pm}6.6\;mm$까지, 상하(SI) 방향으로 $0.8{\pm}1.6\;mm$에서 $2.0{\pm}2.7\;mm$, 좌우(Lat) 방향으로 $-0.9{\pm}1.5\;mm$에서 $2.8{\pm}3.0\;mm$까지였으며 환자에 따라 그 편차의 차이가 있었다. 결 론: 제안된 알고리듬을 이용하여 1회 셋업 오차를 평가하는 데 소요되는 시간은 10초 미만으로서 임상 적용 시 환자 셋업 시간을 줄이고 주관성을 배제하는 데 도움이 될 수 있을 것으로 기대된다. 그러나 온라인 환자 셋업 보정 시스템에 적용하기 위해서는 선형가속기의 제어 시스템에 통합되는 것이 필요하다.

디지로그 북: 증강현실 기반 범종 체험 (Digilog Book: Augmented Reality based Temple Bell Experience)

  • 하태진;이영호;우운택
    • 한국HCI학회:학술대회논문집
    • /
    • 한국HCI학회 2008년도 학술대회 1부
    • /
    • pp.456-460
    • /
    • 2008
  • `디지로그 북 (Digilog Book)' 은 아날로그 책과 디지털 콘텐츠의 장점을 통합함으로써, 아날로그적 감성과 디지털 오감을 함께 느끼도록 한다. 본 논문에서는 디지로그 북의 한 예로써, 범종 체험 시스템 구현에 관한 기술적인 사항을 언급한다. 시스템 구현은 사용자에게 다감각 피드백 (multisensory feedback) 을 제공, 책에 마커를 그림 마커로 대체하는 것, 책의 2D 평면에서 범종이 나올 의 효과, 범종 관찰을 위한 가상버튼을 손으로 누를 수 있도록 하는 부분, 감각형 객체를 이용하여 범종을 타종하는 것, 그리고 마지막으로 감각형 객체를 이용하여 범종의 특정 부분을 포인팅하여 특정 설명을 볼 수 있는 것을 포함한다. 본 논문에서 구현된 범종 체험 시스템은 사용자에게 우리나라의 문화유산을 체험해 볼 수 있는 교육적인 콘텐츠를 제공할 수 있다.

  • PDF

Effects of Dietary Cellulose on the Basal Endogenous Loss of Phosphorus in Growing Pigs

  • Son, A.R.;Kim, B.G.
    • Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
    • /
    • 제28권3호
    • /
    • pp.369-373
    • /
    • 2015
  • An experiment was conducted to determine the effect of cellulose concentration in diets containing no phosphorus (P) on the basal endogenous loss (BEL) of P in growing pigs. Twelve barrows (an initial mean body weight = $49.6{\pm}3.2kg$) were individually housed in metabolism crates. Pigs were allotted to 4 experimental diets according to a cross-over design with 12 animals and 2 periods. Four P-free diets were mainly based on corn starch, sucrose, and gelatin, and were formulated to contain 0%, 4%, 8%, or 12% cellulose. Each period consisted of a 5-d adaptation and a 5-d collection period. The marker-to-marker method was used for fecal collection. The feed intake (p<0.05, linear and quadratic) and dry feces output (p<0.01, linear and quadratic) were increased with increasing dietary cellulose concentration. However, P concentration in the feces was decreased (p<0.01, linear and quadratic) with increasing dietary cellulose concentration. There was no significant difference in total P output and the BEL of P as mg per kg DMI (ranging from 157 to 214 mg/kg of dry matter intake) among experimental diets. However, values for the apparent total tract digestibility of energy, dry matter, organic matter, crude protein, and calcium were linearly decreased (p<0.01) with increasing cellulose concentration in the diet. In conclusion, dietary cellulose affected the amount of feces and digestibility of energy and nutrients, but did not affect the endogenous loss of P.

Discrimination of Korean Native Chicken Populations Using SNPs from mtDNA and MHC Polymorphisms

  • Hoque, M.R.;Lee, S.H.;Jung, K.C.;Kang, B.S.;Park, M.N.;Lim, H.K.;Choi, K.D.;Lee, J.H.
    • Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
    • /
    • 제24권12호
    • /
    • pp.1637-1643
    • /
    • 2011
  • Korean native chickens are a very valuable chicken population in Korea and their prices are higher than that of commercial broilers. In order to discriminate two commercial Korean native chicken populations (CCP1 and CCP2), single nucleotide polymorphisms (SNPs) from mitochondrial (mt) DNA D-loop sequences and LEI0258 marker polymorphisms in the major histocompatibility complex (MHC) region were investigated. A total of 718 birds from nine populations were sampled and 432 mtDNA sequences were obtained. Of these, two commercial Korean native chicken populations (363 birds) were used for investigation of their genetic relationship and breed differentiation. The sequence data classified the chickens into 20 clades, with the largest number of birds represented in clade 1. Analysis of the clade distribution indicated the genetic diversity and relation among the populations. Based on the mtDNA sequence analysis, three selected SNPs from mtDNA polymorphisms were used for the breed identification. The combination of identification probability (Pi) between CCP1 and CCP2 using SNPs from mtDNA and LEI0258 marker polymorphisms was 86.9% and 86.1%, respectively, indicating the utility of these markers for breed identification. The results will be applicable in designing breeding and conservation strategies for the Korean native chicken populations and also used for the development of breed identification markers.

모색발현 유전자의 DNA Marker를 이용한 쇠고기 품종 판별

  • 신성철;채지선;김혜정;최은주;김희선;김현석;정의룡;정구용
    • 한국축산식품학회:학술대회논문집
    • /
    • 한국축산식품학회 2004년도 정기총회 및 제33차 춘계 학술대회
    • /
    • pp.172-176
    • /
    • 2004
  • 본 연구는 축우의 모색발현을 조절하는 MCIR, MGF 및 TYRP1 3종류의 모색 유전자를 이용하여 한우육 판별기술을 개발하고자 PCR-RFLP 기법으로 이들 모색유전자 좌위의 대립유전자를 검출하고 각 품종 간 RFLP 유전자형 출현빈도를 비교 분석하였다. MCIR 유전자의 RFLP 유전자형 출현빈도에서 한우는 e/e과 E+/e형이 출현되었고 이외의 다른 유전자형의 출현은 전혀 인정되지 않았다. 그러나, Holstein종 젖소는 $E^D/E^D$$E^D/e$ 2종류의 유전자형 그리고 Angus종에서는 $E^D/E^D$, $E^D/E^++$$E^D/e$ 3종류의 유전자형이 각각 출현하여 한우와 이들 두 품종간의 MCIR유전자형 출현빈도에 뚜렷한 차이가 인정되었다. MGF 유전자의 RFLP 유전자형 출현빈도에서 한우는 R/r과 r/r형이 각각 25%와 75%로 rr형의 출현율이 비교적 높았으며 Holstein종과 Angus 종은 R/r형이 100% 출현했으며, Charolais 종은 rr형이 100% 출현하였고 이외의 다른 유전자형은 인정되지 않았으며 Hereford종은 RR형이 80% 그리고 R/r형이 20%의 출현율을 보여 RR형의 출현율이 매우 높아 한우와 Holstein 및 육우 품종간의 MGF 유전자형 출현빈도에 명백한 차이가 인정되었다. 따라서, 소 모색관련 MCIR과 MGF 유전자의 품종 특이적 PCR-RFLP 유전자형은 한우육과 국내산 Hostein 젖소육 및 도입육우 품종을 식별하는데 매우 유용한 DNA marker로 이용될 수 있음이 확인되었다.

  • PDF