• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제28권1호
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• pp.50-57
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• 2015

This study was conducted to investigate the effect of soybean meal (SM) and soluble starch (SS) on biogenic amine production and microbial diversity using in vitro ruminal fermentation. Treatments comprised of incubation of 2 g of mixture (expressed as 10 parts) containing different ratios of SM to SS as: 0:0, 10:0, 7:3, 5:5, 3:7, or 0:10. In vitro ruminal fermentation parameters were determined at 0, 12, 24, and 48 h of incubation while the biogenic amine and microbial diversity were determined at 48 h of incubation. Treatment with highest proportion of SM had higher (p<0.05) gas production than those with higher proportions of SS. Samples with higher proportion of SS resulted in lower pH than those with higher proportion of SM after 48 h of incubation. The largest change in $NH_3$-N concentration from 0 to 48 h was observed on all SM while the smallest was observed on exclusive SS. Similarly, exclusive SS had the lowest $NH_3$-N concentration among all groups after 24 h of incubation. Increasing methane ($CH_4$) concentrations were observed with time, and $CH_4$ concentrations were higher (p<0.05) with greater proportions of SM than SS. Balanced proportion of SM and SS had the highest (p<0.05) total volatile fatty acid (TVFA) while propionate was found highest in higher proportion of SS. Moreover, biogenic amine (BA) was higher (p<0.05) in samples containing greater proportions of SM. Histamines, amine index and total amines were highest in exclusive SM followed in sequence mixtures with increasing proportion of SS (and lowered proportion of SM) at 48 h of incubation. Nine dominant bands were identified by denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE) and their identity ranged from 87% to 100% which were mostly isolated from rumen and feces. Bands R2 (uncultured bacterium clone RB-5E1) and R4 (uncultured rumen bacterium clone L7A_C10) bands were found in samples with higher proportions of SM while R3 (uncultured Firmicutes bacterium clone NI_52), R7 (Selenomonas sp. MCB2), R8 (Selenomonas ruminantium gene) and R9 (Selenomonas ruminantium strain LongY6) were found in samples with higher proportions of SS. Different feed ratios affect rumen fermentation in terms of pH, $NH_3$-N, $CH_4$, BA, volatile fatty acid and other metabolite concentrations and microbial diversity. Balanced protein and carbohydrate ratios are needed for rumen fermentation.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제19권6호
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• pp.775-778
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• 2006

Sarabi cows (n = 136) from the Sarabi Breeding Station were genotyped at bovine lymphocyte antigen (BoLA)-DRB3.2 locus by a genotyping system that used the polymerase chain reaction and restriction fragment length polymorphism. Genomic DNA was extracted from whole blood samples. A two-step polymerase chain reaction was carried out in order to amplify a 284 base-pair fragment of target gene. Nested-PCR products were digested with three restriction endonuclease enzymes RsaI, BstYI and HaeIII. Digested fragments were analyzed by polyacrylamide gel electrophoresis. Twenty-six BoLA-DRB3.2 alleles were identified with frequencies ranging from 0.4 to 15.1%. Six new allele types observed in this study have not been reported previously. Identified alleles include: BoLA-DRB3.$2^*1$, $^*2$, $^*4$, $^*6$, $^*8$, $^*12$, $^*13$, $^*14$, $^*15$, $^*16$, $^*17$, $^*23$, $^*24$, $^*25$, $^*28$, $^*32$, $^*34$, $^*35$, $^*36$, $^*37$, $^*42$, $^*46$, $^*51$, $^*kba$, $^*laa$ and $^*vaa$. Their frequencies were found to be 0.4, 0.4, 0.7, 11.4, 1.1, 1.8, 2.9, 2.2, 4.4, 9.6, 1.1, 13.6, 0.4, 0.4, 1.1, 0.7, 0.4, 6.2, 2.2, 3.7, 1.1, 7.7, 1.5, 15.1, 2.6 and 7.3% respectively. The six most frequent alleles (DRB3.2 $^*6$, $^*16$, $^*23$, $^*46$, $^*kba$ and $^*vaa$) accounted for 64.7% of the alleles in the population of this herd. Numerous studies on this locus, covering different breeds, has revealed the existence of various alleles in this locus, and new investigations have introduced novel alleles. With respect to the high number of the observed alleles in this survey and the novelty of some alleles with no previous record of reporting, it is plausible to conclude that the BoLA-DRB3.2 locus is highly polymorphic in Iranian native Sarabi cows.

• 한국임상수의학회지
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• 제28권2호
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• pp.204-210
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• 2011

국내 독일 셰퍼드로부터 에를리히아증과 라임병에 대한 항체가 조사를 위하여 효소면역측정법을 시용하였으며, 중합효소연쇄반응을 이용하여 진드기매개성 병원체를 조사하였다. 2005년 10월부터 2006년 9월까지 국내 5개 지방으로부터 291마리 독일 셰퍼드를 선정하였다. 개 에를리히아 항체 조사를 위한 ELISA (Snap$^{(R)}$ 3Dx$^{(R)}$ test kit, IDEXX) 검사결과 전국적으로 7.56%(22마리)의 에를리히아 양성 항체 보균개와 1.72%(5마리)의 보렐리아 양성 항체 보균개로 조사되었다. 이 중 2마리에서는 두 가지 병원체 모두에 대한 양성 항체가 검출되었다. 에를리히아에 대한 양성항체를 지방별로 보면 경기도는 1.28%(78마리 중 1마리), 강원도는 12.64%(87마리 중 11마리), 충청도는 9.76%(41마리 중 4마리), 경상도는 8.93%(56마리 중 5마리), 전라도는 3.45%(56마리 중 5마리)로 조사되었다. Ehrlichia chaffeensis 유전자를 검출한 결과 전국 평균이 3.09%(291 마리 중 9마리), 강원도는 2.41%(291 마리 중 7마리) 그리고 충청도는 0.69%(291마리중 2마리)로 조사되었다. 중합효소연쇄반응으로 증폭된 유전자(SNU-EC3과 SNU-EC5)에 대한 유전자염기서열분석결과 한국(Haemaphysalis longicornis 진드기)과 중국 그리고 Arkansas 분리주인 E. chaffeensis와 매우 유사하였다. 이 연구의 결과 국내에서 사육되는 독일셰퍼드에서 에를리히아증의 병원체와 라임병에 대한 항체가 검출된 것으로 볼 때 임상 진단에 있어서 진드기매개전염병에 대한 중요성을 인식해야 할 것으로 판단된다. 따라서 혈소판감소증이나 백혈구감소증이 있는 경우 그리고 봄부터 가을까지 야외활동을 한 경력이 있는 환자에 대한 감별진단 항목에 반드시 포함시켜야 할 것을 제안한다.

• Environmental Engineering Research
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• 제10권5호
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• pp.213-226
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• 2005

To treat wastewater efficiently by a one-step process of nitrogen removal, a new bacterial strain producing $N_2$ gas from ${NH_4}^+$ under an aerobic condition was isolated and identified. The cell was motile and a Gram-negative rod, and usually occurred in pairs. By 16S-rDNA analysis, the isolated strain was identified as Enterobacter asburiae with 96% similarity. The isolate showed that the capacity of $N_2$ production under an oxic condition was approximately three times higher than that under an anoxic condition. Thus, the consumption of ${NH_4}^+$ by the isolate was significantly different in the metabolism of $N_2$ production under the two different environmental conditions. The optimal conditions of the immobilized isolate for $N_2$ production were found to be pH 7.0, $30^{\circ}C$ and C/N ratio 5, respectively. Under all the optimum reaction conditions, $N_2$ production by the immobilized isolate resulted in reduction of ORP with both the consumption of DO and the drop of pH. The removal efficiencies of $COD_{Cr}$, and TN were 56.1 and 60.9%, respectively. The removal rates of $COD_{Cr}$, and TN were the highest for the first 2.5 hrs with the removal $COD_{Cr}/TN$ ratios of 32.1, and afterwards the rates decreased as reaction proceeded. For application of the immobilized isolate to a practical process of ammonium removal, a continuous operation was executed with a synthetic medium of a low C/N ratio. The continuous bioreactor system exhibited a satisfactory performance at 12.1 hrs of HRT, in which the effluent concentrations of ${NH_4}^+$-N was measured to be 15.4 mg/L with its removal efficiency of 56.0%. The maximum removal rate of ${NH_4}^+$-N reached 1.6 mg ${NH_4}^+$-N/L/hr at 12.1 hrs of HRT(with N loading rate of $0.08\;Kg-N/m^3$-carrier/d). As a result, the application of the immobilized isolate appears a viable alternative to the nitrification-denitrification processes.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제15권2호
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• pp.287-295
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• 2005

In order to compare bacteria] community structure and diversity in activated sludges, terminal restriction fragment length polymorphism (T-RFLP) of PCR-amplified 16s rDNAs was analyzed for 31 domestic and industrial wastewater treatment plants (WTPs). Regardless of the characteristics of the wastewaters, the bacteria] community structures of activated sludges appeared diverse and complex. In particular, activated sludges in domestic WTPs contained higher bacterial diversity than those in industrial WTPs. It was also found that terminal restriction fragment (T-RF) profiles derived from domestic WTPs were very similar with each other, although activated sludges were collected from different plants at different locations. Interestingly, activated sludges of a WTP where restaurant and toilet sewages of a company were managed showed a bacterial community structure similar to that of domestic WTPs. Activated sludges in leather industria] WTPs also showed a high similarity. However, other wastewaters possessed different bacterial communities, so that overall similarity was as low as about $30\%$. Since activated sludges from WTPs for domestic wastewaters and a company sewage appeared to hold similar bacterial communities, it was necessary to confirm if similar wastewaters induce a similar bacterial community. To answer this question, analysis of T-RFs for activated sludges, taken from another 12 domestic WTPs, was conducted by using a 6­FAM$^{TM}$-Iabeled primer and an automated DNA sequencer for higher sensitivity. Among 12 samples, it was again found that T-RF profiles of activated sludges from Yongin, Sungnam, Suwon, and Tancheon domestic WTPs in Kyonggi-do were very similar with each other. On the other hand, T-RF profiles of activated sludges from Shihwa and Ansan WTPs were quite different from each other. It was thought that this deviation was caused by wastewaters, since Ansan and Shihwa WTPs receive both domestic and industrial wastewaters. From these results, it was tentatively concluded that similar bacterial communities might be developed in activated sludges, if WTPs treat similar wastewaters.

• 동아시아식생활학회지
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• 제22권1호
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• pp.95-102
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• 2012

최근에 합성 항산화제를 대체할 천연물에서 새로운 항산화 물질을 찾는 연구가 활발하게 진행되고 있다. 천연물 중에 Lonicera japonica Thumb은 항균, 항염증, 항바이러스, 해독작용, 혈중 지질 감소, 해열작용 등 약리적인 효능뿐 아니라 다양한 항산화 물질을 포함하고 있는 것으로 보고되어 있다. 본 연구는 금은화 열수, 알코올 추출물을 기질로 전통발효식품에서 분리한 Lactobacillus plantarum NHP1 균주로 발효과정을 진행한 후 항산화 물질 및 래디컬 소거능이 변화하는지를 관찰하기 위해 진행되었다. 전통 발효식품으로부터 발효를 위한 균주를 분리한 후 16S rDNA 염기서열을 비교하여 동정한 결과 Lactobacillus plantarum NHP1로 명명하였다. 발효를 위한 기질인 Lonicera japonica Thumb는 열수 및 70% ethanol을 이용하여 추출하였다. 열수 및 ethanol 추출물의 발효는 2 L 발효기에 1.2 L 추출물을 함유한 배지를 공급하고, $30^{\circ}C$ 및 100 rpm의 조건으로 48 시간 수행하였다. 발효 전 후의 총 페놀, 총 플라보노이드, DPPH 소거능 및 ABTS 변화를 측정한 결과, 발효 전 총 페놀양은 열수 추출물과 ethanol 추출물에서 $56.5{\pm}4.9$ GAE mg/g, $72.7{\pm}5.3$ GAE mg/g이었고, 발효 후 각각 30.2%, 12.9% 증가되었다. 총 플라보노이드 함량은 모든 용매에서 발효 후에 유의적으로 약 75% 이상 증가되었다. 발효 후 총 페놀 함량과 플라보노이드 함량이 증가한 것에 비해 DPPH 소거능은 비례적으로 증가되지 않았으나, ABTS 항산화능은 발효에 의해 50% 증가되었다. 그동안 선행 연구에서 금은화의용매 추출물에 대한 기능성연구를 진행한 것이 대부분인 것에 비해, 본 연구 결과를 바탕으로 금은화 추출물에 발효기술을 접목한다면 항산화 기능 및 다른 기능성이 대폭 증가되어 기능성 건강식품 및 미용식품의 소재로의 사용이 활성화 될 수 있을 것이라 사료된다.

• 한국어병학회지
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• 제20권3호
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• pp.221-227
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• 2007

볼락은 산업적 잠재가치가 높은 어종으로 각광받으면서 양식 가능성에 대한 연구가 일부 진행되어 왔으나, 장내세균에 대한 연구는 미미한 실정이었다. 본 연구에서는 전남 돌산도 연안에서 채집된 자연산 볼락과 양식산 볼락의 장내세균총의 분포와 이들 세균들의 약제 감수성에 대하여 조사하였다. 두 분류의 볼락에서 분리된 균주의 16S rDNA 염기를 바탕으로 장내세균을 동정한 결과, 양식산 볼락의 장내에서는 Photobacterium group, Acinetobacter group과 marine sediment bacteria group이 우점하고 있었고, 자연산 볼락의 장내에서는 Photobacterium group Acinetobacter group, Bacillus group, Shewanella group, Staphylococcus group 및 marine sediment bacteria group이 우점하고 있었다. 자연산과 양식산 볼락의 장내세균의 약제 감수성 결과로는 본 연구에서 사용된 9종의 항균제 중 oxytetracycline와 oxolinic acid는 자연산과 양식산이 비슷한 수준의 감수성 나타냈으나, flumequine, erythromycin, norfloxacin, gentamycin, ofloxacin, enrofloxacin 및 ciprofloxacin은 평균 저지대에서 양식산 볼락의 장내세균이 자연산 볼락의 장내세균 보다 약간 낮은 감수성을 보였으나, 자연산 볼락의 장내세균 또한 감수성 시험 대조균주로 사용한 E. coli ATCC9637 보다 현저하게 낮은 감수성을 보였다. 이는 양식현장에서 사용되고 있는 항균물질이 자연 서식 어류생물군의 장내 세균에도 영향을 미칠 수 있음을 시사한다.

• 한국패류학회지
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• 제28권4호
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• pp.377-384
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• 2012

The importance of biological resources has been gradually increasing, and mollusks have been utilized as main fishery resources in terrestrial ecosystems. But little is known about genomic and transcriptional analysis in mollusks. This is the first report on the transcriptomic profile of Meretrix lusoria. In this study, we constructed cDNA library and determined 542 of distinct EST sequences composed of 284 singletons and 95 contigs. At first, we identified 180 of EST sequences that have significant hits on protein sequences of the exclusive Mollusks database through BLASTX program and 343 of EST sequences that have significant hits on NCBI NR database. We also found that 211 of putative sequences through local BLAST (blastx, E < e-10) search against KOG database were classified into 16 functional categories. Some kinds of immune response related genes encoding allograft inflammatory factor 1 (AIF-1), B-cell translocation gene 1 (BTG1), C-type lectin A, thioester-containing protein and 26S proteasome regulatory complex were identified. To determine phylogenetic relationship, we identified partial sequences of four genes (COX1, COX2, 12S rRNA and NADH dehydrogenase) that significantly matched with the mitochondrial genomes of 3 species-Ml (Meretrix lusoria), Mp (Meretrix petechialis) and Mm (Meretrix meretrix). As a result, we found that there was a little bit of a difference between sequences of Korean isolates and other known isolates. This study will be useful to develop breeding technology and might also be helpful to establish a classification system.

• 한국수정란이식학회지
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• 제22권1호
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• pp.53-61
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• 2007

본 연구는 PI한 한국흑염소 수정란의 이식 결과를 통해 수란 흑염소의 수태율에 영향을 미칠 것으로 생각되는 여러 가지 요인을 분석함으로써, 높은 수태율을 얻을 수 있는 수란 흑염소의 최적 조건을 찾아낼 목적으로 수행하였다. 분석 결과, 수태율에 유의적인 영향을 주는 요인들은 발정형태, 수술 빈도, 이식 부위, 황체의 발육 단계, 수정란의 발육단계, 이식된 수정란의 수 등이었다. 자연 발정이 관찰되어 이식된 흑염소(59.1%, 13/22)들이 $CIDR^(R)$로 발정이 유도된 후 이식된 흑염소(36.8%, 118/321)에서보다 높은 수태율을 나타내었으며(P<0.05), 두 번째 수술 받은 흑염소의 수태율(56.5%, 13/23)이 처음 이식 받은 흑염소(36.5%, 116/318)에 비해 수태율이 높았다(P<0.05). 이식한 부위에 따른 수태율은 좌측 난관에 이식한 흑염소(49.0%, 50/102)가 오른쪽 난관에 이식한 흑염소(35.9%, 46/128)에 비해 수태율이 더 높게 나타났으며(P<0.05), 황체의 발육 단계에 따른 수태율에서는 $CH_1$단계(47.5%, 57/120) 출혈체를 가진 수란 흑염소에서 $CH_3(17.9%,\;7/39)$의 출혈체를 가진 수란 흑염소보다 높은 수태율을 얻었다(P<0.01). 수정란의 발육단계에 따른 차이는 난관 이식의 경우에 1세포기 배가 이식된 수란 흑염소의 수태율(51.6%, 49/95)이 4세포기배를 이식한 경우(24.5%, 12/49)보다 높았다(P<0.01). 수정란의 수는 2개를 이식했을 때(27.%, 37/137)보다 3개를 이식했을 때(47.6%, 50/105) 더 높은 수태율을 얻었다(P<0.01). 수태율에 유의적인 영향이 없는 요인들은 난관 유착이나 자궁 유착, 난소 유착, 자궁각의 크기, 황체의 수, 대형 난포의 존재 유무, 이식의 난이도 등이었다 그러나, 중간 크기의 자궁을 가진 수란 흑염소(38.9%, 122/314)에서 직경 5mm 이하의 작은 자궁을 가진 수란 흑염소(20%, 1/5)나 20mm 이상의 큰 자궁을 가진 수란 흑염소(18.2%, 2/11)보다 수태율이 높은 경향을 보였고, 배란 황체가 있는 같은 쪽 난소에 대형 난포가 존재할 경우(53.3%, 16/30)에 존재하지 않는 경우(37.1%, 104/280)보다 수태율이 높아지는 경향을 보였으며, 이식이 쉽게 이루어진 경우(39.2%, 125/319)에 이식이 어렵거나(27.8%, 5/18) 곤란한 경우(0%, 0/3)에서보다 높은 수태율을 얻을 수 있었다. 따라서, 자궁각의 크기나 대형 난포의 존재 유무, 이식의 난이도 등도 수정란 이식 후의 수태율에 영향을 줄 수 있을 것으로 생각된다. 이상의 결과로 볼 때 PI한 한국 흑염소 수정란의 이식 시 높은 수태율을 얻기 위해서는 수란 흑염소는 자연 발정 온 개체를 이용하고, 난관에 이식하고자하는 경우에는 난소에 $CH_1$ 단계의 출혈체가 존재하는 쪽 난관에 1세포기의 수정란을, 그리고 자궁에 이식하는 경우에는 난소에 발육 단계가 $CL_3$인 황체가 존재하는 쪽 자궁각에 중기 배반포나 후기 배반포를 이식하는 것이 가장 바람직하다는 결론을 얻었다.

• Tuberculosis and Respiratory Diseases
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• 제41권3호
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• pp.215-221
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• 1994

연구배경 : 산소기가 여러 종류의 급성 폐손상에 중요한 역할을 한다는 것은 이미 잘 알려진 사실이다. 생체내에는 여러 항산화 방어기전이 존재하는데, SOD는 두 개의 superoxide radical이 과산화수소와 산소로 dismutation되는 과정을 $10^4$배 촉진시키는 효소로서 산소기에 대한 일차적인 방어기전으로 작용한다. Eukaryotic 세포내에는 두 가지 종류의 SOD가 존재하는데, 하나는 세포질에 위치하고 이중체(dimeric)의 구조를 가지며 구리와 아연을 포함하는 효소(CuZnSOD)이고, 또 하나는 미토콘드리아에 있고 사중체(tetrameric)의 구조를 갖는 망간을 포함하는 효소(MnSOD)이다. 내독소에 의한 백서의 급성 폐손상 모델에서 내독소 투여 후 시간 경과에 따른 백서 폐장의 MnSOD와 CuZnSOD의 유전자 발현을 관찰하여 이를 급성 폐손상의 양상과 비교하고자 본 연구를 시행하였다. 방법 : 백서에 E. coli의 내독소를 투여한 후 0, 1, 2, 4, 6, 12, 18, 그리고 24시간 후에 백서를 희생시켜 폐장을 얻은 후 폐장의 총 RNA를 single step phenol extraction 방법으로 추출하였다(n=3, respectively). 총 RNA를 formaldehyde를 함유한 1.2% agarose gel 에 전기영동하고, gel의 RNA를 nylon membrane으로 transfer시켰다. Nylon membrane을 $^{32}P$로 labeling시킨 MnSOD와 CuZnSOD를 probe로 하여 hybridization하고 autoradiography를 시행하였다. 결과 : 내독소률 투여하고 4시간후부터 MnSOD mRNA가 발현되기 시작하여 6시간에 최고치를 보였고, 약 12시간까지 지속되었으며, 24시간이 경과한 후에는 대조군의 수준으로 감소되었다. CuZnSOD 유전자는 내독소를 투여하고, 1 시간후부터 발현되기 시작하여 24시간까지 지속되었는데, 18시간에 최고치에 도달하였다. 결론 : 이상의 결과는 SOD가 백서에서 내독소에 의해 유발된 급성 폐손상에 대한 방어기전에 관여 할 가능성을 시사하는 것으로 생각된다.