Virus-encoded HIV-1 reverse transcriptase (RTase) is one of the major targets for the development of drugs for HIV-1 since it is an essential enzyme-for the replication cycle of HIV-1. We cloned the entire reverse trancriptase gene into an inducible expression vector with tac promotor= RTase was stably overexpressed and induced by IPTG and the highly-expressed RTase was purified partially by use of DEAE cellulose and Mono Q column. The partially purified enzyme (663kDa, 51kDa) as exhibited by SDS-PAGE showed the high specific activity (16,570U/mg) when the assay for the RTase activity was carried out using $^3$H-dTTP and poly(rA): oligo(dT)12-18 as the substrate.
To analyze the genome of Cucumber mosaic virus(CMV) in pepper, we developed a new extraction method for double-stranded RNA(dsRNA). To isolate the dsRNA, 0.1g of pepper leaves homogenized with 1ml of 5${\times}$EXB extraction buffer[0.5M glycin, 0.5M NaCl, 5mM EDTA(pH9.0/NaOH), 10% Sodium N-lauryl salcosinate(NLS), 10% Sodium dodecylsulfate(SDS)] and purified with the 1/4 volume of phenol: chloroform: isoamylalcohol(25:24:1). dsRNAs from the aqueous phase was precipitated with isopropanol. This procedure was able to detect a minimal amount of dsRNA from CMV infected plant tissue and to distinguish different CMV satellite RNAs by polyacrylamide gel electrophoresis(PAGE). Moreover, this method can be applied CMV infected in pepper or Rice dwarf virus (RDV) infected rice.
Amongst 27 isolates from deteriorated leather samples, Arthrobacter creatinolyticus KP015744 zzx28 was found to be an efficient collagenase producer. Collagenase production of 13.33 µmoles/min was shown at an optimum temperature at 37℃ after 72h and at pH 7.5 by using 2 ml/dL inoculum in 10 mg/ml collagen peptide type I as a substrate. In presence of Hg2+, EDTA and 𝛽-mercaptoethanol the collagenase production by the isolate was strongly inhibited however Fe2+, Ca2+and DMSO enhanced production of the enzyme. Specific activity was found to be 19.46×103 U/mg and molecular weight 66 kD by SDS PAGE. Isolate also has potential to hydrolyze keratin which is another important protein found in leather. Experimental results propose that collagenase can be effectively used as a tool for collagen and keratin rich solid waste treatment.
D-xylose의 통성 발효성 효모, Candida sp. BT001로부터 D-xylose를 xylitol로의 전환을 촉매하는 효소, xylose reductase(alditol: $MADP^+$ 1-oxidoreductase, EC 1.1.1.21)를 salt fractionation, ion exchange, gel filtration과 affinity chromatography를 거쳐 정제하여 그 성질을 조사하였다. 정제된 xylose reductase는 보효소 NADPH 및 NADH에 모두 특이성을 나타내었으며, 또한 각각의 보효소에 대해 활성을 지니는 효소는 따로 분리되지 않았다. Specific activity는 NADPH에 대해 11.78 U/mg, MADH에 대해 6.01 U/mg이었으며, NADH/NADPH의 활성비는 0.51이었다. 정제된 xylose reductase의 분자량은 SDS-PAGE상에서 31,000, gel filtration상에서 61,000으로 2개의 subunit로 구성된 효소로 추정하였다. 정제된 xylose reductase의 D-xylose와 NADPH 및 NADH에 대한 Km값은 각각 $94.2{\times}10^{-3}M,\;0.011{\times}10^{-3}M$ 및 $0.032{\times}10^{-3}M$ 이었다. Aldose들에 대한 xylose reductase의 활성은 L-arabinose, D-xylose순으로 높았다. 최적 효소 반응의 pH 및 반응 온도는 각각 6.2와 $45^{\circ}C$이었으며, 이 효소는 $30^{\circ}C$에서 20분간 안정하였다.
Shin, Yong Kook;Oh, Nam Su;Lee, Hyun Ah;Choi, Jong-Woo;Nam, Myoung Soo
한국축산식품학회지
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제34권4호
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pp.543-551
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2014
The aim of this study was to evaluate the effect of proteolytic (Serratia liquefaciens, match %: 99.39) or lipolytic (Acinetobacter genomospecies 10, match %: 99.90) psychrotrophic bacteria (bacterial counts, analysis of free fatty acids (FFA) and analysis of free amino acids) on the microbial and chemical properties (yogurt composition), and sodium dodecyl sulfate polyacrylamide gel electrophoresis (SDS-PAGE) of yogurt during storage. Yogurts were prepared with raw milk preinoculated with each psychrotrophic bacteria. The total solid, fat, and protein content were not affected by preinoculation, but the pH of yogurt preinoculated with psychrotrophic bacteria was higher than in control. There was a dramatic increase in short chain free fatty acids among FFA in yogurt with Acinetobacter genomospecies 10. For 14 d of cold storage condition, SCFFA was 25.3 mg/kg to 34.4 mg/kg (1.36 times increased), MCFFA was 20.4 mg/kg to 25.7 mg/kg (1.26 times increased), and LCFFA was 240.2 mg/kg to 322.8 mg/kg (1.34 times increased). Serratia liquefaciens (match %: 99.39) in yogurt caused a greater accumulation of free amino acids (FAA), especially bitter peptides such as leucine, valine, arginine, and tyrosine, but SDS-PAGE showed that the inoculation of Serratia liquefaciens did not affect the degree of casein degradation during storage. Taken together, the excessive peptides and FFA in yogurt generated from psychrotrophic bacteria could develop off-flavors that degrade the quality of commercial yogurt products.
3종의 빙핵세균 Peudomonas syringae 8401, Pseudomonas fuorescens 8701, Erwinia herbicola 8701의 세포 외막으로부터 아무런 변성제도 사용치 않고 sucrose density gradient centrifugation, Sephacryl gel filtration chromatography, DEAE-cellulose ion exchange chromatography, non-denaturing buffer를 이용한 PAGE, electroelution, SDS-PAGE를 통해 빙핵활성 단백질을 고도로 정제할 수 있었다. P. suringae와 P. fluorescens에서는 각각 3종류(155 kD, 75 kD, 50 kD)의 빙핵활성 단백질이, E. herbicola에서는 155 kD를 제외한 2종류(75 kD, 50 kD)의 빙핵활성 단백질은 이 연구를 통해 처음 밝혀진 것으로 , 지금까지 보고된 빙핵활성 단백질(150 KD 이상)보다는 훨씬 작은 것이다. 이는 빙핵활성을 나타내는 단백질의 기본단위는 이 실험의 결과만에 의하면 최대 50 kD임을 시사한다. 이들 단백질은 그 유래된 세균의 종류나 또는 단백질 분자량의 크기에 관계없이 모두 -5.5~7.5$^{\circ}C$에서 물을 동결시키는 높은 빙핵활성을 갖고 있었다. 이는 지금까지 보고된 어느 정제단백질의 빙핵활성보다 높은 것이다. 정제된 단백질의 빙핵활성은 trypsin 처리에 의해 상실되었고, pH6~8범위에서는 안정하였으며, pH5이하, pH9이상에서는 활성을 상실하였다. 보존온도에 대한 영향은 3$0^{\circ}C$이상이 되면 점차 활성이 감소하는 경향을 보이다 37$^{\circ}C$이상에서는 활성이 완전히 상실되었다. 금속이온으로서 Hg\ulcorner이온과 SDS에 의해 활성이 상실되었으나 phosphatidylinositol의 첨가에 의해서는 활성이 약간 증가(-1$^{\circ}C$)하였다.
Extracellular ${\alpha}$-glucosidase was purified to homogeneity from moderately thermophilic Bacillus sp. DG0303. The thermostable ${\alpha}$-glucosidase was purified by ammonium sulfate fractionation, ion-exchange chromatography, preparative polyacrylamide gel electrophoresis (PAGE), and electroelution. The molecular weight of the enzyme was estimated to be 60 kDa by SDS-PAGE. The optimum temperature for the action of the enzyme was at $60^{\circ}C$. It had a half-life of 35 min at $60^{\circ}C$. The enzyme was stable at the pH range of 4.5~7.0 and had an optimum pH at 5.0. The enzyme preparation did not require any metal ion for activity. The thermostable ${\alpha}$-glucosidase hydrolyzed the ${\alpha}$-1,6-linkages in isomaltose, isomaltotriose, and panose, and had little or no activity with maltooligosaccharides and other polysaccharides. The $K_m$ (mM) for p-nitrophenyl-${\alpha}$-D-glucopyranoside (pNPG), panose, isomaltose, and isomaltotriose were 4.6, 4.7, 40.8, and 3.7 and the $V_{max}$(${\mu}mol{\cdot}min^-1$$mg^-1$) for those substrates were 5629, 1669, 3410, and 1827, respectively. The N-terminal amino acid sequence of the enzyme was MERVWWKKAV. Based on its substrate specificity and catalytic properties, the enzyme has been assigned to be an oligo-1,6-glucosidase.
이 연구는 무지개송어, O. mykiss 간세포 배양을 이용해 합성화학물질인 2,4-Dichlorophenoxy acetic acid (2,4-D)가 vitellogenin (VTG) 합성과 estrogen (E$_2$) - estrogen receptor (ER) binding affinity에 미치는 영향을 조사하였다. 간세포는 2일간 전 배양한 후에 E, (2$\times$10$\^$-6/ M) 또는 2,4-D (10$\^$-9/∼10$\^$-6/ M)를 배지에 첨가해 5일간 배양한 후, VTG과 E$_2$-ER binding affinity를 SDS-PAGE와 ELISA를 이용해 각각 조사하였다. 사용된 2,4-D의 농도는 세포의 형태, 생존력 및 DNA 함량에는 영향을 미치지 않았다. 또한, 2,4-D는 VTG의 합성에도 어떠한 영향도 미치지 않았으나 E$_2$-ER binding affinity를 억제하였다. 이 binding affinity는 2,4-D의 농도가 증가할수록 증가하는 경향을 나타내어 10$\^$-7/과 10$\^$-6/ M에서 25%와 30%를 각각 억제하였다. 이 결과들은 비록 2,4-D가 VTG의 합성에는 영향을 미치지 않지만, ER에서 xeno-estrogenic contaminant로서 행동하는 것을 제시하였다.
Rubisco의 parameter들을 측정하는 것은 광합성 연구에 대단히 중요한데, 본 연구에서는 방사성통위 원소를 사용하는 방법 이 아닌 photometric assay 방 법을 사용하여 parameter를 측정하였다. Rubisco 의 activation과 carbamylation에 미치는 고 CO2 놓도의 효과를 연구하기 위하여, 정상 $CO_2$ 농도 (350 ppm)와 고 $CO_2$ 농도(650 ppm)에서 기른 kidney bean (Phaseolus vulgaris L.) 잎을 각각 재료로 하여, dual beam(334 nm9-} 405 nm) spectrop photometer를 사용하여 rubisco의 initial activity 와 total activity, carbamylation rate 및 量을 측정 비교하였으며, SDS-PAGE에 의해 rubisco의 전기 영통 profile을 분석하였다. 정상 $CO_2$ 농도에서의 initial activity와 total activity는 $41.2{\mu}M/m^2/s 와 52.2{\mu}M/m^2/s$이며, 고 $CO_2$ 농도에서는 $27.4{\mu}M/m^2/s 와 46.1{\mu}M/m^2/s$로서, 350 ppm에서 650 ppm으로 $CO_2$ 농도를 증가시키면 rubisco의 initial activity와 total activity가 갑소되었다. 또한 carbamylation율도 정상 $CO_2$ 농도에서는 79%이며, 고 $CO_2$ 농도에서는 58.9%로서, $CO_2$ 농도의 증가에 따라 감소되 었다. Rubisco 의 量은 정상 $CO_2$농도에서는 $1.94 {\mu}M/m^2$$ 임에 반해 고 $CO_2$ 농도에서는 $1.58{\mu}M/m^2$ 로서, $CO_2$2 농도는 증가되었는데 그 量은 감소되었다. 이와 같이 고 $CO_2$농도에셔 rubisco의 activity가 감소되는 것은 rubisco의 carbamylation에 기인되는 것으로 생각된다. SOS-PAGE 분석에서 50kO 분자량의 large s subunit와 14.5 kO의 분자량을 가지는 small subu n mt를 동정하였는데, 고 $CO_2$ 농도와 정상 $CO_2$ 농도 의 50kD와 14.5 kO band의 intensity를 비교하면 두 구 사이에 큰 차이가 발견되지 않았다. 고 CO2 농도에서 정상 $CO_2$ 농도로 switch한 rubisco의 parameter는 정상 $CO_2$ 농도에서의 par rameter와 거의 비슷한 값을 나타내였는데, 이는 350 ppm의 정상 $CO_2$ 농도에 의해 rubisco의 activ vity가 회복되었음을 의미한다.
유구낭미충(이하 낭미충)(Cysticercus cellulosae)에서 추출한 조항원으로 낭미충증(cysticercosis), 스파르가눔중(sparganosis) 및 포충중(hydatidosis) 환자 및 정상인 혈청내 IgG 항체와의 혈청학적 반응을 ELISA 및 EITB 방법으로 추적하였다. ELISA에서 낭미충의 조항원 단백은 스파르가눔중 환자 혈청과의 교차 반응도 보였고, 포충증 환자 혈청에 대해서는 낭미충 환자 혈청보다 오히려 높은 흡광도(O.D.)를 보였다. 낭미충 조항원을 SDS-PAGE로 전기영동한 결과 260 KDa∼22 KDa 범위에서 31개의 polypeptide band를 얻었으며 이 중 11개의 분획이 강한 염색성을 나타내었다. 낭미충 조항원과 낭미충중 환자 혈청과의 EITB 반응에서 22개의 항원대가 관찰되었으며 이 중 104 KDa, 82 KDa, 78 KDa 및 59 KDa는 모든 검사 혈청에서 인지되었다. 또 22개의 항원대 중 12개는 정상인 혈청에서도 반응이 관찰되어 교차반응하는 비특이성 항원 성분으로 해석되었다. 낭미충 조항원과 스파르가눔증 환자 혈청과의 반응에서 11개의 항원대가 인지되었으며 이 중 낭미충증 환자 혈청과 교차반응하는 9개의 항원대가 인지되었다. 나머지 163 KDa 및 131 KDa 항원대는 스파르가눔 환자에서만 동정되었다. 낭미충 조항원과 포충증 환자 혈청과의 반응에서는 21개의 항원대가 인지되었는데, 이 중 63 KDa는 포충증 환자에서만 인지되었고 나머지는 낭미충증 환자 혈청과 교차반응하는 항원대이었다. 한편 낭미충 조항원 중 104 KDa, 82 KDa, 72 KDa, 59 KDa및 34 KDa는 낭미충증, 스파르가눔증 및 포충중 환자와 정상인의 혈청에서도 모두 교차반응을 일으키는 항원이었다.
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[게시일 2004년 10월 1일]
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