• 한국정보과학회논문지:시스템및이론
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• 제33권6호
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• pp.316-325
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• 2006

인간과 같은 2배체의 각 염색체는 부모로부터 물려받은 2벌의 복제로 이루어져 있다. 이들 각 복제에서 SNP(single nucleotide polymorphism) 서열 정보를 하플로타입이라 부른다. 인간의 하플로타입 지도를 완전히 찾는 것은 인간 지놈의 중요한 작업 중의 하나인데, 실험적인 방법으로 하플로타입을 직접 얻는 것은 시간이 많이 걸리고 비용이 많이 든다. 따라서 두 하플로타입 정보가 혼합된 지노타입의 샘플들로부터 하플로타입을 추론하는 것에 대하여 연구되어왔다. 이 논문에서는 지노타입들을 설명하는 최소 개수의 하플로타입들을 찾는 모델(최소 하플로타입 추론문제)에 근거하여, 유전자 알고리즘을 사용하여 하플로타입을 추론하는 새로운 접근 방법을 제시한다. 좋은 결과를 주는 것으로 알려진 HAPAR[1]와 이 논문에 제시한 알고리즘을 컴퓨터 실험에 의한 비교를 통하여, 입력이 클 때 이 논문의 알고리즘이 수행시간은 적게 걸리면서 정확성이 비슷함을 보인다. 또한 이 실험 결과를 최근에 제시된 방법인 PTG[2]와 비교한다.

• 한국정보처리학회:학술대회논문집
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• 한국정보처리학회 2004년도 춘계학술발표대회
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• pp.993-996
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• 2004

사람들 사이에는 DNA 서열의 변이로 인한 유전적 차이가 있으며, 가끔 이러한 차이가 유전 질병의 원인이 되기도 한다. 일반적으로 DNA에서 가장 잘 알려진 변이가 바로 SNP(Single Nucleotide Polymorphism : 스닙)이다. SNP는 보통 블록단위로 유전되어지며 한쪽 부모로부터 유전되어진 SNP 블록을 SNP 하플로타입이라고 부른다. 생물학 실험을 통하여 추출되어진 결과물은 부모로부터 유전되어진 대립 유전자가 혼합되어진 지노타입(genotype)의 정보이다. 지노타입은 직관적으로 정확한 SNP 하플로타입을 추정하기가 힘들고, 생물학 실험을 통하여 하플로타입(haplotype)을 분석하는데 많은 비용이 들기때문에, 이를 컴퓨터 계산을 통하여 추론하는 연구가 Clark[1]에 의해서 제안되어진 이후 활발하게 진행되고 있다. 본 논문에서는 하플로타입을 효과적으로 추론하기 위해 유전자 알고리즘을 이용한 새로운 방법을 설명하고, 실험 결과를 기존의 연구 결과와 비교 분석한다.

• 한국정보처리학회:학술대회논문집
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• 한국정보처리학회 2015년도 추계학술발표대회
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• pp.37-40
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• 2015

인간의 유전자의 돌연변이 서열인 SNP를 통하여 하플로타입을 추정하는 연구는 생명공학분야에서 중요한 연구분야이다. 일반적인 방법으로 하플로타입을 추정하는 것은 상당한 시간과 비용이 요구된다. SNP를 통한 하플로타입 추론에 대한 방법은 지금까지 여러 방법이 제시되었다. 본 논문에서는 해당 문제를 해결하기 위한 도구로 베이지안 네트워크를 제시하고, 이를 사용한 유전알고리즘인 BOA를 이용하여 해결하는 방법을 제시한다. 이후 BOA 소프트웨어를 이용하여 우선적으로 해집단크기 및 비율에 대한 정확도를 분석 후 적합도함수의 quality정보의 개입유무에 따른 정확도를 실험한다. 마지막으로 네트워크의 간선존재 여부에 따른 정확도를 실험하는 것으로 실험을 마친다. 실험결과 해집단크기와 비율에 따라 정확도가 상이한 결과를 얻었으며, quality정보의 개입이 없는 경우와 네트워크의 간선을 적용한 경우 모두 기존에 비해 저조한 정확도를 보였다.