• 제목/요약/키워드: 클론 검사

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공통 토큰에 기반한 서로 다른 언어의 유사성 검사 (Cross-Language Clone Detection based on Common Token)

  • 홍성문;김현하;이제형;박성우;모지환;도경구
    • 한국소프트웨어감정평가학회 논문지
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    • 제14권2호
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    • pp.35-44
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    • 2018
  • 서로 다른 언어로 작성된 소스코드의 유사성 검사는 주로 요약구문트리를 기반으로 비교를 수행한다. 하지만 대규모의 소스코드를 실용적인 수준으로 비교하려면 토큰수준 기반에서 작동하는 유사성 검사 기술이 필요하다. 본 연구에서는 서로 다른 언어에서 생성되었지만 같은 의미를 지닌 토큰을 표현할 수 있는 공통 토큰을 정의하고, 소스코드에서 언어별 처리 과정을 거쳐 생성한 공통 토큰의 나열을 입력으로 소스코드의 유사성 검사를 수행하는 방법을 제안한다. 한국저작권위원회의 표절검사 도구 exEyes를 사용해서 서로 다른 언어로 작성된 동일한 코드를 대상으로 실험한 결과, 제안한 방법을 사용했을 때, 유사성 평가 성능이 향상됨을 보였다.

신생아 중환자실에서 extended spectrum β-lactamase를 생성하는 Klebsiella pneumoniae 집단 보균 발생의 분자 역학적 조사 및 추적관찰 (Molecular-epidemiologic study on outbreak of colonization by extended spectrum β-lactamase producing Klebsiella pneumoniae in neonatal intensive care unit)

  • 전누리;김미나;정재심;김양수;김애란;김기수;피수영
    • Clinical and Experimental Pediatrics
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    • 제49권2호
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    • pp.150-156
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    • 2006
  • 목 적 : 2000년 6월과 7월에 본원 신생아 중환자실에서는 ESBL 생성 K. pneumoniae에 의한 패혈증이 집단 발생하여 전체 환아에 대한 보균 상태를 파악하고 감염관리를 위해 감시배양을 실시하였다. 당시 집단 보균 상태임을 발견하여 보균자에 대한 격리를 실시한 결과 집단보균을 해결할 수 있었으나 대부분의 환아가 보균 상태로 퇴원하였다. ESBL 생성 K. pneumoniae는 대변 내 균이 장착되어서 입원 환아들간에 집단 감염을 일으킬 수 있으며, 이러한 균주에 의한 집단감염은 치료와 예후에 중요한 인자로 작용될 것으로 생각된다. 이에 저자들은 집단보균 발생시 분리된 ESBL 생성 K. pneumoniae의 분자 역학적 특징과 보균환아들의 추적관찰 결과를 알아보고자 본 연구를 시행하였다. 방 법 : 2000년 7월 28일부터 12월 30일까지 입원환아를 대상으로 직장내 도말법으로 감시배양검사를 시행하였다. 감시배양검사는 재원환아들에서 1주 간격으로 시행하였고, 신환은 입원 당일에 시행하였다. 균주의 형별 검사를 위해서 Pulsed-field gel electrophoresis(PFGE)를 시행하였고, 보균 상태로 퇴원했던 환아들은 외래에서 대변 배양검사로 추적 관찰하였다. 결 과 : 감시 배양기간 중 총 80명(28.5%)의 환아에서 보균이 확인되었고, 퇴원시 5명(6.3%)에서 음성이 확인되었다. PFGE를 시행한 65명의 타이핑 결과, 일회의 PFGE를 시행한 53명에서 분리된 균주의 염색체 유전자 분획양상은 집단클론 6가지, 단독클론 10가지형으로 분류되었고, 집단 클론 중 A형이 28명(52.8%)으로 가장 많았고, B형이 11명(20.8%), C, D, F, G형이 각각 1명(1.9%)이었다. 2회 이상 검사를 시행한 12명 중 초기검사에서는 A형이 10명(83.3%)으로 월등히 많았고 B형은 2명(16.7%)이었으며, 추적검사에서 분획 양상이 변화된 경우는 6명(50%)이었고, 이들은 A나 B로 변화된 경우가 각각 2명(33.3%)이었다. 변화되지 않은 6명(50%)은 모두 A형으로 남아 있었다. 월별 PFGE 양상은 처음 배양시 집단클론 A, B, C, D형 4가지와 단독클론 세 가지형이었으나 감염 관리를 하면서 11월부터 집단클론 A, B 두 가지형으로 나타나는 양상을 보였고, A형이 더 우세하였다. 보균된 상태로 퇴원한 75명 중 외래 추적관찰이 가능했던 30명을 대상으로 대변 배양검사를 시행한 결과 모두 음성이 확인되었다. 결 론 : 다양한 클론의 균주에 의한 집단보균 상태는 감염 관리를 하면서 단일 클론으로 변화하는 양상을 보였고, A형이 우세한 것으로 보아 집단 보균을 일으킨 유형 중 주 집단 클론은 A형이었음을 알 수 있었다. ESBL 생성 K. pneumoniae 보균 상태는 중환자실내에 입원기간 중에는 거의 지속되지만, 지역사회로 복귀하면 전부 해제되는 것으로 보인다.

클론성 염색체이상을 보인 혈구포식 림프조직구증 1예 (A Case of Hemophagocytic Lymphohistiocytosis with Clonal Karyotype Abnormalities)

  • 최계령;김하늬;조치현;유병준;김명한;김장수;임채승;이갑노
    • Laboratory Medicine Online
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    • 제1권2호
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    • pp.110-114
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    • 2011
  • 혈구포식 림프조직구증(hemophagocytic lymphogistiocytosis, HLH)에서 관찰되는 클론성 염색체이상은 혈액종양이 골수조직을 침범한 경우에 흔하게 발견되며, 혈액종양의 근거가 없는 환자에서 EBV 감염과 관련되어 드물게 보이는 경우가 있다. 본 저자들은 혈액종양 병력도 없고 EBV 감염도 없이 클론성 염색체이상을 동반하였으며 치명적인 임상경과를 보인 HLH 1예를 경험하여 보고하는 바이다. 본 증례는 지속적인 발열 및 상기도감염 증상을 주소로 내원한 75세 남자환자였다. 검사소견에서 범혈구감소증, 저섬유소원증, 간기능 이상과 비장종대, 골수에서 현저한 혈구탐식을 보이는 성숙한 양성 조직구의 증식이 관찰되었다. 전혈에서 실시한 EBV RT-PCR 결과는 음성이었으나 CMV RT-PCR에서는 319 copies/mL의 양성소견이 관찰되었다. 골수검체를 이용한 핵형 분석결과에서는 복잡한 클론성이상을 보이는 비정상 염색체가 존재하였다. 본 환자는 염색체이상을 동반한 HLH 진단 하에 스테로이드 충격요법과 감염에 대한 예방적 항생제치료를 시행하였으나, 내원 13일째 파종성 혈관내응고로 사망하였다.

트리 기반 컨볼루션 신경망을 이용한 BigCloneBench 개선 (Improvement of BigCloneBench Using Tree-Based Convolutional Neural Network)

  • 박건우;홍성문;김현하;도경구
    • 한국소프트웨어감정평가학회 논문지
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    • 제15권1호
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    • pp.43-53
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    • 2019
  • 기계 학습을 이용하여 의미가 유사한 코드 클론을 탐지하는 도구의 성능 평가에 빅클론벤치를 많이 활용한다. 하지만 빅클론벤치는 기계 학습에 최적화된 벤치마크가 아니기 때문에 그대로 기계 학습에 사용하면 잘못된 학습 데이터가 만들어질 수 있다. 본 연구에서는 빅클론벤치에서 제공하고 있는 코드 클론 데이터에서 누락된 타입-4 클론을 기계 학습을 이용하여 추가로 찾아 보완함으로써 빅클론벤치를 개선할 수 있음을 실험적으로 밝힌다. 트리 기반 컨볼루션 신경망을 이용한 기계 학습 모델을 사용해서 개선된 데이터를 학습했을 때, 기존의 데이터를 학습했을 때에 비해 기계 학습의 정확도 및 성능이 향상되었음을 확인하였다.

클로닝된 Bacillus thuringiensis subsp. kurstaki HDI 살충성 단백질 유전자의 대장균에서의 발현 (Expression in Eschepichia coli of a Cloned Bacillus thuringiensis subsp. kurstaki HDI In-secticidal Protein Gene.)

  • 황성희;차성철;유관희;이형환
    • 한국미생물·생명공학회지
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    • 제26권6호
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    • pp.497-506
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    • 1998
  • Bacillus thurintensis subsp. kurstaki HD1 살충성 단백질 ICP 유전자가 있는 NdeI 단편 3.856 kb를 클로닝하여 제조한 pHLN2-80(-) 클론이 pHLN1-80(-)에 비해서 대장균에서 ICP발현량이 과다발현되는 현상을 규명하고자 하였다. 본 연구에서는 상기의 pHLN2-80(+) 클론의 발현량을 조절하는 원인을 규명하기 위하여 ICP의 아미노산 서열은 변화되지 않는 범위 내에서 pHLN1-80(+) 클론에 있는 Plac프로모터와 ICP유전자 프로모터의 일부인 -80 bp프로모터의 염기서열, 전사 개시점과 종결부위의 변이가 ICP유전자발현에 미치는 영향을 조사하였다. pHLN1-80(+)에 5'-말단에 존재하는 -80 bp 프로모터만을 보유한 pHLNK-80 클론은 ICP 생산은 매우 저조하였다. Plac프로모터와 -80 bp 프로모터의 구조 골격을 일부 변이 시킨 pHLNF1-80클론의 ICP생산량은 pHLN2-80(-)가 생산한 양보다는 낮아서 과다발현이 안되었다. Plac프로모터 상류를 약 350bp을 제거하여 만든 클론 pHLND2-80의 ICP 생산량은 모클론인 pHLN2-80(-) 보다 매우 높게 과다발현 되었다. ICP 유전자의 과다발현 현상에 대한 전사 개시점과 전사종결 부위의 역할을 알아보기 위해서 -72bp ICP유전자프로모터를 갖는 클론 pHLD1-72는 재조합 클론 pHLN2-80(-)가 생산한 양보다 적은 양의 ICP을 생성하였고, 클론 pHLD2-72는 재조합 클론 pHLN2-80(-)보다 적은 ICP을 발현하여 과다 발현되었으며, 클론 pHLN2-72는 모클론인 pHLN2-80(-)보다 약간 높은 ICP 생산량을 보여 과다발현되었다. 클론 pHLN2-72를증식하여 파쇄액을 만든 후에 Bombyx mori유충에 대한 살충력 검사에서 클론 pHLN2-72이 생산한 ICP는 pHLN1-80(+)이 생산한 ICP보다 약 90배의 살충력을 보였다. SDS-PAGE와 Western blot 분석에서도 클론 pHLN2-72는 재조합 클론 pHLN2-80(-)보다 약간 높게 ICP가 생성이 되었었다. 이상의 결과는 과다발현에 Plac프로모터와 종결부위가 반드시 필요하며, -72 bp ICP 프로모터가 -80 bp 프로모터보다 과다발현률이 높았으며, ICP 유전자는 반드시 Plac프로모터의 전사 방향에 역방향으로 삽입이 되어야 하는 것으로 나타났다.

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식품 중 제초제내성 유전자재조합 콩의 immunoblotting 분석 (Immunoblotting Assay for Glyphosate-tolerant Genetically Modified Soybean in Soybean Products)

  • 손대열;문정희;안강모;손동화;이광신;심희영;한영신;이상일
    • 한국식품과학회지
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    • 제36권3호
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    • pp.369-374
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    • 2004
  • 유전자재조합 콩 Roundup Ready는 Agrobacterium sp. CP4에서 유래한 유전자를 함유하고 있으며 이 삽입 유전자에서 5-enolpyruvylshikimate-3-phosphate synthase(CP4EPSPS)가 발현된다. 본 연구실에서는 이 단백질을 유전자재조합 콩과 시중에서 구입한 두부 시료에서 CP4EPSPS 특이 단클론 및 다클론 항체를 이용하여 immunoblotting법으로 검사하였다. 분리 정제된 CP4EPSPS 재조합 단백질은 단클론 또는 다클론 항체를 이용할 때 각각 $0.006{\mu}g$ 또는 $0.0006{\mu}g$의 검증 한계치로 확인할 수 있었다. 유전자재조합 콩에 발현된 CP4EPSPS 검증 한계치는 단클론 또는 다클론 항체를 이용할 때 각각 $0.001{\mu}g$$0.0001{\mu}g$이었다. 다클론 항체를 이용하여 조사된 9종의 두부에서는 2종에서 양성결과를 확인하였다. 본 연구에서 생산된 단클론 및 다클론 항체를 이용하여 확립된 immunoblotting법은 콩 가공식품 중의 glyphosate 내성 유전자재조합 콩 검사에 적용될 수 있을 것이다.

남해안 갯벌 미생물의 세포외효소 활성 및 16S rDNA 분석에 의한 다양성 조사 (Microbial Population Diversity of the Mud Flat in Suncheon Bay Based on 16S rDNA Sequences and Extracellular Enzyme Activities)

  • 김유정;김성겸;권은주;백근식;김정호;김훈
    • Applied Biological Chemistry
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    • 제50권4호
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    • pp.268-275
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    • 2007
  • 순천만 갯벌에 존재하는 미생물의 다양성을 세포외 효소 활성과 16S rDNA 분석으로 조사하였다. 수초 주변과 갯벌에서 채취한 시료에서 얻은 배양 가능한 균 중에서 4개의 균주를 대상으로 CMCase, xylanase와 protease의 활성을 조사한 결과 2, 3, 27, 그리고 30번 4균주 모두 xylan 분해능이 가장 뛰어났다. 각각의 효소 활성의 최적 온도는 $50{\sim}70^{\circ}C$로 나타났고, 수초 주변과 갯벌 시료에 따른 차이는 거의 없었다. 갯벌 내 세균 군집을 조사하기 위해 메타게놈 DNA를 분리한 후 증폭된 16S rDNA를 갖는 약 2,000개의 클론을 얻어 그 다양성을 조사하였다. 제한효소 절단 양상으로부터 선별된 17개의 클론을 분석한 결과 클론들의 평균 유사도는 97.3%이었으며, 그 범위는$91.0{\sim}99.9%$를 보였고, 4번, 7번, 9번, 101번, 104번, 107번을 제외한 나머지 11개는 uncultured strain들로 확인되었다. 이들은 Proteobacteria, Bacteroidetes, Flavobacteria, Verrucomicrobia, Acidobacteria, Firmicutes, 그리고 Chloroflexi의 7개의 그룹으로 구분할 수 있었다. 9개 (52.9%)의 클론은 Proteobacteria, 3개(17.6%)의 클론은 Firmicutes에 속하였으며, 나머지 그룹에는 각각 1개씩의 클론이 해당되었다. Proteobacteria중에서는 황원소의 산화와 환원에 관여하는 gamma Proteobacteria의 비율이 높게 나타났다. 본 연구의 결과 순천만 갯벌은 미생물 다양성을 유지하고 있으며, 분석된 클론의 65% 가량은 배양되지 않은 미생물로 조사되었다. 이 갯벌로부터 메타게놈 라이브러리를 제작하여 보다 다양한 유전자원을 확보할 수 있을 것으로 판단된다.정에도 잘 활용될 수 있을 것으로 생각된다.생리 요인들 간에는 약한 상관이 존재했으나, 피험자들이 온열 쾌적을 유지하는 경우 착용한 의복 종류 및 노출 기온에 상관없이 불감체중손실량은 좁은 범위를 유지했다.것으로 판단된다.$4^{\circ}C$로 저장한 경우 치커리 고유의 초록색과 아삭한 조직감을 유지하고 있어 저온냉수 세척과 tray 포장이 세척 청경채의 선도 유지에 효과가 있는 것으로 나타났다.>$2.0{\sim}1459.4ppm(303.1{\pm}324.2)$으로 나타났다.다. 4. 이상의 결과를 바탕으로 위생교육 매뉴얼을 개발하였다. 위생교육 내용은 4가지 원칙 -개인위생확보, 교차오염방지, 시간온도관리, 냉장관리- 으로 구성하였고, 8영역으로 세분화하였다. 교육 설계방식은 강의식 교육을 위주로 하고, 주제별로, 실연식 교육, 시청각 교육, 토의식 교육을 위한 강의 자료를 마련하였다. 이상의 결과에서 보여 준 레스토랑에서 식중독 예방을 위한 위생관리 활동 내용으로 실천율이 낮은 활동을 규명하고 이 활동에 대한 지속적인 모니터링과 개선활동을 전개한다면 레스토랑의 식중독 예방에 크게 도움일 될 것으로 사료된다. 또한 본 연구에서 개발된 위생교육 자료를 활용한다면, 외식업체의 전반적인 위생수준을 향상시키고 식품의 안전성을 확보하는데 크게 기여할 것으로 기대된다. 최근에 외식업계에서 발생되고 있는 식중독 사고는 이상 기후의 영향이나 시설미비도 그 원인이겠지만, 무엇보다도 중요한 요인은 경영층의 위생에 관한 인식부족, 교육 프로그램의 부재로 사료된다. 그러므로 양적으로 과포화상태에 이르고 있는 외식업계의 질적인 향상을 위해서는 외식업체는 위생교육의 지속적인 실천과 모니터링을 강화하고, 그 결과를 인사고과시스템에 반영하는 통합적인 노력이 요구된다.야 하고, 검사관리를 통해 원재료와 최종제품의 안전성이 확보되어야 한다. 납품업체들의 검사관리 수행도를 높이기 위해서는 검사시설의

품종에 따른 콩의 알레르기성 (Allergenicity of Soybeans Depending on Their Variety)

  • 손대열;김예진
    • 한국식품과학회지
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    • 제42권5호
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    • pp.627-631
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    • 2010
  • 국내에서 소비되는 콩 14품종에 대한 항원성 검사를 토끼에서 생산된 다클론 항체와 콩 알레르기 환자 혈청을 이용하여 검사하였다. 그 결과 콩 특이성을 갖는 다클론 항체를 이용한 연구에서는 일부 콩 품종에서 항원성을 나타내는 단백질이 추가적으로 존재하거나 결여된 것을 확인할 수 있었으며, 14품종 중 특히 진품콩에서는 다른 품종보다 항원성이 강한 단백질이 확인되었다. CAP검사에 의해 콩 항원에 대한 특이 항체 값이 65 U/mL 이상인 콩 알레르기 환자 4명의 혈청을 이용한 반응성 비교에서는 다른 품종에 비해 단백콩과 신팔달2호에서 조사된 모든 콩 알레르기 환자혈청과 상대적으로 뚜렷이 높은 반응성을 나타냈고, 대원콩에서 제일 낮은 반응성을 나타냈다. 이러한 결과는 콩 품종에 따라 포함된 단백질의 알레르기성 차이가 있음을 의미하며 콩을 원료로 식품을 제조할 때 콩 품종을 고려함으로써 알레르기 반응으로 인한 문제를 줄일 수 있는 가능성을 제시한다.

재조합 인간 인터페론 알파와 Pentoxifylline을 이용한 고양이 전염성 복막염의 치료 증례 (Successful Management of Feline Infectious Peritonitis with Human Recombinant Interferon-alpha and Pentoxifylline in a Cat)

  • 강민희;박희명
    • 한국임상수의학회지
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    • 제28권4호
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    • pp.427-430
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    • 2011
  • 6개월령의 잡종 수컷 고양이가 갑작스런 호흡곤란과 식욕부진 증상으로 내원 하였다. 신체검사상 심음의 감소와 함께 확연한 호흡곤란이 확인 되었다. 혈액학적 검사에서 고글로블린 혈증을 동반한 고단백혈증이 관찰되었으며, 다클론성 감마글로블린병증이 확인 되었다. 환축은 흉부 방사선 검사에서 흉수가 확인 되었으며, 흉수는 비감염성 삼출물로, 흉수 역시 다클론성 감마글로블린병증을 동반한 고글로블린증과 감소한 알브민 대 글로블린 비율이 관찰되었다. 또한 흉강 삼출물을 통한 역전사 중합효소연쇄반응에서 고양이 코로나바이러스에 양성반응을 확인하였다. 따라서, 환축은 고양이 전염성 복막염이 강하게 의심되었으며, 재조합 인간 인터페론 알파, pentoxifylline 과 스테로이드제를 이용한 적극적인 치료가 시작 되었다. 환축은 초기 치료에 반응이 좋았으며, 치료 이후 5개월간 재발 증상이 관찰되지 않았다. 결론적으로 본 증례는 재조합 인간 인터페론 알파와 pentoxifylline을 이용한 고양이 전염성 복막염의 치료 반응에 대한 국내 첫 증례보고이다.

Paenibacillus larvae에 대한 다클론 항체 및 그 응용 (Polyclonal Antibody against Paenibacillus larvae and its Application)

  • 백경찬;양옥순;정규회;윤병수
    • 한국응용곤충학회지
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    • 제41권1호
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    • pp.49-53
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    • 2002
  • Paenibacillus larvae는 Gram양성의 내생포자 형성 세균으로, 꿀벌의 질병 중 가장 심각한 피해를 입히는 미국부저병(AFB)의 원인균이다. 이 P. larvae를 발병전인 봉군 또는 애벌레에서 보다 빠르게 검출하기 위하여 기니아피그를 이용하여 이 병원균에 대한 다클론 항체를 제작하였고 또한 그 항체의 성능을 평가하였다 제작된 항체를 이용한 ELISA검색법을 개발한 후, 다수의 P. larvae균주를 검사하였다. 그 결과 P. larvae ATCC 25748의 균체를 사용하여 제작된 항체는 ATCC 9545 (대표균주), ATCC 25747, 국내 분리 균주인 SJl5등과 높은 항체 친화성을 나타내었으며. 다른 세균 종들과는 반응하지 아니하였다. 또한 이 ELISA검색법은 미국 부저병의 현장검사에 적용하기 위하여 사용되었으며, 그 결과로 본 연구에서 제시하는 항체는 벌집 내 또는 애벌레 내에 존재하는 P. larvae의 빠른 동정과 모니터 링에 매우 유용함을 보여주었다.