소 림프구내의 Theileria sergenti감염을 확인하기 위하여 T. sergenti감염혈액에서 림프구를 분리한 후 중합효소연쇄반웅을 실시하였다. 또한,분리한 림프구내의 T. sergenti감 염을 증명하기 위하여 IFA test와 acridine orange stain을 실시하였다. 그 결과 다음과 같은 성적을 얻을 수 있었다. T. sergenti 감염헐액의 전혈과 림프구를 각각 생리식염수로 2배율 연 속회석하여 중합효소연쇄반응을 실시한 결과, 림프구내에서는 1,024배 회석배율까지 T. sergenti의 genomic DNA가 중폭되었으며, 전혈내에서는 256배 회석배율까지 증폭되었다. 그리 고 중합효소연쇄반응으로 T. sergenti 감염이 확인된 림프구를 이용하여 IFA test와 acridine orange 염색을 실시한 결과, 림프구내에 T. sergenti가 존재하는 것을 증명할 수있었다. 한편, 중합효소연쇄반응을 이용한 림프구내의 T. sergenti 감염의 진단 유용성을 확인하기 위하여 전 북지역에서 사육중인 소 16두를 대상으로 이들의 혈액으로 PCR 증폭을 실시하였다. 그 결과 전혈에서 genomic DNA를 취한 경우에는 3두(18.8%)만이, 그리고 림프구에서 genomic DNA를 취한 경우에는 11두(68.8%)의 소에서 T. sergenti DNA의 증폭을 관찰할 수 있었다.
배 경: 중합효소연쇄반응은 폐결핵의 진단에 유용한 검사법으로 도입되어 각 병원에서 널리 이용되고 있으나, 사균과 생균이 모두 양성으로 증폭되기 때문에 결핵환자들의 경과관찰에는 적당하지 못한 것으로 인식되고 있다. 그러나 항결핵제 투여후 중합효소연쇄반응 검사에서 음성으로 전환되는 예를 발견하여, 항결핵제 투여후 중합효소연쇄반응의 음전여부와 음전시기를 알아 보고자하였다. 방 법: 1996년 12월 1일부터 1997년 10월 31일까지 대구효성가톨릭 의료원을 방문하여, 중합효소연쇄반응에서 양성이 나온 16례의 폐결핵환자들을 대상으로, 항결핵제 투여하고 2주-1개월 간격으로 객담을 채취하여 총 113 검체를 대상으로 균배양, 항산성염색 및 중합효소연쇄반응법 등의 추적검사를 시행하였다. 폐결핵 환자들은 흉부 방사선 소견에 따라 분류하였고, 임상경과는 항결핵제 투여 후 1년간 관찰하였다. 결 과: 항결핵제를 투여한 16명의 환자들은 중합효소연쇄반응법에서 모두 30주 내에 음전되었고 평균 음전기간은 $16{\pm}8$주였다. 대상군은 흉부상사선 소견상 경증 8례, 중등도 4례 및 증증 4례로 분류되었고, 각각의 평균 음전기간은 경증 $9{\pm}5$주, 중등 $20{\pm}8$주 및 중증 $23{\pm}2$ 주였다. 항결핵제에 감수성을 보인 예에서는 약제를 복용함에 따라 중합효소연쇄반응 산물이 점차 감소하다가 증폭되지 않는 양상을 나타내었다. 결 론: 중합효소연쇄반응이 양성이었던 폐결핵환자들은 항결핵제 투여 후 30주 이내 모두 음전되었고, 폐침윤 정도가 넓을수록 평균 음전기간이 길었으며, 항결핵제로 치료함에 따라 중합효소연쇄반응 산물이 감소되었다. 따라서 중합효소연쇄반응은 폐결핵 환자들의 치료반응 판정과 효율적인 경과 관찰에 유용하게 사용될 수 있을 것이다.
선형 사상충의 일종인 심장사상충은 개의 심폐 사상충증을 유발한다. 이에 본 연구의 목적은 심장사상충을 효과적으로 검출할 수 있는 실시간 중합효소연쇄반응 기법을 개발함에 있다. 연구에 있어서 사용된 프라이머 및 프로브는 선행연구에서 제작된 심장사상충 특이 프라이머 및 새롭게 제작된 TaqMan 프로브를 이용하였다. 선행연구에서 제작된 프라이머 및 농도별로 희석된 게놈유전자와 플라스미드유전자가 SYBR Green 실시간 중합효소연쇄반응 수행에 이용되었으며, 중합효소연쇄반응 과정 중 증폭 이후의 녹는 곡선의 결과를 분석하였다. 분석결과 사용된 프라이머는 각각 게놈유전자 및 플라스미드 유전자에서 특이 녹는 곡선을 나타냄에 따라 심장사상충 특이 사이토크롬 C 산화효소 유전자만을 증폭하고 있음을 확인 할 수 있었다. 새롭게 제작된 TaqMan 프로브는 SYBR Green 실시간 중합효소연쇄반응과의 결과를 농도별로 희석된 플라스미드 유전자를 이용하여 비교 분석하였고, 분석결과 TaqMan 프로브를 이용한 실시간 중합효소연쇄반응이 검출효율 및 특이도에 있어서 우수함을 확인할 수 있었다. 본 연구를 통하여 개발한 실시간 중합효소연쇄반응은 기존의 전통적인 진단기법의 한계를 극복할 수 있는 신속하고 정확한 향상된 진단기법을 제시한다.
G+C 함량이 높은 primer를 이용한 중합효소 연쇄반응을 실시하는 경우 높은 annealing 온도로 인하여 특이 염기서열의 합성정도가 매우 미약하게 나타나는 경우가 많이 있다. 이와 같은 문제점을 보완하기 위하여 glycerol, formamide 및 dimethyl sulfloxide (DMSO) 등의 변성제를 반응용완충액에 첨가하고 중합효소 연쇄반응을 실시하여 그 결과를 비교 검토하였다. G+C 함량이 낮은 Borrelia burgdorferi의 Lyl 유전자의 primer set인 Bb 679와 Bb 680를 이용한 중합효소 연쇄반응에서는 변성체 첨가에 따른 합성 DNA의 양의 변화가 뚜렷하지 않았다. 그러나 G+C 함량이 높은 primer set인 Mycobacterium paratuberculosis의 IS900 유전자의 IS900/150C와 IS900/921를 이용한 중합효소 연쇄반응을 유도한 경우에는 변성제를 첨가함에 따라 합성된 DNA의 양의 증가가 뚜렷하였으며, 2.5% glycerol과 1.25% formamide를 혼합 첨가한 경우와 또는 2.5% DMSO를 반응용 완충액에 첨가하였을 때 비특이적인 증폭비율이 낮아 특이 염기서열의 합성 결과가 양호한 것으로 나타났다.
일반적으로 임상검사실에서 vancomycin resistant enterococci (VRE)를 검출하는 일은 어렵고, 시간이 많이 들며, 검체처리 비용도 많이 든다. 따라서 본 실험은 임상검체에서 분리된 세균으로부터 VRE를 신속하게 확인하고, 진단하기 위한 방법으로서 다중 중합효소 연쇄반응을 확립하였다. 본 실험에 사용된 primer는 장구균에 특이 한 유전자인 vanA, vanB, vanC-1, vanC-2/3 각각의 염기서열을 기초로 primer를 제작하고, 다중 중합효소 연쇄 반응을 실시하여 임상검체로부터 분리된 VRE 유전자의 type및 분포율을 조사하고자 하였다. 국내에서 분리된 75주의 장구균을 대상으로 다중 중합효소 연쇄반응을 실시한 결과 36주의 분리균주에서 vancomycin에 대해 높은 저항성을 보이는 vanA 유전자를 가진 것으로 나타났다. 그리고 18주에서는 vancomycin에 낮은 저항성을 내성을 보이는 vanC-1 또는 vanC-2/3 유전자를 보유한 것으로 나타났다. 따라서 본 실험에서 확립한 다중 중합효소 연쇄 반응 기법은 신속한 VRE 진단 방법으로 이용할 수 있을 것이다.
In this work, thermal design of a PCR chip for LOC is systematically conducted. From the numerical simulation of a PCR chip based on the finite volume method, how to control the average temperature of a PCR chip and the temperature difference between the denaturation zone and the annealing zone is presented. The average temperature is shown to be controlled by adjusting heat input and a cooler as well as a heater is shown to be necessary to obtain three individual temperature zones for polymerase chain reaction. To reduce the time required, a heat sink for the cooler is not included in the calculation domain for the PCR chip and heat sink design is conducted separately by using a compact modeling method, the porous medium approach.
최근 중합효소연쇄반응을 이용한 분자생물학적 유전자분석기술의 발달로 성염색체상의 유전좌위 증폭을 통한 성별감정이 활발히 이루어지고 있다. 그중 사람 Y염색체상에 존재하는 남성 고환의 형성을 유도하는 sex-determining region Y(SRY) gene이 규명되어 유전질환의 조기 발견이나 예방 및 태아의 성별판정 등에 응용되고 있다. 그러나, 치아는 외부 환경에 대한 저항성이 가장 높은 장기로 성별감정 등 법의치과학적 개인식별에 널리 이용되고 있음에도 불구하고, SRY 유전자를 이용하여 치아에서의 성별감정에 대한 연구는 시도된 바 없다. 따라서, 본 연구에서는 사람 치아에서 중합효소연쇄반응법을 이용한 SRY 유전자를 검출하여 성별판정에 용용하고자 하였다. 남녀 각각 20개 치아의 치수와 상아질에서 DNA를 추출하여 중합효소연쇄반응 을 시행하고 SRY 유전자를 검색한 결과, 남성에서는 치수 13개중 8개, 상아질 7개중 4개에서 SRY 유전자가 검출되었고, 여생에서는 검출되지 않았다. 이러한 결과는 중합효소연쇄반응법을 이용하여 사람 치아에서 SRY 유전자를 검색할 때, 남성판별에 유용하고 치아를 이용한 성별감정시 기존의 성별감정에 이용되고 있는 다른 유전자와 함께 SRY 유전자를 검색함으로써 성별감정의 신뢰도를 높힐 수 있을 것으로 사료된다.
개에서 설사를 일으키는 주요 원인이 되는 장내 병원균으로 Salmonella spp., Shigella spp., Campylobacter spp., Clostridium spp.가 있다. 이들 세균은 배양으로 검출이 어렵다. 본 실험에서는 Salmonella spp., C. coli, C. jejuni, 그리고 Cl. perfringens를 신속하고 민감하게 검출할 수 있는 방법을 고안하였다. 정상견 71마리와 설사증상이 있는 66마리에서 수집한 분변 시료에서 장내 병원균의 유병률을 알아보고자 하였다. 장내 병원균은 실시간 중합효소 연쇄 반응 분석을 이용하여 검출하였다. 설사변에서 Salmonella spp., C. coli, C. jejuni, Cl. Perfringens는 정상변보다 검출률이 높았다. 개발한 다중실시간 중합효소연쇄반응은 분변시료의 병원균 존재 및 양 또는 기타 고유 서열을 확인하는데 유용하였다.
목 적 : 듀시엔/베커형 근이영양증(Duchenne and Becker type muscular dystrophy; DMD/BMD)은 남아에게 나타나는 일반적인 X 염색체 연관 유전성 근육 질환으로 DMD(dystrophin) 유전자의 돌연변이로 인해 생긴다. 그 중 큰 exon 결실이 전체 DMD 환자의 약 50-60%에서 발견된다. 이 유전자의 돌연변이를 찾기 위해 여러 방법들이 사용되고 있지만 결실 돌연변이를 찾아내기 위한 가장 일반적인 방법으로 복합적 중합효소연쇄반응을 이용하고 있다. 하지만 이 방법의 단점은 하나의 시험관 안에 복합적인 시발체가 존재하여 정확한 반응 조건을 찾기 힘들 뿐 아니라 시발체 상호간의 간섭으로 중합효소 연쇄반응의 비특이적 생성물을 빈번하게 일으켜 잘못된 음성 또는 양성 결과를 가져올 수 있다. 이런 문제를 보완하고자 Dual Primer Oligonucleotide(DPO) 방법을 도입하였다. DPO는 polydeoxyinosine 연결에 의해 두 영역으로 분리된 올리고뉴클레오티드(oligonucleotide)로 표적 DNA 염기서열과의 교잡반응에 높은 특이적 반응을 보여 복합 중합효소 연쇄반응의 정확도를 높여준다. 본 연구에서는 3 그룹을 대상군으로 DMD 유전자의 결실돌연변이 검색을 위한 DPO-복합 중합효소 연쇄반응법의 특이성과 민감성을 알아보고자 하였다. 방 법 : 50명의 건강한 남자 대조군, 50명의 결실 돌연변이를 갖고 있는 양성반응 환자그룹 그리고 20명의 결실 돌연변이를 가지고 있지 않은 음성반응 환자 그룹으로 구성된 3 그룹을 대상으로 DPO-복합 중합효소 연쇄반응법을 이용하여 실험하였다. 이들 120명의 실험군 모두 PMter영역과 exon 3, 4, 6, 8, 12, 13, 17, 19, 43-48, 50-52, 60을 포함하는 18개의 exon에서의 결실의 여부와 결실 범위를 확인하였다. 결 과 : DPO-복합 중합효소 연쇄반응법은 결실 여부를 발견하는데 100%의 특이성과 민감성을 보였다. 하지만 결실 범위의 결정에는 97.1%의 민감성과 특이성을 보였다. 결 론 : DPO-복합 중합효소 연쇄반응법은 기존의 복합 중합효소 연쇄반응법 보다 높은 분석 확실성을 보일뿐 아니라 빠르고 저렴한 비용으로 쉽게 할 수 있기 때문에 듀시엔/베커형 근이영양증 환자의 DMD 유전자의 결실돌연변이 여부를 확인하는데 유용한 방법이다.
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[게시일 2004년 10월 1일]
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