• 제목/요약/키워드: 준분자동역학

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자기조립 나노구조체의 단위체 구조 연구

  • 유영재;조영범;이민준;신석민
    • EDISON SW 활용 경진대회 논문집
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    • 제4회(2015년)
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    • pp.32-39
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    • 2015
  • 최근 펩티드를 포함한 다양한 물질들의 자기조립 (self-assembly) 나노구조체에 대한 연구들이 많이 진행되고 있다. 이는 이러한 분자들로 구성된 구조체들이 환경친화적이며, 생체 나노구조체를 묘사함을 통해 세포소기관의 기능 역시 모방할 수 있다고 기대되기 때문이다. 만약 분자 수준에서 자기조립을 형성하는 단위체를 살펴본다면 자기조립 나노 구조를 개발하는 방법에 대한 통찰을 얻을 수 있을 것이다. 본 연구에서는 최근에 Wen Li 그룹에서 개발한 쉽게 합성할 수 있는 자기조립 펩티드의 적합성을 분자 수준에서 규명하였다. 이를 위해 복제계-맞바꿈 분자 동역학 시뮬레이션 (replica exchange molecular dynamics simulation)을 통해 구조를 샘플링 (sampling)하였고, 얻어진 구조들을 평균 제곱근 편차 (root mean square deviation, RMSD)를 기준으로 클러스터링하였다. 그 결과로 매우 우세한 상대빈도를 보이는 하나의 구조를 얻었으며, 그 구조가 탄소 골격과 잔기의 배열의 측면에서 자기조립 펩티드로 사용되기에 적합함을 규명하였다.

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용액상 색소분자의 흡수스펙트럼에 대한 이론적 연구 (Theoretical Study on the Absorption Spectrum of a Chromophore in Liquid)

  • 우정문;양민오
    • 대한화학회지
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    • 제52권1호
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    • pp.7-15
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    • 2008
  • 분자들의 전자 흡수스펙트럼에 영향을 주는 분자 핵 운동은 이론적으로 양자동역학적 시간상관함수로 표현된다. 본 연구에서는 분자동역학 전산모사와 양자화학적 계산등의 순 이론적 계산을 이용해 고전역학적 시간상관함수를 구하고 두 가지의 준고전역학적 근사방법으로 양자동역학적 시간상관함수를 얻었다. 또한 이차 축적전개 근사식을 이용하여 액체상에 있는 nile blue 색소분자의 전자전이 흡수스펙트럼을 얻었다. 계산 결과는 실험에서 얻은 스펙트럼과 비교적 잘 일치하였으며, 실험 결과와의 비교를 통해, 본 계의 용매화 동역학의 시간 척도는 1ps 보다 길며 색소분자에 인접한 용매분자들이 용매화에 영향을 주는 주 성분임을 확인하였다.

요추 추체의 골 -재형성에 대한 준분자 동력학적 접근 방법 (Analysis of Bone-Remodeling Process Using Quasi-molecular Dynamics)

  • 김영은;최훈희
    • 대한의용생체공학회:의공학회지
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    • 제24권5호
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    • pp.447-451
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    • 2003
  • 준분자 동력학 기법을 적용한 새로운 골-재형성 해석 방법을 제안 하였다. 본 연구에서는 기존의 연구에서 고려하지 못 하였던 해변골 내의 유체 압력이 골-재형성에 미치는 영향 까지를 고려한 해석 모델이 제안 되었다. 골-재형성의 대상 모델로 추체 시상면상의 2-D 모델을 개발 하였으며, 약 2kN의 수직 압축력에 해당되는 1.8564mm의 일정 변위 조건에 따른 모델내의 준분자들의 재배치 과정을 해석 하였다. 수렴된 피질골 및 해면골 모델의 준 분자의 형상은 실제 추체의 모양과 일치된 형태를 보이고 있었으며 계산된 수핵 압력 변화도 기존의 in-Vitro 실험 결과와 비교적 일치 하여 본 모델의 타당성을 입증 할 수 있었다.

분자 동역학 계산을 통한 결정질 실리콘 태양전지 기판에 콜드 스프레이 전극 형성 시 발생되는 비정질 구리상에 대한 용융 온도 변화 연구 (Melting Point of Amorphous Copper Phase on Crystalline Silicon Solar Cells During Cold Spray using Molecular Dynamics Calculations)

  • 김수민;강병준;정수정;강윤묵;이해석;김동환
    • Current Photovoltaic Research
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    • 제3권2호
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    • pp.61-64
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    • 2015
  • In solar industry, numerous researchers reported about cold spray method among various electrode formation technic, but there are no known a bonding mechanism of metal powder. In this study, a cross-section of copper electrode formed by cold spray method was observed and heterogeneous phase between silicon substrate and copper electrode was analyzed using morphology observation technic. SEM and TEM analysis were performed to analyze a crystallinity and distribution shape of heterogeneous copper phase. Molecular dynamics simulation was performed to calculate glass transition temperature of copper metal. In the result, amorphous copper phase was observed near interface between silicon substrate and metal electrode. The results of the molecular dynamics simulation show that an amorphous copper phase could be formed at a temperature below the melting point of copper because cold spraying resulted in a lower glass transition temperature.