• Title/Summary/Keyword: 유전체 분석

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Comparison of Hsp90 and CYP1A Expression Patterns by Water Temperature Stress in Atlantic Salmon (Salmo salar) (대서양 연어(Salmo salar)의 수온 스트레스에 의한 Hsp90 및 CYP1A 발현 양상 비교)

  • Kang, Han Seung;Song, Jae-Hee;Kang, Hee Woong
    • Journal of Marine Life Science
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    • v.3 no.2
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    • pp.51-58
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    • 2018
  • Variations in water temperature are known to affect almost every part of fish physiology. The rise in water temperature due to climate change can physically damage fish. This study was conducted to evaluate the health status of the Atlantic salmon (Salmo salar) at high water temperature (20℃) than the optimum water temperature (15℃). Liver tissue exerts important metabolic functions in thermal adaptation. Therefore, liver tissue was used in this study. The evaluation method is to develop the biomarker gene using NGS RNAseq analysis and to examine the expression pattern using RT-qPCR analysis. The NGS RNAseq analysis revealed 1,366 differentially expressed genes, among which 880 genes were increase expressed and 486 genes were decrease expressed. The biomarker genes are such as heat shock protein 90 alpha (Hsp90α), heat shock protein 90 beta (Hsp90β) and cytochrome P450 1A (CYP1A). The selected genes are sensitive to changes in water temperature through NGS RNAseq analysis. Expression patterns of these genes through RT-qPCR were similar to those of NGS RNAseq analysis. The results of this study can be applied to other fish species and it is considered to be useful industrially.

Influence of Porosity on Dielectric Constant of Codierite Ceramic (코오디어라이트 세라믹의 유전상수에 미치는 기공율의 영향)

  • Ryu, Su-Chak;Park, Hui-Chan
    • Korean Journal of Materials Research
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    • v.6 no.2
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    • pp.182-187
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    • 1996
  • 물과 에탄올의 혼합용액에 HCI을 촉매로하여 금속알콕사이드의 가수분해로부터 코오디어라이트 분말을 제조하였다. 이때 HCI/precursor 몰비로써 촉매의 양을 조절하였다. 건조분말 중의 용매를 제거하기위해 80$0^{\circ}C$에서 3시간 하소처리하였다. 이들 하소된 분말에 대하여 시차열분석과 X-선회절분석을 행한 결과-92$0^{\circ}C$에서 $\mu$-cordierite, -103$0^{\circ}C$에서 $\alpha$-cordierite 결정상의 생성을 확인하였다. 또한, 하소분말을 가압성형한 후 130$0^{\circ}C$에서 4시간 열처리한 결과 HCI양에 따라 기공율 19.45-25.45%, 부피비중 2.06-1.70g/㎤, 유전상수 1.38-3.38 범위의 소결체를 얻었다. HCI양이 증가할수록 기공율은 증가한 반면에 비유전상수와 부피비중은 감소하였다.

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Current Status and Outlook of pNFS and Its Implementation (pNFS 표준화 및 연구개발 동향)

  • Park, J.S.;Kim, S.Y.;Cha, M.H.;Kim, D.O.;Kim, Y.C.;Kim, H.Y.
    • Electronics and Telecommunications Trends
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    • v.26 no.5
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    • pp.55-65
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    • 2011
  • 요즘 신산업으로 떠오르고 있는 개인 유전체 분석이나 차세대 시퀀싱 기술과 같은 고성능 컴퓨팅 응용들은 data-intensive한 작업들을 요구하며, 이러한 응용을 지원하기 위한 고성능 파일 시스템 기술에 대한 연구들이 다수 진행 중이다. 그러나 그 결과물들은 업체별로 보유한 고유 기술로서, 상호 호환성 등의 문제로 인해 표준화의 필요성이 제기되어 왔다. 현재 파일 시스템과 관련하여 거의 모든 IT 업체에서 사용하고 있는 실질적인 표준은 NFS(Network File System)이다. IETF(Internet Engineering Task Force)에서는 이러한 요구사항들을 반영하여 2010년에 NFSv4.1 표준을 공표하였고, 특히 I/O 성능을 향상시키기 위한 pNFS(parallel NFS)는 NFSv4.1의 핵심 기능으로서 다수업체들과 연구기관들에서 많은 관심을 받고 있다. 본 고에서는 pNFS 표준화 및 연구개발 동향과 관련된 이슈들에 대해 기술하고자 한다.

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An Analysis of Wall-Charge in the Plasma Display Panel (플라즈마 디스플레이의 벽전하 해석)

  • Han, Jin-Ho;Lee, Jeong-Seop;Ryeom, Jeong-Duk
    • Proceedings of the Korean Institute of IIIuminating and Electrical Installation Engineers Conference
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    • 2008.10a
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    • pp.3-6
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    • 2008
  • PDP는 어드레스 기간 동안 유전체 위에 축적한 벽전하(Wall-Charge)를 이용하여 화상정보를 입력함으로서 표시방전 셀을 결정할 수 있다. 따라서 벽전하의 해석은 방전 셀 특성을 분석하기 위한 중요한 요소이나 실제 X-Y 전극 간 벽전압은 다른 인가 펄스의 영향과 공간전하의 영향이 작용하여 측정이 쉽지 않다. 본 논문에서는 공간전하의 영향과 다른 인가 펄스의 영향을 고려하여 실제 표시방전 펄스의 방전 조건과 동일한 조건을 만들어 벽전하가 소거된 상황의 방전개시전압을 측정하였으며 측정된 결과를 통해 벽전압을 계산하였다. 또한 공간전하 발생 후 시간을 변화시키면서 방전지연시간과 방전강도를 측정하여 방전 시 발생한 공간전하에 의한 영향을 분석하였다.

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A Study on Capacitive Coupling Wireless Power Transfer using Transparent Electrodes through electric vehicles glasses (투명전극을 이용한 전기자동차 유리를 통한 커패시티브 커플링 무선전력전송에 관한 연구)

  • You, Young Soo;Yi, Kang Hyun
    • Proceedings of the KIPE Conference
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    • 2016.11a
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    • pp.167-168
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    • 2016
  • 본 논문은 투명전극을 이용한 커패시티브 커플링 무선전력 전송에 관한 연구이다. 기존의 연구에서 유리를 유전체로 하여 큰 커플링 커패시터를 얻을 수 있었으며 이를 통해 전기자동차 무선전력 전송이 가능했었다. 하지만 동판을 이용하여 커패시터를 생성하는 경우 유리를 사용하는 응용분야에서는 시야확보의 문제점을 가진다. 이러한 문제점을 해결하기 위한 방식으로 전기전도성이 높은 투명전극 사용방식을 제안한다. 제안하는 방식의 타당성 검증을 위해 모의실험을 통한 손실과 효율을 분석했다. 또한 실험의 타당성 검증을 위해 동판만으로 구성한 커패시터, 투명전극과 동판으로 구성한 커패시터를 이용해 실제 200W급 송 수신 회로를 설계 및 제작하여 비교 분석 하였다.

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Parallel CNV detection algorithm based on Cloud Computing (클라우드 컴퓨팅 기반의 병렬 CNV 검출 알고리즘)

  • Hong, Sang-Kyoon;Lee, Jee-Hee;Lee, Un-Joo
    • Proceedings of the Korea Information Processing Society Conference
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    • 2011.04a
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    • pp.1264-1267
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    • 2011
  • 시퀀싱 기술의 발달로 최근에는 비교적 저렴한 비용으로 개인의 유전체 시퀀싱 데이터를 산출할 수 있게 되었다. 하지만 이를 기반으로 하는 기존의 분석 방법은 매우 고가의 컴퓨팅 환경을 요구하기 때문에 분석을 위한 비용이 매우 높은 문제가 있다. 본 논문에서 클라우드 컴퓨팅 환경의 병렬 CNV 검출알고리즘을 제안한다. 제안하는 방법은 모양 기반의 CNV 검출 알고리즘인 CNV_shape을 MapReduce 기법으로 개발한 것으로 시퀀싱 데이터를 레퍼런스 서열에 매핑한 결과로부터 리드 커버리지 (read coverage)를 계산하여 커버리지가 감소하거나 증가하는 일정 길이 이상의 영역을 검출하는 방법이다. 클라우드 컴퓨팅 환경에 적용하고 노드의 밸런싱 유지를 위한 방법으로 파티셔닝 기법을 사용하였다. 또한 실 데이터를 이용한 실험을 통해 제안하는 방법의 효율적 데이터 처리를 보인다.

Helicobacter pylori vacA Mosaicism and New Primers for vacA Signal Sequence Indigenous to Korea (Helicobacter pylori vacA 대립유전자의 Mosaicism과 Signal Sequence의 한국고유 시발체)

  • Ahn, Yeon-Hwa;Kim, Heung-Ryel;Lee, Ji-Eun;Hwang, Tae-Sook;Choe, Yon-Ho
    • Pediatric Gastroenterology, Hepatology & Nutrition
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    • v.4 no.2
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    • pp.155-160
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    • 2001
  • Purpose: Helicobacter pylori has been known to have diverse vacA allelic types. The purpose of the study was to identify vacA diversity in Korea and design new primers for signal sequence alleles indigenous to Korea. Methods: Fifty antral biopsy specimens, which had been proven to be H. pylori-positive, were examined for vacA status; signal sequence and mid-region. After PCR amplification and DNA sequencing, vacA alleles of Korean H. pylori strains were compared with those from other countries. Results: Among Korean H. pylori strains vacA alleles with all combinations of signal sequence and mid-region were found, with the exception of s1b or s2. vacA genotype s1c/m1 was predominant in Korea. We found that GGGAGCGTTR in s1a and GGGGYTATTG in s1c were the indigenous sequences to Korea and constructed the new Korean specific primers for the vacA signal sequence; VASK-F, VASK-R, S1AK-F, and S1CK-F. Conclusion: This study showed that s1c/m1 is the predominant type of vacA allele in Korea. We designed new primers for the vacA signal sequence.

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ASSOCIATION STUDY OF ATTENTION-DEFICIT/HYPERACTIVITY DISORDER(ADHD) AND THE DOPAMINE TRANSPORTER(DAT1) GENE - CASE CONTROL DESIGN STUDY - (주의력결핍과잉행동 장애와 도파민 운반체 유전자간 연합연구 - 환자-대조군 디자인 연구 -)

  • Kim Boong-Nyun;Cho Soo-Churl
    • Journal of the Korean Academy of Child and Adolescent Psychiatry
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    • v.16 no.2
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    • pp.199-210
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    • 2005
  • Objective : Attention deficit hyperactivity disorder(ADHD) affects $5-10\%$ of children in Korea, with more boys and girls being diagnosed. Despite seriousness of ADHD, little is known about its causes. From the current genetic epidemiologic studies, ADHD is known as a heritable disorder. Till now, however, there have been very few genetic studies about ADHD in Korea. The aim of the this study is to examine the association between dopamine transporter gone type 1 and ADHD using case-control design in Korean ADHD probands and normal controls. Materials and Method : Child Psychiatric Genetic research team in Seoul National University Hospital, Clinical Research Institute recruited the ADHD probands using clinical interview/observation, diverse rating scales, and neuropsychological tests. For eliminating phenocopy or ADHD, diagnosis of ADHD was based upon clinical data, psychometric data, and parent/teacher reports. Total 85 ADHD-probands were recruited as final study subjects and independent 100 normal adults participated in this study as control group. For all the ADHD probands, and controls, the 3'-UTR-VNTR polymorphism of DAT1 was analyzed. Based on the DAT1 allele and genotype informations, Chi-square test based on case-control design was performed. Results : As for genetic study, total of 85 probands and 100 controls were included for the genetic analysis. Four different alleles, 350bp (7repeat), 440bp (9repeat), 480bp (10repeat) and 520bp (11repeat) were found in DAT1 gene of study subjects. In case-control analysis, ADHD probands and parents have significantly more 9 repeat allele and 9/10 genotype. Also, The probands with 9repeat allele have more commission errors in ADS. Conclusion : The positive association between ADHD and DAT1 gene was replicated in this report like other previous results for caucasian children and Korean children with ADHD. There are ongoing studies on other candidate genes such as DRD4 and DRD5 and it would be required to explore the association of these candidate genes in Korean children with ADHD. These ongoing genetic research will contribute to the understanding of heterogenous genetic and environmental etiologies of ADHD phenotype, which will lead to the development of more comprehensive treatment and preventive interventions for ADHD.

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Cultivation characteristics and genetic diversity of wild-type collections of Hericium erinaceus in Korea (국내 노루궁뎅이버섯 야생수집균주의 자실체 특성 및 유전적 다양성)

  • Park, Sun-Ae;Lim, Sun-Hwa;Kim, Ja-Yoon;Kang, Hee-Wan
    • Journal of Mushroom
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    • v.18 no.1
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    • pp.84-90
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    • 2020
  • Wild-type isolates of H. erinaceus were collected from different geographical areas of Korea. Nineteen isolates were cultured on mushroom substrate for producing fruiting bodies. Of these, 14 isolates formed pinheads and fruiting bodies on the substrate. The morphological and cultivation characteristics of fruiting bodies were categorized by pinheading, fruit body formation, spine types, fresh weights, and colors. Microstructures, including spines, spores, and basidia on the fruiting bodies were observed using scanning electron microscopy. The H. erinaceus isolates demonstrated different PCR polymorphisms produced by universal fungal primers (UFPs) and were classified into four groups based on their high genetic diversity.

Dynamic Development of Techno-social Dysfunctions Accompanied with the Spread of 'New technology' and Countermeasures against Them (신기술' 확산에 따른 기술사회적 역기능의 전개과정 및 대응 전략)

  • Kim Jong-Kil
    • Journal of Science and Technology Studies
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    • v.1 no.1 s.1
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    • pp.235-259
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    • 2001
  • This study investigates a variety of dysfunctions and dynamics accompanied with the spread of advanced technology, and predicts the developmental directions of future uncertain society. There are, further, proper countermeasures against dysfunctions discussed. First, different theoretical paradigms concerned with the relationship between seience/technology and society would be comparatively analyzed, and their techno-social implications would be examined. Next, the latest trend of bio-technology and information technology, especially the trend of combination of bio- and information technology, appeared in the progress of Human Genome Project, would be considered. Thirdly, techno-social dysfunctions and far-reaching effects following the development of high-technologies would be analyzed, and realistic alternative plans would be suggested. Through this study, we come to a conclusion that, in order to reduce techno-social dysfunctions to a minimum and enhance their eufunctions, not only 'human' control over technological development should be guaranteed, but also action plan for bridging social gaps should be prepared. In addition, fluent communication and mutual understanding of all concerned, particularly between researcher community, government, and civic sector are required.

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