• Journal of Genetic Medicine
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• v.4 no.2
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• pp.179-185
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• 2007

Purpose : Catecholamines are the neuro-transmitters in the sympathetic nervous system (SNS) and are activated by stress stimulus. Tyrosine hydroxylase (TH) and Dopamine-${\beta}$-Hydroxylase (DBH) are very important enzymes in the catecholamine synthesis. Corticotropin releasing hormone (CRH) is released in the process of reacting to stresses. The aim of this study is to find out what effects immobilization stresses have on the expression of TH, BDH and CRH mRNA in a rat's brains. Methods : We compare expression levels in rat's brains of TH, DBH and CRH mRNA induced by immobilization stresses between the test group and controled group. The expression levels of TH, DBH and CRH mRNA are measured by RT-PCR and the Western Blotting Analysis (WBA). Results : In brains and adrenal glands of the immobilization stress group, the expression levels of TH and DBH mRNAs are significantly two to three times higher (P<0.01), and CRH mRNAs are approximately one and a half times higher (P<0.05) than those of controlled group. Conclusion : This study suggest that the expression levels of TH, DBH and CRH mRNAs are activated by stress stimulus in a rat's brains and adrenal glands.

• Journal of Chest Surgery
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• v.42 no.2
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• pp.141-147
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• 2009

Background: We performed this study to identify the tumor suppressor genes located in the long arm of chromosome 21 in non-small cell lung cancer. Material and Method: The genes of USP25 in 21q11.2, NCAM2, ADAMTS1 in 21q21.2, and Claudin-8 (CLDN8), Claudin-17 (CLDN17) and TIAM1 in 21q22.1 were investigated for their gene expressions, genetic alterations and promoter methylation. Result: The expressions of CLDN8 and CLDN17 were significantly decreased in 7 (L132, H157, H358, H522, H1299, H1703 and HCC2108) of 13 cell lines, and the expression of ADAMTS1 was also significantly reduced in 6 cell lines (A549, SW900, H1299, H1373, H1703 and H1793). There were no genetic alterations by PCR-SSCP and cDNA cloning in the cell lines with a decreased gene. In the cell lines with a decreased gene expression, the mRNA expression was increased significantly with treatment of 5-Aza-CdR. Conclusion: These results suggest that the ADMTS1, CLDN8 and CLDN17 may act as tumor suppressor genes.

• Tuberculosis and Respiratory Diseases
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• v.56 no.5
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• pp.450-464
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• 2004

Background : The FHIT (fragile histidine triad) gene is a frequent target of deletions associated with abnormal RNA and protein expression in lung cancer. Previous studies have shown FHIT gene transfer into lung cancer cell line lacking FHIT protein expression resulted in inhibition of tumor cell growth attributable to the induction of apoptosis and reversion of tumorigenecity. However, the mechanism of the tumor suppressor activity of the FHIT gene and the cellular pathways associated with its function are not completely understood. Methods : To gain insight into the biological function of FHIT, we compared the NCI-H358 cell line with its stable FHIT transfectants after treatment with cisplatin or paclitaxel. We investigated the effects of FHIT gene expression on cell proliferation, apoptosis, and activation of caspase system and Bcl-2 family. The induction of apoptosis was evaluated by using DAPI staining and flow cytometry. Activation of caspases and Bcl-2 members was evaluated by Western blot analysis. Results : A significantly increased cell death was observed in FHIT transfectants after cisplatin or paclitaxel treatment and this was attributable to the induction of apoptosis. Remarkable changes in caspases and Bcl-2 family were observed in the transfected cells as compared with the control cells after treatment with paclitaxel. Activation of caspase-3 and caspase-7 was markedly increased in cells expressing FHIT. Expression level of Bcl-2 and Bcl-xL protein was significantly decreased and that of Bax and Bad protein was significantly increased in the transfected cells. Conclusion : FHIT gene delivery into lung cancer cells results in enhanced apoptosis induced by treatment with cisplatin or paclitaxel. The data suggest that apoptosis in FHIT-expressing cells could be related to activation of caspase pathway and Bcl-2 family.

• The Journal of Korean Medicine Ophthalmology and Otolaryngology and Dermatology
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• v.18 no.1
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• pp.27-49
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• 2005

당귀음자가감방(當歸飮子加減方)과 외치방(外治方) 병용의 아토피 치료 기전을 규명하고자 NC/Nga 생쥐의 동물 병태 모델을 이용하여 다양한 면역 반응을 관찰하였던 바, 다음과 같은 결론을 얻었다. 1. NC/Nga 생쥐의 피부손상 정도 16주와 20부에 대조군에 비해 36.0%, 37.8% 감소하다. 2. NC/Nga 생쥐의 혈중(血中) IgE, IL-4, IL-5, IL-6, IgM, IgG1 및 IgG2a 수준은 대조군에 비하여 유의성 있게 감소하였고, IL-13 수준은 대조군에 비하여 감소하였으나 유의성을 나타내지 않았다. 반면, $IFN-{\gamma}$ 수준은 유의성 있게 증가하다. 3. NC/Nga 생쥐의 비장 무게는 대조군에 비하여 유의성있게 감소하였다. 4. NC/Nga 생쥐의 lymph node에서 B/f ratio는 증가된 대조군에 비하여 감소하였으며, $CD4^+$와 $CD8^+$ 세포 발현은 대조군에 비하여 증가하였고, $CD4^+$는 유의성있는 감소를, $CD8^+$는 유의성 없는 약간의 증가를 나타내었다. $CD69^+$, CD11a 세포 발현은 대조군에 비하여 유의성있게 감소하였다. 5. NC/Nga 생쥐의 피부조직배양에서 IL-4 IL-5, CCR3 유전자 발현은 대조군에 비하여 현저히 감소하였고, IL-6, IL-13, $CD69^+/CD3{\varepsilon}^+,{\;}CD19^+/CD44^+$ 발현량은 유의성있게 감소하였으며, $IFN-{\gamma}$의 유전자 발현은 대조군에 비하여 증가하였다. 6. NC/Nga 생쥐 귀, 목의 피부 조직 변화에서는 표피와 진피의 염증 정도와 침윤된 염증 면역세포 등이 대조군에 비하여 현저하게 감소되었다. 7. Lymphokine assay에서 IL-4 발현량은 대조군에 비하여 유의성 있게 감소(減少)하였고, $IFN-{\gamma}$의 발현량은 유의성 있게 증가하였다.

• KSBB Journal
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• v.9 no.3
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• pp.339-345
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• 1994

Deletions between UASG and the GALI TATA box reduced glucose repression and allowed constitutive expression of the gene product in the absence of galactose. The relative inducer level (ratio of galactose/glucose concentrations) affected the extent of gene expression and glucose repression. Glucose repression was reduced by a factor of 2 to 5 as the relative inducer level increased. In the medium containing galactose only, induction of ${\beta}$-galactosidase synthesis by galactose increased with plasmid copy number. On the contrary, plasmid copy number did not affect significantly ${\beta}$-galactosidase synthesis in the medium containing both glucose and galactose (2% glucose＋2% galactose), which might be due to glucose repression caused by high glucose concentration. However, when the medium contained the relatively high inducer level (0.4% glucose＋0.8% galactose), ${\beta}$-galactosidase synthesis increased with plasmid copy number, indicating that the beneficial effect of higher galactose concentration was weaker than the repressive effect of higher glucose concentration.

• Proceedings of the Korea Society of Environmental Biology Conference
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• 2004.12a
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• pp.102-102
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• 2004

• Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
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• 2003.04c
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• pp.362-364
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• 2003

기능 유전체학에서 클러스터링 기법은 고차원의 마이크로 어레이 데이터 분석을 위한 주된 도구 중의 하나이다. 본 논문에서는 정보병목(information bottleneck)기법 기반의 이중 클러스터링에 의한, 유전자 발현 데이터의 계층적 병합방식 클러스터링 기법을 제안한다. 정보병목기법은, 두 랜덤변수의 결합확률분포가 주어진 경우 두 변수의 상호 정보량을 최대한 보존하면서 한 변수를 압축하는 기법이며, 두 변수를 차례로 압축하는 것이 이중 클러스터링이다. 실제 마이크로 어레이 데이터인 NC160 데이터(암세포 내 유전자 발현 데이터)에 대한 실험에서, 먼저 유전자를 그 발현패턴에 따라 클러스터링 한 후 이를 이용하여 표본들을 클러스터링하고 그 성능을 다각도로 분석하였다. 상호 정보량과 유전자 및 표본 클러스터 수와 엔트로피 척도에 의한 성능을 검토해 본 결과, 표본이 추출 조직에 따라 구분 가능할 것이라는 가정을 검증할 수 있었으며, 적절한 클러스터의 수를 결정할 수 있는 임계점의 기준을 설정할 수 있었다.

• Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
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• 2006.10c
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• pp.246-251
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• 2006

마이크로어레이 실험은 수 천에서 수 만개의 유전자 발현 결과를 동시에 측정할 수 있어 질병의 발현 형질 분류 등에 유용하게 이용되고 있다. 그러나 마이크로어레이 실험은 동일한 플랫폼의 실험이라 할지라도 환경 등에 따라 그 실험 결과에 차이가 나는 등 오차를 항상 포함하고 있다. 또한 마이크로어레이 실험은 아직 고가의 실험으로 분류되어 다수의 샘플에 대한 반복 실험 결과를 얻기 어려운 상황이다. 따라서 이종의 플랫폼, 데이터 포맷, 정규화 기법 등이 서로 다른 데이터를 효율적으로 통합하여 유용한 정보를 추출하는 새로운 방식의 개발이 필요하다. 본 논문은 이와 같은 문제를 해결하기 위한 기초 단계 연구 결과이다. 마이크로어레이 실험 데이터로부터 통계적 방법을 이용하여 유의(informative) 유전자를 추출하고 유전자 온톨로지(Gene Ontology : GO)와의 연계를 통하여 유전자 정보의 기능적 분류 결과를 사용자에게 제공하는 유전자 기능 분석 시스템의 설계 및 구현 방안을 보인다. 본 시스템의 실험방법에서는 3-Fold Filtering 기법을 통하여 발현 차가 큰 유전자를 추출하고, t-검정 기법에 의하여 이들 유전자를 순위화 하였으며, 이 중 상위 100개의 유전자를 유의 유전자로 추출하였다. 다음, 이 들 유의 유전자의 t-검정 값을 GO의 유전자 기능을 나타내는 해당 텀 (term)에 가중치로 부과하여 각 유전자들과 기능적으로 연관성이 높은 텀들을 추출한다. 또한 본 연구의 유효성을 검증하기 위하여 본 시스템에 의한 마이크로어레이 데이터 분석 결과를 전문가에 의한 유전자 기능 분석 결과와 비교한다.투명성 있는 서비스를 제공하고 높은 신뢰성과 안정성이 확보될 수 있도록 구성하고자 한다. Query 수행을 여러 서버로 분산처리하게 함으로써 성능에 대한 신뢰성을 향상 시킬 수 있는 Load Balancing System을 제안한다.할 때 가장 효과적인 라우팅 프로토콜이라고 할 수 있다.iRNA 상의 의존관계를 분석할 수 있었다.수안보 등 지역에서 나타난다 이러한 이상대 주변에는 대개 온천이 발달되어 있었거나 새로 개발되어 있는 곳이다. 온천에 이용하고 있는 시추공의 자료는 배제하였으나 온천이응으로 직접적으로 영향을 받지 않은 시추공의 자료는 사용하였다 이러한 온천 주변 지역이라 하더라도 실제는 온천의 pumping 으로 인한 대류현상으로 주변 일대의 온도를 올려놓았기 때문에 비교적 높은 지열류량 값을 보인다. 한편 한반도 남동부 일대는 이번 추가된 자료에 의해 새로운 지열류량 분포 변화가 나타났다 강원 북부 오색온천지역 부근에서 높은 지열류량 분포를 보이며 또한 우리나라 대단층 중의 하나인 양산단층과 같은 방향으로 발달한 밀양단층, 모량단층, 동래단층 등 주변부로 NNE-SSW 방향의 지열류량 이상대가 발달한다. 이것으로 볼 때 지열류량은 지질구조와 무관하지 않음을 파악할 수 있다. 특히 이러한 단층대 주변은 지열수의 순환이 깊은 심도까지 가능하므로 이러한 대류현상으로 지표부근까지 높은 지온 전달이 되어 나타나는 것으로 판단된다.의 안정된 방사성표지효율을 보였다. $^{99m}Tc$-transferrin을 이용한 감염영상을 성공적으로 얻을 수 있었으며, $^{67}Ga$-citrate

• Journal of the Korean Institute of Intelligent Systems
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• v.18 no.1
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• pp.14-19
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• 2008

대규모로 유전자 발현정도를 동시에 측정하는 마이크로어레이 실험은 많은 양의 데이터를 생성하기 때문에, 자동화된 효과적인 분석기법이 필요하다. 이 논문에서는 약물의 영향 분석을 위해 약물의 투여량 및 투여후의 시간대별로 샘플을 추출하여, 마이크로어레이를 이용하여 유전자의 발현량을 분석하는 경우에, 약물에 대해서 반응하는 유전자를 추출하는 데이터마이닝 기법을 제안한다. 제안한 방법에서는 유전자의 발현 정도값을 이전 비교대상의 값을 기준값으로 하여 증가, 감소, 답보에 해당하는 기호로 매핑하여, 분석자가 원하는 패턴을 보이는 유전자를 추천한다. 한편, 유전자의 상호간에 많은 영향을 주고받기 때문에 특정 약물을 투여할 때, 이에 직접적인 영향을 받는 것도 있지만, 이와는 전혀 상관없이 동작하는 것도 있기 때문에, 제안한 방법에서는 이러한 약물 투여와 유의성이 있을 가능성이 있는 유전자만을 전처리과정을 통해서 필터링하는 기법을 활용한다.

• Journal of Life Science
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• v.21 no.10
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• pp.1385-1392
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• 2011

It is well known that both insulin-like growth factor-I and suppressor of cytokine signaling-3 (SOCS-3) are known to modulate various aspects of physiology in skeletal muscle cells. Furthermore, although SOCS-3 expression is related to insulin resistance in non-skeletal muscle cells and is known to interact with insulin-like growth factor-I receptor, the effect of IGF-I on SOCS-3 gene expression in skeletal muscle cells is presently unknown. C2C12 myotubes were treated with different concentrations (0-200 ng/ml) of IGF-I or for various periods of time (3-72 hr). Immunofluorescent staining image revealed that IGF-I induced SOCS-3 protein expression in a dose-dependent manner. Western blot data also showed that SOCS-3 proteins were induced by IGF-I (200 ng/ml) in C2C12 myotubes in a time-dependent manner. The level of SOCS-3 mRNA was also significantly increased after 3hr of IGF-I (10-100 ng/ml) treatment. However, the levels of SOCS-3 mRNA were significantly decreased after 24 and 48 hr of IGF-I (10-100 ng/ml) treatment compared to the control. In conclusion, SOCS-3 protein is induced by IGF-I treatment in C2C12 skeletal muscle cells and this induction is regulated pretranslationally. The modulating effect of IGF-I on SOCS-3 expression may be an important regulator of gene expression in skeletal muscle cells.