• Horticultural Science & Technology
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• v.32 no.3
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• pp.366-374
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• 2014

The study was conducted to investigate the possibility that epigenetic DNA methylation causes tree phenotypic variation in autotetraploids through evaluating the phenotypic variation and DNA methylation in autotetraploids occurred spontaneously from diploid trifoliate orange. Chromosome analysis confirmed that fourteen trifoliate orange trees of selected by flow cytometry were tetraploids (2n = 4X = 36) without any aneuploids. Chromomycin A3 staining determined that these trees were all autotetraploid with doubled chromosome set. Tree phenotypes, such as tree height and width, branching number, length, and angle, internode length, and leaf characteristics, varied in the autotetraploids. Chlorophyll indices were diverse in the autotetraploids, but photosynthetic rates were not significantly different. In addition, a wide range of variation was observed in stomatal density and guard cell length. Analysis of global cytosine DNA methylation showed that there was a variation of the methylation level in autotetraploids. More than half of 14 autotetraploids had at least 2 times higher methylation level than diploid trifoliate orange. The results indicate that tree phenotypic variation in autotetraploids might be related to global DNA methylation for reducing gene redundancy.

• Journal of Life Science
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• v.20 no.5
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• pp.789-793
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• 2010

Artificial chromosome manipulation and amplification of single-copy yeast artificial chromosome (YAC) are usually required in order to use YACs for applications such as physical mapping and functional analysis in eukaryotes. We designed and implemented a Simultaneous YAC Manipulation-Amplification (SYMA) system that combines the copy number amplification system of YAC with a convenient YAC manipulation system. To achieve the desired split and to amplify a YAC clone-harboring plant chromosome, a pBGTK plasmid containing a conditional centromere and thymidine kinase (TK) gene was constructed as a template to amplify the splitting fragment via PCR. By splitting, new 490-kb and 100-kb split YACs containing the elements for copy number amplification were simultaneously generated from a 590-kb YAC clone. The 100-kb split YAC was then successfully amplified 14.4-fold by adding 3 mg/ml sulfanilamide and $50\;{\mu}g/ml$ methotrexate (S3/M50) as inducing substances.

• Proceedings of the Korean Aquaculture Society Conference
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• 2003.10a
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• pp.30-30
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• 2003

자성발생(gynogenesis)은 대상 어류의 성 결정기작이 암컷 동형접합성(female homogamety)인 경우 전 암컷 단성집단을 생산할 수 있으며, 단기간 내에 우수한 품종의 순계 획득과 유전적으로 동일한 clone 집단을 만들 수 있다(Thorgaard, 1986; 정 등 1996). 이에 제 1 난할 억제에 의한 메기 S. asotus에서의 체세포분열 억제성(mitotic) 자성발생 2배체가 유도된 바 있다(임 등, 2002), 염색체공학 기법 중 웅성발생 2배체(androgentic diploid)는 난자 핵을 불활성 시킨 후 정자 핵에 의해 제 1 난할억제에 의한 유전자 배가로 유도 될 수 있다. 본 연구는 염색체공학에 의한 메기 4배체 생산, 메기체세포분열 억제성 자성발생성 2배체의 효과적인 유도 조건 검정 및 메기 웅성발생성 2배체 생산을 위한 연구의 일환으로, 메기에서의 핵분열(korykinesis)에 관하여 조사하였다. 메기에서의 핵분열 수온 25$\pm$0.5$^{\circ}C$ 조건에서 수정 후 31분에 가장 현저하였다. 본 연구 결과를 Park and Im (2001)의 수온 24$^{\circ}C$에서의 제 1 난할 후기가 50분이며 mitotic interval이 18.5$\pm$1.2분인 결과와 비교시, 본 연구 결과의 수온 24$\pm$0.5$^{\circ}C$ 조건에서 핵분열이 수정 후 31분인 것은 핵분열과 세포질분열(cytokinesis)이라는 관점에서 정확히 일치한다. 염색체 수의 배가시, 핵분열 억제는 세포질 분열 억제에 비해 더욱 효과적으로서(Cherfas et al., 1993; Nam et al., 1999), 본 연구 결과의 핵분열 시간(수온 24$^{\circ}C$ 조건에서의 수정후 31분)을 기반으로 하여 차후, 4배체 메기와 체세포분열 억제성 자성발생 2배체 메기 및 웅성발생성 2배체 메기 유도 및 그의 생산성 향상에 관한 연구가 기대된다.

• Proceedings of the Korean Society for Bioinformatics Conference
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• 2004.11a
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• pp.131-137
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• 2004

DNA 단계에서의 유전자의 증폭과 소실은 종양의 발생과 진행에 중요한 역할을 한다. 유전자의 변화를 관찰하기 위해서 Comparative Genomic Hybridization(CGH) 기술이 많이 이용되어져 왔다. 최근에는 이러한 CGH 기술을 응용하여 cDNA microarray 를 이용한 고밀도 CGH(Microarray-CGH) 기술이 보고 되고 있다. Microarray-CGH 에서 유전자별 변화 정도를 유전자의 log-비의 값의 변화 정도와 염색체 위치 정보를 이용하여 DNA 단계에서의 유전자의 변화 정도를 확인 할 수 있다. 또한 동일한 유전자의 칩을 사용하여 RNA단계에서의 발현 양상과 직접 비교할 수 있는 장점이 있다. 현재 microarray 분석법은 많이 개발되고 실용화 되고 있으나 Microarray-CGH 분석을 위한 프로그램들은 아직 초보 단계며, 생물학자들이 사용하기 힘들고, 프로그램에 분석 자료를 적용하기 어려운 경향이 있다. 위와 같은 단점을 보완하기 위해서 개발된 CAMVS(V1.0) 프로그램은 S-plus(2000)을 기반으로 개발하였고, 복잡한 분석보다는 모든 결과들을 이미지화 할 수 있으며 파일로 결과를 쉽게 확인할 수 있도록 디자인하였다. CAMVS(V1.0)는 전체 염색체를 각 실험별로 비교 분석하는 부분, 특정 염색체를 특정 실험별로 비교 분석하는 부분과 실험간의 차이를 통계적으로 비교 분석하는 3 가지 카테고리로 구성되어 있다. 쉬운 알고리즘과 사용의 편리함, 분석결과의 다양한 그래픽, 새로운 알고리즘 추가의 용이성 등이 CAMVS(V1.0)가 가지고 있는 장점이며, Microarray-CGH를 분석하는데 아주 유용한 분석 도구이다.

• Korean Journal of Fisheries and Aquatic Sciences
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• v.30 no.3
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• pp.408-412
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• 1997

The cytogenetic analysis of river puffer, Takifugu obscurus belongs to Family Tetraodontidae, was performed. The chromosome number of T. obscurus was 44 and the fundamental number was 64. Heteromorphic sex chromosomes were not found. The mean cellular size and nuclear size were $11.01\times7.95{\mu}m$ and $4.05\times3.15{\mu}m$, respectively. The mean surface area and volume in cell and nucleus were $68.76{\mu}m^2\;and\;366.00{\mu}m^3,\;10.06{\mu}m^2\;and\;21.36{\mu}m^3$, respectively. The number of erythrocyte of both female and male was $12\~13\times10^5/m\ell$. Gill tissues from diploid individuals had cells with one or two nucleoli. These cytogenetic studies should be used for cytotaxonomy and as a valuable estimation of polyploidy to come in T. obscurus.

• The Journal of Natural Sciences
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• v.8 no.2
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• pp.159-168
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• 1996

The major morphological characteristics of 97 lines selected from 1,510 local collection lines of Paeonia spp. were studied and classified into some groups according to their Q correlation. The Coefficient of Variation of 8 characteristics in 97 lines varied greatly with the range from 21.3% to 127.1%. The 22 lines with useful morphological characteristics selected from 97 lines had 2n=10 chromosomes, in which there were no difference among the number of chromosomes of 22 lines. The 97 lines were classified into 14 groups based upon the results of Q correlation analysis obtained from data with 16 quantitative factors; Group III and group VI were divided into two sub-groups. Group I was large flowered lines with a single flower, Group IIIa, doubled flowered lines, Group VII, late maturing lines and Group IX, early maturing lines flowering in 17th May. Group VIII were dwarf type lines which has the shortest stem length and leaf length among 14 groups, which are suitable for potted plants. Group XIII had a lot of stems per plant and a large type leaf with leaf length and width. A needle-type leaf was found in Group X, whereas a wide and oval-type leaf in group XII.

• Journal of the Korean Institute of Telematics and Electronics S
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• v.36S no.3
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• pp.97-105
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• 1999

본 논문에서는 기존의 깊이 복원 방법을 개선하기 위해서 유전 알고리즘을 이용한 새로운 스테레오 정합법을 제시하였고 다양한 영상에 적용하기 위해 영상의 영역 정보를 고려하였다. 유전 알고리즘은 자연선택과 개체군 유전학에 기반한 효율적인 탐색 기법인데, 이들의 염색체 교차와 돌연변이 같은 연산자를 정합 환경에 적합하도록 변형시켰다. 영상신호를 쉽게 다루기 위해서 2차원 염색체 구조를 사용하였으며, 스테레오 정합에 많이 사용되는 유사성과 연속성 제약 조건에 기반하여 적자를 선택하는 적응 함수를 정의하였다. 그리고 기존 유전 알고리즘의 수렴속도를 개선하기 위해서 무작위로 변이를 발생시키지 않고 휘도차를 이용하여 변이를 발생시키는 정보기반 변이 발생을 사용하였다. 실험을 통하여 본 방법은 이완처리를 포함한 정합법보다 계산 부하를 줄일 수 있었고 비교적 안정된 결과를 얻을 수 있었다.

• Environmental Analysis Health and Toxicology
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• v.19 no.1
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• pp.93-100
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• 2004

Pretilachlor [2-chloro-N -(2, 6-diethylphenyl)-N-(2-propoxyethyl) acetamide, $C_{17}$H$_{26}$ClNo$_2$, M.W.=311.9, CAS No.51218-49-6]는 제초제의 일종으로 본 연구에서는 박테리아 복귀 돌연변이 시험과 포유동물 세포를 이용한 염색체 이상 시험 및 마우스를 이용한 in vivo소핵 시험을 수행하여 pretilachlor의 유전독성을 평가하였다. 박테리아 복귀 돌연변이 시험에서 pretilachlor는 Salmonella typhimurium TA98, TA 100, TA1535, TA1537 균주의 대사 활성계 존재 및 부재시 313-5,000$\mu\textrm{g}$/plate의 범위에서 농도 의존적인 돌연변이 율의 증가를 관찰할 수 없었다. 또한 포유동물 세포인 Chinese hamster lung (CHL) fibroblast를 이용한 염색체 이상 시험에서 pretilachlor는 대사 활성계 존재 및 부재시 1.56-6.24$\mu\textrm{g}$/mL의 농도에서 clastogenicity를 보이지 않았고, 137.5-550.1 mg/kg의 pretilachlor를 복강 주사한 마우스의 골수세포를 이용한 in vivo소핵 시험의 결과에서도 통계적으로 유의한 소핵 유발능을 관찰할 수 없었다었다

• Journal of Embryo Transfer
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• v.14 no.2
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• pp.89-92
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• 1999

효율적인 homozygous 동물을 생산하기 위한 실험의 단계로 염색체가 4배체인 수정란의 이용성을 타진하기 위해 생쥐 수정란과 cytochalasin B를 사용하여 4배체 유도에 관한실험을 수행하였다. 생쥐 2-세포기 수정란을 10$\mu\textrm{g}$/ml 농도의 cytochasin B로 약 20시간 배양하였을 때 모든 수정란은 발육을 거의 멈추었으나, 이 수정란을 cytochalasin B-free medium에 체외배양하였을 때 발육이 재개되어 48시간 후 상실기나 배반포기까지 약 74%의 발육율을 나타내었다. 그러나 발육된 수정란의 세포수는 대조구에 비해 휠신 적은 것으로 나타났다. 염색체 분석결과 cytochalasin B로 처리한 대부분의 수정란은 4배체인 것으로 나타났고 약간의 수정란은 mosaicism과 다배체를 나타내기도 하였다. 그러므로 cytochalasin B를 이용하여 효과적으로 4배체의 수정란을 유도할 수 있는 것으로 나타났다.

• The Korean Journal of Zoology
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• v.38 no.2
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• pp.177-185
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• 1995

두 지역에서 채집한 초파리 자연집단에 대하여 난소발생이상 실험에 의한 P 인자 활성과 세포질형을 분석하여 P 전이인자의 계통형을 조사하였다 전체 238 isofemale line을 조사한 결과 strong P와 true M은 존재하지 않았고, 0(weak P)와 M'(pseudo M) strain이 전체의 98.74%를 차지하여 가장 우세하게 분포하고 있었다. P$\pi$25.1 probe를 이용한 in situ hybridization을 행하여 P 전이인자의 copy수를 조사한 결과 평균 42.12개로 나타났으며, 0와 M'의 계통형 간에 유의적인 차이는 없었다 그러나 염색체 firm당 COPy수는 X염색체가 상염색체의 좌 우 각 arm보다 다소 높게 분포하고 있었고. 염색체상 P 전이인자의 삽입부위에 대한 특이적 좌위는 존재하지 않았다 P 전이인자의 분자구조에 대한 변이형을 조사하기 위하여 southern blot hybridization을 행한 결과 2.9kb의 완전한 크기의 분자를 포함하여 여러종류의 단편들이 확인되었다 조사한 모든 isofemale line에서 KP(1. 15kb)인자를 포함하고 있었으며 이들 KP인자가 P-M System의 난소발생이상을 표현하는데 있어 억제적 작용을 하는 것으로 판단되었다.