• Journal of KIISE
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• v.42 no.1
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• pp.15-22
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• 2015

In this paper, we present a case study for a drug repositioning simulation based on distributed supercomputing technology that requires highly efficient processing of large-scale computations. Drug repositioning is the application of known drugs and compounds to new indications (i.e., new diseases), and this process requires efficient processing of a large number of docking tasks with relatively short per-task execution times. This mechanism shows the main characteristics of a Many-Task Computing (MTC) application, and as a representative case of MTC applications, we have applied a drug repositioning simulation in our HTCaaS system which can leverage distributed supercomputing infrastructure, and show that efficient task dispatching, dynamic resource allocation and load balancing, reliability, and seamless integration of multiple computing resources are crucial to support these challenging scientific applications.

• Proceedings of the Korean Society of Applied Pharmacology
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• 1992.05a
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• pp.35-35
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• 1992

산소라디칼-질병모델을 보다 간편한 방법으로 만들어 생화학적 발병 기전을 추구하므로서 신약창출에 필요한 기초자료를 제시하고자 본 실험을 실시하였다. 미세혈관의 혈류이상은 과잉의 활성산소를 생산하게되며 이로 인해 여러 종류의 난치성 질환 및 염증을 수반하는 많은 질병이 발병하게 된다. 일반적으로 흔히 이용되어지는 허혈-재관류모델이 아닌 환경독성물질을 활용한 병태모델을 만들어 이 모델조건에서 활성산소생성과 밀접한 관계를 갖는 잔틴 옥시데이즈(Xanthine Oxidase)의 변화와 과산화지질생성정도를 연관지어 검토하였다. 수은, 구리, 몰리브덴등의 금속이온들은 잔틴 디하이드로저네이즈(Xanthine dehydrogenase)로 부터 옥시데이즈(Oxidase)형으로의 전환을 촉진시켰으며 막독성의 지표로 이용되어지는 과산화지질의 생성도 현저히 증가시켰다. 또한 알데하이드류의 첨가실험에서도 잔틴산화효소의 형전환이 촉진되었으며 첨가한 알데하이드의 탄소수와 수소수 그리고 탄소와 탄소의 결합상태와도 밀접한 관계가 있음이 관찰되었다.

• Proceedings of the Plant Resources Society of Korea Conference
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• 2011.10a
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• pp.8-8
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• 2011

인류는 자연으로부터 식량과 질병 치료를 위하여 자연스럽게 약초를 얻을 수 있었다. 약 6만 년 전 네안데르탈인의 무덤에서 오늘날 향료로 쓰이는 약초가 발견 될 정도로 인류가 약초를 이용한 역사는 오래 되었다. 약초는 난치병, 노화, 성인병 등 현대의학에서 미비점을 보완하는 대체의약 산업의 원료이자 새로운 생물자원의 보고로서, 그 중요성이 커지고 있다. 새로운 생물자원 소재로 약초는 약용성분을 함유한 식물자원의 확보 및 개발 등 고부가산업의 소재로 선진국에서 연구개발의 경쟁이 치열하며, 약초산업은 천연소재 신약과 기능성 식품, 화장품, 생활용품 등으로 확대되고 있다. 의약품 분야에서는 새로운 시대의 중요한 생명산업으로서 약초는 한약뿐 아니라 신약 개발을 위한 소재로도 부각되고 있으며, 항암제인 택솔, 신종플루 치료제인 타미플루 등 천연물 약의 가능성은 이미 증명되었다. 식품 분야에서는 재배기술 발달과 웰빙 트렌드 속에서 약초는 신선채소와 기능성 식품으로 변신하고 있다. 한약재의 이미지를 벗어난 약초는 음료와 과자, 술 등으로 활용되고, 비빔밥 등 다양한 약선음식으로도 개발되고 있다. 산업소재의 활용분야에서는 약초는 특히 화장품 산업의 소재로 각광받고 있다. 이미 다양한 화장품 회사에서 한방화장품을 출시하여 세계 속으로 진출하고 있다. 또한 약초는 천연 색소이자 생활 용품의 소재로 활용되고 있는데, 약초를 활용한 염색약과 여성 생리대, 샴푸 등의 인기가 높다. 약초산업의 부가가치 증대를 위하여 한약재 위주의 약초산업을 천연물 신약, 기능성 식품, 화장품, 산업 소재 등 고부가가치 시장으로 확장시키고, 우리 약초 산업의 세계화를 추진해야 한다. 연구개발 투자 확대와 빠르게 변화하는 시장을 반영하여 연구 방향을 수립하고, 산학연 및 생산자단체 등과 새로운 약초 산업의 블루오션 창출을 위해 협력을 해야 할 것이다. 또한 약초의 생산기술 안정화를 통해 산업화 기반을 구축하여, 약초 공급의 안정화, 약초 생산 농가 소득 안정화가 필요하며, 마지막으로 변해가는 약초 산업의 트렌드에 부응할 수 있는 품질관리와 유통 질서 확립을 위한 정책과 제도의 선진화가 뒷받침 되어야 할 것이다.

• Journal of KIISE
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• v.42 no.5
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• pp.573-579
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• 2015

Nationwide supercomputing infrastructures in Korea consist of geographically distributed supercomputing clusters. We developed High-Throughput Computing as a Service(HTCaaS) based on these distributed national supecomputing clusters to facilitate the ease at which scientists can explore large-scale and complex scientific problems. In this paper, we present our mechanism for dynamically managing computing resources and show its effectiveness through a case study of a real scientific application called drug repositioning. Specifically, we show that the resource utilization, accuracy, reliability, and usability can be improved by applying our resource management mechanism. The mechanism is based on the concepts of waiting time and success rate in order to identify valid computing resources. The results show a reduction in the total job completion time and improvement of the overall system throughput.