• Journal of the Mineralogical Society of Korea
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• v.16 no.1
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• pp.65-73
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• 2003

In this study we have derived the two correction methods of hydrogen bonding distance. In case of the intermediate or long hydrogen bond(＞2.5 $\AA$), hydrogen bonding distances can be corrected by using the function d(O-H)=exp((2.173-d(O…O))/0.138)+0.958 obtained by least- squares fit to the data from the neutron diffraction at low temperatures. The valence-least-squares method is effective for the distance correction of very short hydrogen bond(<2.5 $\AA$). The distance correction is necessary for the long intermolecular hydrogen bond obtained from X-ray diffraction analysis.

• Journal of the Korean Chemical Society
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• v.55 no.3
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• pp.385-391
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• 2011

The time-dependent density functional theory (TDDFT) method has been carried out to investigate the excitedstate hydrogen-bonding dynamics of phenol-$(H_2O)_2$ complex. The geometric structures and infrared (IR) spectra in ground state and different electronically excited states ($S_1$ and $T_1$) of the hydrogen-bonded complex have been calculated using the density functional theory (DFT) and TDDFT method. A ring of three hydrogen bonds is formed between phenol and two water molecules. We have demonstrated that the intermolecular hydrogen bond $O_1-H_2{\cdots}O_3-H$ of the three hydrogen bonds is strengthened in $S_1$ and $T_1$ states. In contrast, the hydrogen bond $O_5-H_6{\cdots}O_1-H$ is weakened in $S_1$ and $T_1$ states. These results are obtained by theoretically monitoring the changes of the bond lengths of the hydrogen bonds and hydrogen-bonding groups in different electronic states. The hydrogen bond $O_1-H_2{\cdots}O_3-H$ strengthening in both the $S_1$ and $T_1$ states is confirmed by the calculated stretching vibrational mode of O-H (phenol) being red-shifted upon photoexcitation. The hydrogen bond strengthening and weakening behavior in electronically excited states may exist in other ring structures of phenol-$(H_2O)_n$.

• 한국생물공학회:학술대회논문집
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• 2000.11a
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• pp.644-647
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• 2000

The properties of hydrogen bonding between poly(2-ethyl-2-oxazoline)[PEOx] and poly(acrylic acid)[PAA] were investigated. PEOx and PAA formed stable complex and precipitated due to hydrogen bonding between hydrogen of PAA and oxygen of PEOx in acidic condition(below pH 4.3). Optimum reaction ratio of PEOx and PAA was determined as mass ratio of 1:1.5 for applications in aqueous two phase system. The mixtures of the polymers formed aqueous two phase system with dextran solution after the breakage of hydrogen bondings. This properties can be used for the recovery of valuable products.

• Journal of the Korean Chemical Society
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• v.54 no.3
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• pp.275-282
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• 2010

2-Fluorocyclopropanemethanol and 2-chlorocyclopropanemethanol have been studied with MP2 and B3LYP methods with 6-311++G(d,p) basis set. The optimized structures show several stable conformers. The most stable conformer show the possibility of intramolecular hydrogen bonding, but the distance between $H{\cdots}F$, or $H{\cdots}Cl$ is longer than van der Waals radii and it may not be strong covalent bonding. Rather the second stable conformer has optimum structure for intramolecular hydrogen bonding but the energy of the conformer is 5 ~ 7 kJ higher than the most stable conformer. When the methanol group and the F or Cl atom have opposite direction, the conformers are less stable than the most stable conformer.

• 한국신재생에너지학회:학술대회논문집
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• 2006.06a
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• pp.174-174
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• 2006

• Proceedings of the Korean Radioactive Waste Society Conference
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• 2004.06a
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• pp.236-236
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• 2004

삼중수소수 오염처리의 선행공정으로 적합한 전기분해-촉매교환 결합공정(CECE process)은 수소동위원소 산화물의 수소화 전환을 위한 전해셀과 다단 액상촉매 교환탑으로 이루어진 탈삼중수소 공정이다(그림 1). 촉매탑은 수소 흐름에 수증기를 동반하도록 하는 친수층과 수증기-수소간의 수소동위원소 교환반응을 유도하는 촉매층으로 구분되며, 탑 상부에는 수소의 산화 반응기 그리고 하부에는 물의 수소화 전해셀로 구성되어 있다(그림 2).(중략)

• Proceeding of EDISON Challenge
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• 2017.03a
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• pp.158-164
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• 2017

암을 억제시키는 기능을 하는 단백질로 잘 알려진 p53은, 주로 종양세포에서 과도하게 발현되는 단백질인 HDM2와 복합체를 형성하여 비활성화되고 항암기능을 상실하게 됩니다. 때문에 종양세포에서의 p53-HDM2의 상호작용을 억제하기 위해 현재까지 많은 연구가 진행되어왔으며, 다양한 p53-HDM2 억제제가 개발된 바 있습니다. 최근 연구들에 따르면, HDM2와 결합친화도를 높이고 소수성 작용(hydrophobic interaction)에 기여하여 보다 안정한 구조를 만드는 탄화수소체인(staple)을 연결시킨 펩타이드 설계에 대한 관심이 높아지고 있는 추세입니다. 이에, 본 연구에서는 분자동역학 모의실험을 통해서 얻은 탄화수소체인-p53과 비탄화수소체인-p53 및 각각의 HDM2와 결합한 복합체를 기반으로 EDISON의 용매화 자유에너지(Solvation Free Energy) 프로그램을 이용하여 탄화수소체인의 특징 및 역할을 구조적인 측면과 열역학적인 측면으로 분석하여 비교하고자 합니다. 우리 연구에서 비탄화수소체인-p53의 구조는 분자동역학 시뮬레이션을 수행하는 동안 나선구조형태로 풀려 HDM2와 결합 유도 시에 주요결합 아미노산 잔기가 올바른 결합부위와 상호작용하지 못한 결과를 확인한 반면, 탄화수소체인이 형성된 구조는 시뮬레이션 동안에도 펩타이드의 나선구조를 유지시켜 HDM2와 주요 결합을 형성하는 아미노산 잔기들을 올바른 방향으로 배치시켜 HDM2와의 결합친화도를 높였습니다. 이 연구 결과는 탄화수소체인이 펩타이드의 나선성을 유지시키고, HDM2와의 상호작용을 통한 구조적인 안정성 유도 및 용매화 자유에너지에 큰 기여를 통해 p53-HDM2상호작용 억제제에서 긍정적인 역할을 할 가능성을 보여줍니다.

• Applied Chemistry for Engineering
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• v.10 no.5
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• pp.743-747
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• 1999

The component polymer was modified to enable the formation of intermolecular hydrogen bonding in the immiscibile polystyrene(PS)/polymethacrylate(PMA) blends. The mole percentages of hydroxystyrene of the poly(styrene-co-4-hydroxystyrene) copolymer(modified polystyrene, MPS) were controlled to 7%, 10% and 18%, respectively. MPS was used with PMA to study the variation of the miscibility in blends. PMA which had such different length of side chain as methyl, butyl, hexyl and ethylhexyl, respectively, was selected to study the effect of side chain length on the formation of intermolecular hydrogen bonding. As the hydroxyl content of MPS increased, the formation of intermolecular hydrogen bonding increased. The length of side chain of PMA had enormous effect on the miscibility of blend as confirmed from the result of cloud point measurement. As the length of side chain increased, the formation and the strength of intermolecular hydrogen bonding decreased severely due to the steric effect and the increased chain mobility.

• Proceedings of the Korean Society of Applied Pharmacology
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• 1994.04a
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• pp.250-250
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• 1994

진정성 cyclopeptide인 sanjoinine-A의 진정작용을 분자 수준에서 밝히고자 sanjoinine-A의 ionophore 활성과 칼슘 결합 단백질인 calmodulin과의 결합을 CD와 NMR을 이용하여 연구하였다 sanjoinine-A는 칼슘과 마그네슘에 대하여 ionophore 활성이 있었으며 calmodulin과 두 단계로 결합한다는 것을 알 수 있었다. sanjoinine-A는 칼슘의 유무에 관계없이 calmodulin과 결합하였으며 CD와 NMR 스펙트럼상에서 현저한 변화가 있었다. sanjoinine-A가 calmodulin과 결합시 생체 내에서 활성 상태인 칼슘결합 calmodulin에 비하여 a-helix 구조비율이 감소하였으며 칼슘결합 loop에서 수소결합을 하고있는 amide 수소들의 exchange rate가 현저히 빨라졌다. sanjoinine-A는 calmodulin과 결합하여 칼슘결합 loop 주위의 공간구조를 변형시켜 그 활성을 변화시키는 것으로 보인다.

• Proceedings of the Korean Institute of Surface Engineering Conference
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• 2011.05a
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• pp.141-141
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• 2011

DLC(Diamond Like Carbon) 박막은 높은 경도, 낮은 마찰계수, 내화학성 등의 우수한 트라이볼로지적 특성을 가지고 있기 때문에 다양한 산업분야에서 적용되고 있다. 이러한 DLC 박막은 합성기구나 구조의 관점에서 몇 가지 다른 이름으로 불려지기도 한다. 밀도와 경도가 높기 때문에 경질탄소(Hard Carbon)라고도 불려지며, 수소를 함유한 경우에는 수소함유 비정질 탄소(Hydrogenated Amorphous Carbon)이라는 이름이 사용되며, 고밀도 탄소(Dense Carbon) 또는 고밀도 탄화수소(Dense Hydrocarbon)라고 불리기도 한다. 이렇듯 DLC 박막은 합성방법에 따라 함유된 수소와 탄소의 결합구조의 차이가 있다. 수소 함유한 DLC 박막은 20~50%까지 수소를 함유하며, DLC막의 기계적, 광학적, 전기적 특성들이 수소함량과 밀접한 관계를 가지고 있는 것으로 알려져 있다. 그러나 함유된 수소가 $300^{\circ}C$ 이상의 온도에서는 쉽게 결합에서 이탈되면서 흑연화와 더불어 마찰마모시 코팅층의 파손이 발생한다고 보고되고 있고, 또한 수소량이 증가함에 따라 DLC 박막의 경도는 감소하게 되는데, 이는 수소에 의해 dangling bond가 Passivation되면 탄화수소의 3차원적인 Crosslinking은 그만큼 감소하게 되기 때문이라고 알려져 있다. 본 연구에서는 PECVD를 이용하여 여러 가지 공정에 따른 DLC 박막을 증착시켰으며, 수소함유량에 따른 DLC막의 구조와 그에 따른 경도 변화를 살펴보았다. FTIR(Furier Transform Infrared Spectroscopy)과 Raman Spectroscopy을 이용하여 DLC막의 수소의 결합상태를 관찰하였으며, Nano Indentation을 사용하여 미소경도를 측정하였고, FE-SEM을 이용하여 표면과 단면을 관찰하였다. 막의 두께 측정에는 ${\alpha}$-Step을 사용하였으며, Ball-on-Disk 타입의 Tribo-meter을 이용하여, 모재의 경도에 따른 마찰계수 변화를 관찰하였다.