• Journal of the Korea Institute of Information and Communication Engineering
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• v.12 no.7
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• pp.1243-1248
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• 2008

As development in technology of bioinformatics recently mates it possible to operate micro-level experiments, we can observe the expression pattern of total genome through on chip and analyze the interactions of thousands of genes at the same time. In this thesis, we used CDNA microarrays of 3840 genes obtained from neuronal differentiation experiment of cortical stem cells on white mouse with cancer. It analyzed and compared performance of each of the experiment result using existing DT, NB, SVM and multi-perceptron neural network classifier combined the similar scale combination method after constructing class classification model by extracting significant gene list with a similar scale combination method proposed in this paper through normalization. Result classifying in Multi-Perceptron neural network classifier for selected 200 genes using combination of PC(Pearson correlation coefficient) and ED(Euclidean distance coefficient) represented the accuracy of 98.84%, which show that it improve classification performance than case to experiment using other classifier.

• Korean Journal of Clinical Laboratory Science
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• v.49 no.4
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• pp.382-389
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• 2017

Currently, reticulocyte experimental calculation technology used in clinical laboratories are divided two types: manual and automated. Manual reticulocyte counting using a microscopy lacks accuracy due particularly to its low reproducibility, affecting the accuracy of manual reticulocyte count. Moreover, Automatic blood corpuscle analyzer flow cytometry is difficult to be used in underdeveloped countries and small scale laboratories due to relatively high cost. Therefore, this study tried to find a new method to complement these drawbacks. The aim of this study was to compare the stained reticulocytes count by spectrophotometer and also to analyze the statistics of spectrophotometer and flow cytometer. The same 8 EDTA samples were repeated 36 times to compare the agreement between spectrophotometer and flow cytometer. This study measured the specimen diluted 600 times at 700~780 nm by 10 differences. Wavelength between 710 to 730 by absorbance showed a positive correlation between standard data and test data (r=0.967, p<0.01), presenting a correlation between variables. Statistical analyses of regression for test and standard parametric data, the optimal dilution factor was 600 times. Therefore, this study tried to technical utilizes such as contributing economical for the reticulocyte absorbance apply from the auto spectrophotometer, a monitoring system for the reticulocyte relation anemia, etc. Therefore, more extensive studies, including an auto chemical analyzer application, will be needed.

• The Korean Journal of Nuclear Medicine
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• v.37 no.3
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• pp.178-189
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• 2003

Purpose: Cellular uptakes of $^{99m}Tc-sestamibi(MIBI)\;and\;\;^{99m}Tc-tetrofosmin$ into cancer cell lines expressing multidrug resistance(MDR) were investigated and compared. The effects of verapamil and cyclosporin A, well-known multidrug resistant reversing agents, on cellular uptakes of both tracers were also compared. Materials and Methods: Doxorubicin-resistant HCT15/CL02 human colorectal cell and doxorubicin-resistant K562(Adr) and vincristine-resistant K562(Vcr) human leukemic cells were studied. RT-PCR analysis was used for the detection of mdr1 mRNA expression. MDR-reversal effects with verapamil and cyclosporine A were evaluated at different drug concentrations after incubation with MIBI and tetrofosmin for 1, 15, 30, 45 and 60 min, using single-cell suspensions at $1{\times}10^6cells/ml$ incubated at $37^{\circ}C$. Radioactivity in supernatants and pellets were measured with gamma well counter. Results: The cellular uptakes of MIBI and tetrofosmin in K562(Adr) and K562(Vcr) were lower than those of parental K562 cell. In HCT15/CL02 cells and K562(Adr) cells, there were no significant difference in cellular uptakes of both tracers, but cellular uptake of MIBI was higher than that of tetrofosmin in K562(Vcr) cells. Coincubation with verapamil resulted in a increase In cellular uptakes of MIBI and tetrofosmin. Verapamil increased cellular uptakes of MIBI and tetrofosmin by HCT15/CL02 cell by 11.9- and 6.8-fold, by K562(Adr) cell by 14.3- and 8-fold and by K562(Vcr) cell by 7- and 5.7-fold in maximum, respectively. Cyciosporin A increased cellular uptakes of MIBI and tetrofosmin by HCT15/CL02 cell by 10- and 2.4-fold, by K562(Adr) cell by 44- and 13-fold and by K562(Vcr) cell by 18.8- and 11.8-fold in maximum, respectively Conclusion: Taking together, MIBI and tetrofosmin are considered as suitable radiopharmaceuticals for defecting multidrug resistance. However, MIBI seems to be a better tracer than tetrofosmin for evaluating MDR reversal effect of the modulators. Since cellular uptakes of both tracers might differ in different cell types, further experiments regarding differences in cellular uptakes between cell types should be explored.

• Proceedings of the Korea Water Resources Association Conference
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• 2020.06a
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• pp.213-213
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• 2020

최근 나타나는 지구온난화와 이상기후로 인해 가뭄과 홍수피해 같은 자연재해 발생 빈도가 높아졌고, 하천에서는 오염된 수질과 수생태계 복원 및 수변공간 조성, 수자원 관리 등의 목적으로 수질환경 개선사업이 진행되고 있다. 수질환경 측면에서 하천에서 발생하는 가장 큰 문제점으로는 녹조 즉, 남조류의 발생을 예로 들 수 있다. 본 연구에서는 최근 보 개방을 통하여 수질개선 효과가 나타나고 있는 금강을 대상으로 세종보, 공주보, 백제보 구간에 대하여 주요 수질인자에 대한 상관관계 분석을 수행하였다. 특히 남조류 세포수와 주요 하천 수질인자를 Pearson's correlation analysis를 이용하여 상관관계를 분석하였고, 보 위치별 남조류 세포수를 종속변수로 하고, 상관도가 높은 수질인자를 독립변수로 하는 다중회귀식을 도출하여 금강 내 주요 하천 수질인자의 농도에 따른 남조류 세포수 관계를 규명하고자 하였다. 분석기간은 2012년 1월부터 2019년 12월까지 보 건설 이후 시점으로 선정하였고, 월 평균 남조류 개체수가 조류경보제 발령기준 관심단계이상에 해당하는 금강수계의 3개 보에 대하여 남조류 세포수와 수질에 영향을 끼치는 인자인 강수량, (수온)W·T, (수소이온농도)pH, (용존산소)DO, (생물화학적산소요구량)BOD, (화학적산소요구량)COD, (부유물질량)SS, (총질소)TN, (총인)TP, (클로로필-a)Chl-a, (전기전도도)EC, (질산성질소)NO₃-N, (암모니아성 질소)NH₃-N, (인산염 인)PO₄-P, (용존총질소)DTN, (용존총인)DTP, (총유기탄소)TOC 와의 상관관계를 분석하였다. 분석 결과 측정 지점별 남조류 세포수와 상관관계가 있는 인자는 서로 상이했지만 (수온)W·T과 pH의 경우 모든 지점에서 남조류 세포수와 양의 상관관계가 나타났다. 세종보는 W·T(0.383, P<0.01), pH(0.391, P<0.05)의 양의 상관계수를 나타냈고, 공주보에서는 (수온)W·T(0.436, P<0.05), pH(0.412, P<0.05)의 양의 상관관계를 나타냈다. 백제보에서는 (수온)W·T(0.415, P<0.01), pH(0.221, P<0.01)의 양의 상관성을 나타냈다. 남조류 세포수와 수질인자 간의 상관관계 분석에 따라 통계적으로 유의한 인자 중 (수온)W·T과 pH에 영향을 받는 영양염류와 퇴적물에 대한 후속 연구가 필요할 것으로 사료되며, 연구를 통해 제시된 남조류 세포수 다중회귀식은 주요 수질인자 농도에 따라 발생 가능한 남조류세포수를 예측하여 금강의 수질 관리에 활용될 수 있을 것으로 기대된다.

• KSBB Journal
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• v.9 no.2
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• pp.211-223
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• 1994

In fermentations with a 4-liter stirred tank bioreactor, a better than two-fold enhancement of the gas-liquid mass transfer coefficient$(k_La)$ in the celite-immobilized fungal cultures of Tolypocladium in flatum over the parallel conventional free-cell was observed at identical biomass concentrations, despite the higher specific oxygen uptake rate of the immobilized fungi during exponential growth. As a result oxygen sufficient conditions, i. e., dissolve oxygen(D.O.) concentrations exceeding 75% air saturation, could be maintained throughout exponential growth period of the immobilized culture, in contrast to the suspended fungal culture, whose D.O. levels fell below 50% air saturation. A linear monotonic dependence of $k_La$ upon impeller agitaion rate was found for both immobilized and conventional cultivation modes over a range of 250 to 550rpm, the slope being a function of biomass concentration for the free but not for the immobilized cell system In contrasts oxygen transfer rate was a much weaker function of aeration rate up to about 2.5 vvm for both culture configurations. Above this level, aeration rate had no further effect on the mass transfer. In addition, the immobilized cultures sustained good morphological and physiological states, leading to almost two times higher cyclosporln A (CyA) productivity overt the parallel free cell system. These experiments suggest that the celite-immobilized fungal system in a stirred tank reactor has considerable promise for scaling up cyclosporin A production in terms of high-density cultivation.

• Korean Journal of Environmental Biology
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• v.17 no.3
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• pp.331-335
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• 1999

The present study was carried out to investigate the combined effect of radiation and photoperiod (PP) regimes on Tradescantia 4430 somatic cell mutations. Potted plants were irradiated with 0.3, 0.5 and 1.0 Gy of gamma radiation from 60Co source. The plants irradiated only with gamma radiation were used as control group (CT). The somatic cell mutation rate in 0.5 Gy irradiated CT and PP20 group started to increase on the 6th day and reached a maximum value on the l0th day and 9th day after irradiation while the rate in the experimental group under 4 hours of photoperiod a day (PP4) started to increase on the l0th day and reached a maximal value on the 16th day post-irradiation. The slope of dose-response curve in CT was 5.99 ($r^2$=0.99), while it was 6.93 ($r^2$=0.98) in PP20 and 11.74 ($r^2$=0.99) in PP4, respectively. The biological efficacy of radiation in the induction of pink mutation increased by 15.7% in PP20 and 95.9 % in PP4, respectively. It is suggested that photoperiod regimes unfavorable to the plant have an additive effect on radiation-induced mutations and a delaying or inhibiting effect on cell damage repair, as well.

• KSBB Journal
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• v.24 no.3
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• pp.303-311
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• 2009

A scaling up study for the exopolysaccharide (EPS) production by submerged culture of Ganoderma lucidum was carried out in jar fermenter systems (2.6, 20 and 75 L) under bi-staged pH process. Profiles of dissolved oxygen (DO) and volumetric coefficient of oxygen transfer ($k_La$) as a function of operating variables (agitation speed and aeration rate) was investigated, and a correlation between $k_La$ and operating variables was analysed statistically. Under bi-staged pH process, no limitation of DO was observed at agitation speeds tested in the range of 200 and 600 rpm, and the highest EPS production was obtained at the level of DO of $40{\sim}80%$. From the regression analysis, the relation between $k_La$, gas velocity (Vs), stirrer speed (N) and impeller diameter (Di) could be expressed as : $$k_La=0.555{\times}Vs^{0.42}{\times}(N^3{\times}Di^2)^{0.33}\;(R^2=0.925,\;p<0.05)$$ It was found that under 2.6 L jar fermenter, the optimum agitation speed and aeration rate was 400 rpm and 1 vvm, respectively, obtaining the EPS production of 15.43 g/L. Under the submerged cultivation of G. lucidum in jar fermenters of $2.6{\sim}75\;L$, the similar EPS yields at each fermenter were achieved during scaling up based on $k_La$, and $k_La$ value for maximum EPS production was $85.4{\pm}26.70\;h^{-1}$.

• Maxillofacial Plastic and Reconstructive Surgery
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• v.23 no.4
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• pp.306-323
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• 2001

종양발생에서 유전자 발현을 확인하고 profile 변화를 monitor하는 것은 병리학적 변화의 원인뿐 아니라 질병탐지와 진료의 새로운 목표를 확인하기 위한 새로운 기회를 제공해준다. cDNA microarray는 수천개의 유전자 발현을 동시에 연구할 수 있는 최신의 방법으로 피부, 유방, 간을 비롯한 다른 인체장기에서는 일부 이루어졌으나 array를 이용해 타액선 종양 연구에서는 전혀 이루어지지 않았다. 인간의 타액선 세포의 악성형질전환을 조절하는 분자적 상태를 연구하기 위해 본 연구는 약 2,000개의 유전자가 print된 cDNA microarray를 이용하여 인간 타액선 도관상피세포주(HSG)와 악하선에서 기원한 미분화 선암종(SGT)간에 비교연구를 하였다. Cy3와 Cy5 dye로 각각의 세포주에서 얻은 RNA와 reciprocal hybridize시키고 GenePix 4000 scanner로 스캔하고 GenePix Pro로 분석한 후 log2로 평균발현비율을 전환시켜 최소 2배이상의 발현을 보이는 유전자를 분석대상으로 하였다. 90%이상의 유전자가 비슷한 발현을 보였으며 2배이상의 발현을 보이는 경우 HSG가 SGT에 비해 72개 유전자가, SGT가 HSG에 비해 111개의 유전자 발현이 up-regulation되어 총 10%미만의 발현차이를 보였고 반복된 hybridization 으로부터 얻은 선택된 spot의 Pearson 상관계수는 -0.85이였다. HSG에서는 6번 p 염색체에서 과발현되는 유전자가 가장 많았고, SGT에서는 11번 q 염색체에서 가장 많았는데 HSG에서는 SGT에 비해 9, 13, 17, 18, 20, 21, 22염색체에서 과발현 되는 유전자 수가 많았고, SGT에서는 HSG에 비해 2, 7, 10, 15 염색체에서 유전자 발현 증가가 관찰되었다. HSG와 SGT간의 유전 발현을 기능별로 분석한 결과 몇 가지 주요 경로가 세포악성에 관련됨을 발견하였고, 타액선 도관상피세포에서 선암종을 구별하는데 기여하는 관련된 몇종의 과다 발현된 유전자를 찾았는데 전사인자, 성장인자 및 수용기, 세포골격 및 세포외기질 단백, 세포내 신호전달조절자 및 인자, 세포표면 항원등의 그룹으로 분류할 수 있었다. 따라서 이러한 microarray를 이용한 분자학적 표지자 연구가 악성 타액선 종양 발생과정에서 큰 도움을 줄 수 있을 뿐 아니라 유전자 조절에 의한 진단, 예후, 치료에서의 정확성을 개선시킬 수 있으리라 여겨진다.

• Proceedings of the Korea Information Processing Society Conference
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• 2007.11a
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• pp.713-716
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• 2007

오늘날 인간 프로젝트와 같은 종합적인 연구의 궁극적 목적을 달성하기 위해서는 이들 연구로부터 획득한 대량의 관련 데이터에 대해 새로운 현실적 의미를 부여할 수 있어야 한다. 따라서 현재의 마이크로어레이 기술을 이용해서 효과적으로 종양을 분류하기 위해서는 특정 종양 분류와 밀접하게 관련이 있는 정보력 있는 유전자를 선택하는 과정이 필수적이다. 본 논문에서는 암에 걸린 흰쥐 외피 기간 세포 분화 실험에서 얻어진 3840 유전자의 마이크로어레이 cDNA를 이용해 데이터의 정규화를 거쳐 유사성 척도 방법으로 정보력 있는 유전자들을 추출한 후, DT, NB, SVM, MLP 알고리즘을 이용하여 클래스 분류 모델을 구축하고, 성능을 비교분석하였다. 피어슨 적률 상관 계수를 이용하여 선택된 50 유전자들을 멀티퍼셉트론 분류기로 분류한 결과 94.8%의 정확도를 보여 가장 최적의 조합을 보였다.

• Proceeding of EDISON Challenge
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• 2017.03a
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• pp.665-671
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• 2017

Iks 칼륨 전류에 관여하는 KCNQ1유전자의 S140G 돌연변이는 심방세동에 영향을 미치는 대표적인 돌연변이 유전자로, 심방세동과 S140G 돌연변이의 상관관계를 밝히기 위한 연구들이 많이 진행되어 왔다. 하지만 S140G 돌연변이 유전자가 심방 세동 환자의 심실 반응에 영향을 미칠 수 있다는 선행연구를 비롯하여 심방과 심실의 활동전위에 영향을 미칠 수 있는 가능성이 있음에도 불구하고, KCNQ1 S140G 돌연변이 유전자의 심실세동에 대한 영향과 그 메커니즘에 대한 연구는 부족하다. 따라서 본 연구는 KCNQ1 S140G 돌연변이 유전자가 심실세동에 미치는 영향에 대한 컴퓨터 시뮬레이션 연구를 통해 그 상관관계를 밝히고자 하였다. 이를 위해 1차원 세포 모델을 비롯하여 2차원 심실세동 반응과 3차원 전기 생리학 및 기계적 수축 시뮬레이션을 진행하였다. 3차원의 전기생리학 및 기계적 수축 시뮬레이션에서는 심실의 박출 활동을 확인하기 위한 정상 박동 시뮬레이션과 심실 세동 발생시의 심실의 변화를 확인하기 위한 세동 시뮬레이션을 각각 진행하였다. 그 결과 KCNQ1 S140G 돌연변이로 인해 심실의 Iks가 증가되었으며, 그로 인해 심실의 활동 전위기간(APD)과 불응기(ERP)가 단축되는 것을 확인할 수 있었다. 또한 활동전위 지속 곡선(APDr)과 불응기 지속 곡선(ERPr)이 완만하게 나타났으며, 심근세포의 전도파장이 감소하였다. 3차원 정상 박동 시뮬레이션의 결과 표준형에서 보다 KCNQ1 S140G 돌연변이형에서 심실이 소모하는 ATP의 양과 박출계수가 감소하였다. 3차원 세동 시뮬레이션 결과 표준형에서는 심실세동이 종결되었으나, S140G 돌연변이 형에서는 심실세동이 종결되지않고 유지되었으며, 심실세동이 빠르게 발생하였다. 결론적으로, KCNQ1 S140G 돌연변이로 인해 증가된 심실의 Iks는 심실의 박출 효율을 감소시키고 심실세동을 발생시키고 유지시키며, 부정맥 발생의 위험성을 높일 수 있다.