• 한국미생물·생명공학회지
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• 제31권2호
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• pp.111-116
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• 2003

Xylan 분해 균주인 Bacillus stearothermophilus No. 236 분리균의 $\beta$-xylosidase 생산 유전자(xylA)의 염기 서열 및 transcription start site를 결정한 이전 연구 결과에 의하면 xylA 유전자는 매우 특이하게 UUG codon에서 translation이 시작되며 initiation codon 15dp 윗쪽에는 promoter로 추정되는 염기 서열을 가지고 있는 것으로 분석되었다. 이와 같은 xylA 유전자 promoter region의 구조는 E. coli에 클로닝된 xalA 유전자를 이용한 실험 결과로도 확인되었다. xalA promoter의 -10 element는 CATAAT로서 6개의 염기 중 5개가 그리고 -35 element의 경우는 TTGTTA로서 6개의 염기 중 4개가 consensus sequence와 일치되었으나 두 hexamer 사이의 거리가 최적 거리에서 크게 벗어난 12 bp인 것으로 분석되었다. 본 연구에서는 $\beta$-xylosidase의 대량 생산을 위한 연구의 일환으로 xalA promoter sequence의 체계적 구조 변화에 의한 promoter strength에 미치는 효과를 E. coli와 B. subtilis두 숙주 세포에서 조사 분석해 본 결과, 첫째로 두 promoter elements사이의 거리를 최적거리인 17 bp로 바꾸었을 때 xalA의 발현율은 E. coli에서는 1.6배, B. subtilis에서는 2.5배 정도 증가함을 보여주었다. 그리고 -35 element는 consensus sequence와 같이 5'쪽에서 네번째 위치에 있는 T$\longrightarrow$A로 변이 시켰을 때 E. coli경우 2.3배, 특히 B. subtilis에서는 35배나 되는 가장 높은 promoter 활성의 증가를 보였다. 그러나 -10 sequence의 경우 consensus sequence와 같이 5' 쪽에서 첫번째 위치에 있는 C$\longrightarrow$T로 transition시켰을 때 예상외로 오히려 발현율이 5~15배까지 낮아지는 특이한 결과를 얻었다. 따라서 본 연구 결과 xalA promoter의 경우 -10 sequence인 CATAAT의 C와 -35 element의 두 염기가 promoter활성에 있어 가장 중요한 염기임을 알 수 있었다.

• 식물분류학회지
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• 제39권1호
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• pp.35-41
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• 2009

노루오줌속(Astilbe)은 동아시아와 북미 동부에 격리되어 분포하는 양상을 보이는 속으로 잘 알려져 있다. 본 연구에서는 노루오줌속 및 근연 속을 대표하는 17종의 핵 리보솜 DNA의 ITS 염기서열에 기초한 계통수를 제작하여 노루오줌속의 분류, 형질 진화 및 계통지리에 대하여 고찰하였다. 베이스 추론법 등을 통해 계통수를 제작한 결과 Saxifragopsis가 노루오줌속의 자매군임이 확인되었고, 단성화, 무화피화, 7~11개로 갈라지는 꽃받침 등의 형질상태를 지니는 것으로 알려진 일본 고유종, A. platyphylla는 노루오줌속 계통수의 기부에서 가장 먼저 분리되었다. 북미에 격리 분포하는 분류군인 A. biternata 및 중국과 동남아시아에 분포하는 A. rivularis는 노루오줌속의 진화 초기에 갈라진 것으로 밝혀졌다. 한편, 화피가 있는 나머지 종들은 하나의 핵심군으로 확고하게 무리를 지었다. 핵심군 내에서는 일본, 대만, 필리핀 등지에 분포하는 종들("Japonica" clade) 이 단계통군을 이루었고, 중국 및 한국에 분포하는 종인 A. rubra var. rubra(노루오줌)과 A. koreana(숙은노루오줌), 즉 "Rubra" clade는 이들과 명확히 구분되는 진화 계열로 나타났다. A. biternata의 기원과 격리분포는 베링육교(Bering land bridges)를 통해 이루어진 것으로 추정되었다. 대만에 분포하는 2종과 A. philippinensis는 일본에 분포하는 분류군이 남하하면서 갈라져 나온 것으로 해석되었다. 노루오줌속 내에서 무화피화는 원시적 형질상태였으며, 이 형질상태는 적어도 두 개의 진화 계열에서 각각 독립적으로 기원하였을 것으로 추정되었다. 본 연구결과는 노루오줌속을 분류함에 있어서 잎의 유형(단엽/복엽)을 중요시했던 Engler의 분류 체계를 지지하지 않았으며, 꽃받침의 형태를 일차적으로 고려했던 Hara의 분류 견해를 지지하였다.

• 한국어병학회지
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• 제26권1호
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• pp.19-30
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• 2013

Megalocytivirus는 우리나라를 포함한 아시아 각국의 양식현장에서 고위험성 병원체이다. 그럼에도 불구하고 어류의 면역체계와 megalocytivirus의 상호관계에 관한 연구는 아직 부족한 실정이다. 다양한 연구에서 cyclooxygenase isoform중 COX-1 유전자는 constitutive 하게 발현되며, COX-2 enzyme은 면역반응에 중요한 역할을 한다고 알려져 있다. 또한 COX-2 유전자는 LPS (lipopolysaccharide) 또는 병원체의 감염과 같은 염증반응 시 그 발현이 증가한다고 알려져있다. 본 연구는 다른 어종의 COX-2 유전자를 바탕으로 제작된 degenerated primer와 5'- 그리고 3'-end RACE-PCR을 이용하여 돌돔에서 COX-2 유전자의 전체 염기서열을 밝혔으며, 그 결과 rbCOX-2 (rock bream COX-2)유전자 cDNA의 전체 길이는 2655 bp 였으며, 609개의 아미노산으로 구성되어있었다. rbCOX-2 유전자의 genomic organization은 9개의 intron과 10개의 exon으로 구성되어 있었다. 또한 본 연구에서는 돌돔에 megalocytivirus의 인위감염 시 COX-2 유전자의 발현을 조사하였다. LPS 접종 시 rbCOX-2 유전자는 접종 1일 후 대조구와 비교하여 13.10배 증가하여 최고 발현을 보였으나, megalocytivirus 접종 시 대조구와의 비교에서 유의적인 발현을 확인할 수 없었다. 돌돔에서 COX-2 유전자의 염기서열의 분석과 발현 분석은 바이러스 감염 시 어류의 방어기작을 이해하는데 도움이 될 것이며, 바이러스 백신개발 및 치료제 개발의 기초자료로 활용될 것이다.

• 한국사회복지학
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• 제37권
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• pp.357-379
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• 1999

본 연구는 중학교에서의 또래따돌림에 영향을 미치는 요인을 서열프로빗 분석을 이용해 살펴보고자 한 연구이다. 특히, 개인, 가족 특성이외의 폭력에의 노출, 교칙의 공정성, 부정적인 또래관계 등 환경적 요인이 또래따돌림에 어떠한 영향을 미치는가 살펴보고자 하였다. 아울러 또래따돌림의 경험이 따돌림과 같은 또래폭력에 대한 방관적 태도와 어떠한 관계에 있는지 알아보았다. 조사대상자들은 서울시내에 소재한 12개 중학교 20개 학급에서 총 714명의 중학생들로 구성되었다. 서열프로빗 분석은 LIMDEP 7.0을 통해 분석되었고, 기술통계와 변량분석은 윈도용 SPSS 8.0을 사용하였다. 조사 결과 조사대상학교의 학생들중 35.8%가 다른 학생들을 따돌려본 적이 있다고 응답했고, 25.9%의 학생들이 또래따돌림을 당하는 것으로 나타났다. 남녀별로는 또래따돌림 가해경험의 차이가 없었으며, 대신 저학년에서 많이 발생하고 있었다. 개인적 특성으로는 공격성과 교칙위반행동의 경험이 많을수록, 또래따돌림에 더 많이 참여하고 있었다. 하지만, 부모의 양육태도, 결손가족여부, 학업성적, 학업에 대한 태도 등 가족 및 학교생활 요인은 또래따돌림행위에 유의미한 영향을 미치지 못하였다. 반면 또래따돌림을 당한 적이 있거나, 주변에서 따돌림이 많이 발생하는 학교에 재학중인 학생일수록 또래따돌림에 참여할 가능성이 높은 것으로 나타났다. 이러한 결과는 또래따돌림의 문제를 단순히 개인차원의 상담으로 풀어나가기 힘듦을 보여주는 것이다. 아울러 가해자와 피해자가 이분적으로 구분되는 형태가 아니라, 피해경험을 통해 가해경험을 학습하고 심화시킬 수 있는 중첩적인 관계에 있음을 발견하였다. 궁극적으로 또래따돌림의 문제를 해결하기 위해서는 학교를 개입단위로 하는 예방프로그램과 전문적 원조체계의 도입이 시급함을 제언하였다.

• 한국버섯학회지
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• 제3권2호
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• pp.52-59
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• 2005

국내유통약용버섯의 분류체계를 확립하고 이들 속 및 종간의 유연관계확립을 위하여 계통학적 정보를 지니고 있는 ITS부위의 염기서열을 밝히고 ITS1과 ITS2부위의 다양한 염기서열을 이용하여 분류학적 위치를 확립하였고, 시판 I. obliquus 종의 진위여부와 계통분류학적인 유연관계 확립 및 종 특이적인 유전자 탐침을 개발하였다. 본 연구의 조사결과에 의하면, 약용버섯으로 주로 시판되고 있는 국내유통균주는 총 6개의 속(Phellinus, Inonotus, Sparassis, Fomes, Ganoderma, Hericium)으로 나누어짐을 알 수 있었고 그 중에서 기존에 잘 알려진 상황버섯과 최근 들어 수입양이 급증하고 있는 차가버섯이 대부분을 차지하고 있는 것으로 확인되었다. 본 연구에 사용되어진 일명 차가버섯으로 유통 중인 15개 제품 중 중국에서 수입되어진 59번 균주가 P. pini로 확인되었으며 일본에서 수입되어진 51, 52번 균주가 P. baumii와 P. linteus와 유사종 혹은 동일종으로 확인되었다. 한편 I. rheades(AY237731)와 I. radiatus(AY354217) 및 F. fomentarius(AY354213)는 NCBI 등록 시 문제점이 있는 것으로 사료되며 본 실험에서 조사되어진 30번 균주 F. fomentarius가 정확한 말굽버섯인 것으로 사료된다.

• Journal of Plant Biotechnology
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• 제33권2호
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• pp.85-91
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• 2006

Flavanone 3$\beta$-hydroxylase (FHT)는 flavonoid 생합성 경로의 가장 중심부에 작용하는 효소로 flavanone으로부터 dihydroflavonol으로의 변환을 촉매하는 역할을 한다. 본 연구에서는 색소유전자의 전이를 통하여 새로운 색소발현체계를 가진 품종을 육종하기 위한 기초연구로 숙성안개초 (Gypsophila paniculata L.)의 꽃봉오리로부터 cDNA-library를 합성하였고 카네이션의 FHT 유전자를 probe로 사용하여 anthocyanin 합성경로의 중요 효소의 하나인 FHT 유전자를 분리하였다. 염기서열분석을 수행하여 분리유전자의 크기가 1471 bp 이며 이 중 coding region은 1047 bp 임을 확인하였다. 이미 밝혀진 다른 식물체의 FHT 유전자와 서로 염기서열의 일치성을 비교해 본 결과 아라비돕시스, 오렌지, 카네이션, 고구마, 스톡, 페튜니아, 감자 및 포도에서 각각 69% 이상을 나타내었다. 분리유전자의 발현을 확인하기 위하여 Northern blot분석 및 인위적으로 기내에서의 transcription과 translation을 수행하였고, 분리한 유전자의 효소활성을 측정해 본 결과 dihtydrokaempferol의 작은 peak을 확인하였다. Southern blot 분석의 결과 안개초의 FHT 유전자는 다른 대부분의 식물체와 유사하게 한 개가 존재함을 확인하였다

• 생명과학회지
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• 제26권6호
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• pp.737-748
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• 2016

현재까지 곤충 항균 펩티드는 1980년에 세크로피아나방(Hyalophora cecropia) 번데기의 혈림프로부터 세크로핀(cecropin)이 처음으로 정제된 이후로 150개 이상의 펩티드가 분리되어 특성들이 보고되어 왔다. 그러므로 곤충은 항균 펩티드 선발을 위한 좋은 재료로서 고려되어 왔다. 곤충 항균 펩티드는 분자량이 작으며 양전하를 띠고 다양한 길이와 서열 및 구조를 갖는 양친매성의 특징을 갖는다. 곤충 항균 펩티드는 박테리아, 진균, 기생충, 그리고 바이러스와 같은 병원체들의 침입에 대항하여 곤충의 선천성 면역체계에서 중요한 역할을 수행한다. 대부분의 곤충 항균 펩티드들은 상처가 나거나 면역화 시 지방체와 다른 특정 조직들에서 유도 합성된다. 이어서 그 항균 펩티드들은 미생물들에 대항하여 작용하기 위해 혈림프로 분비되어 나온다. 이들 펩티드들은 항암활성을 포함하여 다양한 미생물들에 대해 광범위한 항균활성을 나타낸다. 곤충 항균 펩티드는 구조 및 서열상의 특징들에 기초하여 크게 4개의 패밀리로 나누어질 수 있다. 다시 말해서 α-나선형 펩티드, 시스테인-풍부 펩티드, 프롤린-풍부 펩티드, 그리고 글리신-풍부 펩티드/단백질이 그것이다. 예를 들면, 세크로핀, 곤충 디펜신(defensin), 프롤린-풍부 펩티드, 그리고 아타신(attacin)이 일반적인 곤충 항균 펩티드들인데, 글로베린(gloverin)과 모리신(moricin)은 나비목 종들에서만 확인되어 왔다. 본 총설에서는 곤충의 항균 펩티드들에 초점을 맞추어 곤충 항균 펩티드들의 적용 가능성 및 방향과 함께 현재의 지식들과 최근의 진전된 사항들에 대하여 논의하고자 한다.

• 식물병연구
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• 제11권1호
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• pp.56-65
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• 2005

이 연구는 Alternaria속 균류 중에서 분생포자의 형태가 유사하여 분류, 동정이 매우 어려운 소형의 포자를 형성하는 11종의 Alternaria의 종간 유연관계와 분류체계를 확립하기 위하여 공시균들의 ribosomal DNA의 ITS 및 미토콘드리아 small submit 영역의 염기서열 분석, 그리고 URP primer에 의한 핵산지문분석을 실시하였다. 소형의 포자를 형성하는 11종 Alternaria속의 rDNA internal transcribed spacer(ITS) 영역과 미토콘드리아 small submit rDNA 의 염기서열을 분석하였던 바 A. infectoria를 제외한 10종의 Alternaria에서 100%의 상동성을 나타내었다. 이는 공시한 10종의 Alternaria가 유전적으로 매우 근연의 관계에 있음을 나타내며, 이 marker는 공시균들의 종구분에 이용할 수 없음을 나타내는 것이다. URP primer 10종을 공시하여 소형의 포자를 형성하는 Alternaria 균류의 핵산지문분석을 실시한 결과, 개개의 primer 로는 종간의 구분이 불가능하였으나 여러개의 primer를 종합하여 UPGMA분석을 실시할 경우 비록 종간 유사도는 높았디만 각각의 종은 독립된 cluster를 형성하여 종간 구별이 가능하였다. 자리공에서 분리한 Alternaria sp.는 URP-PCR 핵산지문 분석 결과 다른 Alternaria 종들과 차이가 인정됨으로 이 균은 미기록인 신종의 Alternaria로 사료되었다. A.infectoria는 다른 Alternaria 종들과 ITS 분석 및 URP-PCR 핵산지문분석에서 큰 차이를 보임으로서 뚜렷이 구별되는 종으로 판단되었다.

• 대한수혈학회지
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• 제29권3호
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• pp.310-319
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• 2018

배경: 최근 차세대염기서열분석법(Next Generation Sequencing: NGS)을 이용한 HLA 형별 분석에 대한 연구가 활발히 진행되고 있다. 이에 HLA 고해상도 분석법의 내재적 한계인 위상 모호성의 문제를 해결하고, 대량 검체 처리가 가능한 NGS 기반 고해상도 HLA 형별 검사법을, 자체 기술로 개발하고자 본 연구를 실시하였다. 방법: HLA NGS를 위한 핵산 추출 조건, 라이브러리 제작 및 PCR 체계 확립, 그리고 생물정보학을 이용한 HLA 형별 분석법을 개발하였다. 본 기관에서 개발한 NGS 기반 HLA 형별 검사의 정확성을 알아보기 위해 SSOP법으로 HLA 형별을 알고 있는 192개 검체와 SBT법으로 HLA 형별을 알고 있는 28개 검체에 대해 NGS 기반으로 검사한 HLA-A, -B 그리고 -DR 형별 결과를 비교해 보았다. 결과: 두 단계의 PCR을 통한 DNA 라이브러리 제작과 MiSeq (Illumina Inc., San Diego, USA) 기기를 이용한 NGS 시퀸싱 그리고 데이터 분석 시스템을 구축하였다. 기존에 HLA 형별을 알고 있는 220개 혈액 검체에 대해 NGS 기반 HLA 형별검사 결과가 모두 일치함을 확인하였다. 결론: NSG 기반 HLA 형별 검사법은 많은 검체를 효율적인 시간 내에 처리가 가능하여 조혈모세포기증 희망자 HLA 검사 등에 유용할 것으로 기대된다.

• 한국식품과학회지
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• 제53권1호
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• pp.1-11
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• 2021

본 논문에서는 최근 10년간(2010-2019년) 바이러스에 의한 식중독 통계 및 바이러스 검출법과 제어법에 대한 자료를 정리하여 나타냈다. 국내에서 지난 10년 동안 바이러스에 의해 발생한 식중독 사고 488건 중 94.9%가 노로바이러스에 의한 것으로 확인되어 노로바이러스가 국내에서 가장 주요한 식중독 바이러스로 생각된다. 노로바이러스를 검출하는 방법으로는 PCR을 이용한 방법이 주로 보고되고 있으며 현재(2020년 12월) 식품 공전에 등록된 방법(고시 제 2010-45호)에 따라 전기 영동을 기반으로 한 one-step RT PCR 및 semi-nested PCR 방법이 널리 이용되고 있다. 또한 최근 DNA sequencing 기술이 발달됨에 따라서 검출된 바이러스의 서열을 분석하여 이미 보고된 바이러스의 서열과 비교한 논문들이 많이 보고되었다. 이 외에도 real-time PCR을 적용한 논문들도 보고되고 있으며 앞으로는 전기 영동을 실시하는 conventional PCR을 대신하여 신속하게 정량 검출이 가능한 realtime PCR의 활용이 늘어날 것으로 생각한다. 기타 바이러스의 검출에 있어서도 역시 PCR을 활용한 방법이 주로 보고되고 있으며 multiplex PCR을 활용하여 여러 종류의 바이러스를 동시에 검출하고자 하는 노력이 이루어지고 있다. 더 나아가서, 자기 면역력 분리와 퀀텀닷 분석 방법 등을 이용한 신속 검출법이 제시되고 있어 앞으로 여러 식품에 오염된 바이러스를 현장에서 신속분리 및 검출하는데 이용할 수 있을 것으로 전망된다. 한편, 노로바이러스는 실험실에서 배양하기가 어렵기 때문에 노로바이러스 제어 연구는 대체재를 이용한 방법들이 주를 이루었다. 옴 가열을 포함한 여러 종류의 열처리와 초고압, 오존, 감마선, 광펄스 등의 비가열 처리를 이용하여 노로바이러스의 저감 정도를 살펴본 연구들이 최근 보고되었다. 일반적으로 물이나 완충용액보다는 식품 샘플에서 바이러스의 저감 정도가 낮게 관찰되었는데 식품 matrix가 이러한 물리적 처리에 간섭 효과를 나타내기 때문으로 생각되며 이를 극복하기 위해서는 여러 물리적, 화학적 처리를 조합하여 처리할 필요가 있다. 기타 바이러스 제어 연구에 있어서는 열, 광펄스, 고압력 등의 물리적 처리와 더불어 살균제(sanitizer)를 적용한 논문들이 보고되고 있으며 식중독 바이러스의 저감 메커니즘에 대한 체계적인 연구가 수행되고 있는 것을 확인하였다. 여러 물리적, 화학적 처리에 대해서 식중독 바이러스가 저항성을 갖는 이유와 사멸되는 메커니즘을 정확하게 이해한다면 추후 여러 식품에서의 바이러스에 대한 안전성을 확보하는데 도움이 될 것으로 사료된다.