• Title/Summary/Keyword: 서브트리

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Clustering Algorithm using the DFP-Tree based on the MapReduce (맵리듀스 기반 DFP-Tree를 이용한 클러스터링 알고리즘)

  • Seo, Young-Won;Kim, Chang-soo
    • Journal of Internet Computing and Services
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    • v.16 no.6
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    • pp.23-30
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    • 2015
  • As BigData is issued, many applications that operate based on the results of data analysis have been developed, typically applications are products recommend service of e-commerce application service system, search service on the search engine service and friend list recommend system of social network service. In this paper, we suggests a decision frequent pattern tree that is combined the origin frequent pattern tree that is mining similar pattern to appear in the data set of the existing data mining techniques and decision tree based on the theory of computer science. The decision frequent pattern tree algorithm improves about problem of frequent pattern tree that have to make some a lot's pattern so it is to hard to analyze about data. We also proposes to model for a Mapredue framework that is a programming model to help to operate in distributed environment.

A Space Efficient Indexing Technique for DNA Sequences (공간 효율적인 DNA 시퀀스 인덱싱 방안)

  • Song, Hye-Ju;Park, Young-Ho;Loh, Woong-Kee
    • Journal of KIISE:Databases
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    • v.36 no.6
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    • pp.455-465
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    • 2009
  • Suffix trees are widely used in similar sequence matching for DNA. They have several problems such as time consuming, large space usages of disks and memories and data skew, since DNA sequences are very large and do not fit in the main memory. Thus, in the paper, we present a space efficient indexing method called SENoM, allowing us to build trees without merging phases for the partitioned sub trees. The proposed method is constructed in two phases. In the first phase, we partition the suffixes of the input string based on a common variable-length prefix till the number of suffixes is smaller than a threshold. In the second phase, we construct a sub tree based on the disk using the suffix sets, and then write it to the disk. The proposed method, SENoM eliminates complex merging phases. We show experimentally that proposed method is effective as bellows. SENoM reduces the disk usage less than 35% and reduces the memory usage less than 20% compared with TRELLIS algorithm. SENoM is available to query efficiently using the prefix tree even when the length of query sequence is large.

A Practical Approximate Sub-Sequence Search Method for DNA Sequence Databases (DNA 시퀀스 데이타베이스를 위한 실용적인 유사 서브 시퀀스 검색 기법)

  • Won, Jung-Im;Hong, Sang-Kyoon;Yoon, Jee-Hee;Park, Sang-Hyun;Kim, Sang-Wook
    • Journal of KIISE:Databases
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    • v.34 no.2
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    • pp.119-132
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    • 2007
  • In molecular biology, approximate subsequence search is one of the most important operations. In this paper, we propose an accurate and efficient method for approximate subsequence search in large DNA databases. The proposed method basically adopts a binary trie as its primary structure and stores all the window subsequences extracted from a DNA sequence. For approximate subsequence search, it traverses the binary trie in a breadth-first fashion and retrieves all the matched subsequences from the traversed path within the trie by a dynamic programming technique. However, the proposed method stores only window subsequences of the pre-determined length, and thus suffers from large post-processing time in case of long query sequences. To overcome this problem, we divide a query sequence into shorter pieces, perform searching for those subsequences, and then merge their results. To verify the superiority of the proposed method, we conducted performance evaluation via a series of experiments. The results reveal that the proposed method, which requires smaller storage space, achieves 4 to 17 times improvement in performance over the suffix tree based method. Even when the length of a query sequence is large, our method is more than an order of magnitude faster than the suffix tree based method and the Smith-Waterman algorithm.

A Policy to Find All Siphons using Transitive Matrix (추이적 행렬을 이용한 사이폰 감지 정책)

  • Kim, Oe-Yeong;Lee, Jong-Kun
    • Journal of the Korea Society for Simulation
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    • v.19 no.4
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    • pp.67-75
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    • 2010
  • Deadlock usually appears in contain subsystem which is run in parallel and resources share modules. Siphons and traps have been well introduced to characterize deadlocks of Petri nets. Siphon concept be well used for proposing the detect and prevent deadlock by the pleasure researchers. But it's need many times and efforts to detect all siphon sub-nets in the Petri model. Since transitive matrix could explain all relations between the place and transitions in Petri nets, we propose an algorithm to detect all siphon sub-nets after analyzed the transitive matrix's properties. Examples are givens to illustrate the method.

Pixel Skipping with Stencil Buffer for Texture Based Volume Rendering (텍스춰 기반 볼륨 렌더링에서의 스텐실 버퍼를 이용한 픽셀 단위 건너뛰기)

  • Lee, Tek-Hee;Kim, Dong-Ho;Lee, Jeong-Jin;Shin, Yeong-Gil
    • Journal of the Korea Computer Graphics Society
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    • v.9 no.4
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    • pp.1-7
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    • 2003
  • 본 논문에서는 GPU와 스텐실 버퍼(stencil buffer) 및 깊이 버퍼(depth buffer)를 이용하여 가려진 픽셀들을 렌더링 단계 이전에 건너뛰는(skipping) 방법을 제시하고자 한다. 그래픽 카드에 기본적으로 제공되는 기능인 깊이 및 스텐실 버퍼 검사(depth & stencil buffer test)를 이용하여 이진 차폐 맵(binary occlusion map)을 만들고 이를 재사용하여 가려지는 부분의 픽셀들을 효과적으로 건너뛰게 하는 방법이다. 전체 볼륨 데이터는 팔진트리(octree) 구조를 가진 서브볼륨들로 나뉘어 저장되며 시점에 가까운 서브볼륨부터 렌더링에 사용된다. 서브볼륨들을 차례로 렌더링하면서 차폐 맵을 갱신하게 하면, 멀리 있는 서브볼륨들을 렌더링할 때 이미 가려진 픽셀들을 렌더링에서 제외할 수 있다.

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Effective Subsequence Matching Supporting Time Warping in Sequence Databases (시퀸스 데이터베이스를 위한 타임 워핑을 지원하는 효과적인 서브시퀸스 매칭)

  • 박상현;김상옥;조준서
    • Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
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    • 2001.10a
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    • pp.181-183
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    • 2001
  • 본 논문에서는 대용량 시퀸스 데이터베이스에서 타임 워핑을 지원하는 인텍스 기반 서브시퀸스 매칭에 관하여 논의한다. 타임 워핑은 시퀸스의 길이가 서로 다른 경우에도 유사한 패턴을 갖는 시퀸스들을 찾을 수 있도록 해 준다. 최근의 연구에서 타임 워핑을 지원하는 효과적인 전체 매칭 기법이 제안된 바 있다. 본 연구에서는 이 기존의 연구에 슬라이딩 윈도우 개념을 결합하는 새로운 기법을 제안한다. 인덱싱을 위하여, 각 슬라이딩 윈도우와 대응되는 서브시퀸스로부터 특징 벡터를 추출하고, 이 특징 벡터를 인덱싱 애트리뷰트로 사용하는 다차원 인덱스를 구성한다. 질의 처리를 위하여, 조건을 만족하는 질의 접두어들에 대한 특징 벡터들을 이용하여 인덱스 검색을 수행한다. 제안된 기법은 대용량의 데이터베이스에서도 효과적인 서브시퀸스 매칭을 지원한다. 본 연구에서는 제안된 기법이 착오 기각을 유발시키지 않음을 증명하고, 실험을 통하여 제안된 기법의 우수성을 규명한다.

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Performance Improvement of Tree Structured Subband Filtering (트리구조 필터뱅크를 이용한 서브밴드 필터링에서의 수렴 성능 향상)

  • 최창권;조병모
    • Journal of the Korea Institute of Information and Communication Engineering
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    • v.4 no.2
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    • pp.407-416
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    • 2000
  • Adaptive digital filtering and noise cancelling technique using a tree structured filter bank are presented to reduce a undesirable aliasing due to the decimation of filtered output and improve the performance in terms of mean-square error and the convergence speed using a aliasing canceller. A signal is split into two subband by analysis filter bank and decimated by decimator and reconstructed by interpolation technique and synthesis filter bank. A variable step-size LMS algorithm is used to improve the convergence speed in case of existing the measurement noise in desired input of filter. It is shown by computer simulation that the proposed subband structure in this paper is superior to conventional subband filter structure in terms of mean-square error and convergence speed.

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Multicast Tree Construction Scheme considering QoS on the Application Layer Multicast based on RMCP (RMCP기반의 응용 계층 멀티캐스트에서 QoS를 고려한 멀티캐스트 트리 구성 기법)

  • Park Si-Yong;Kim Sung-Min;Chung Ki-Dong
    • The KIPS Transactions:PartC
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    • v.12C no.6 s.102
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    • pp.907-916
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    • 2005
  • RMCP is an application layer multicast protocol and was established as a standard by ITU-T Also, RMCP includes a scheme which can statically construct a multicast tree. In this paper, we propose a QoS based tree construction scheme which can dynamically construct a multicast tree. And this scheme shows more superior performance than the static tree scheme of RMCP in terms of start-up delay and user requirement QoS. This scheme consists of a best-fit method using multiple sub-net groups which are satisfied a user requirement QoS and a first-fit method using one sub-net group which has maximum transmission bandwidth. In simulation result, two proposed methods are superior to the existing static tree scheme.

A Reliable Group Key Re-transmission Mechanism in Ad-hoc Environment (Ad-hoc 환경에서 신뢰적인 그룹 키 재전송 기법)

  • Hong, Suk-Hyung;Kim, Kyung-Min;Lee, Kwang-Kyum;Sin, Young-Tae
    • Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
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    • 2006.10d
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    • pp.370-374
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    • 2006
  • Ad-hoc 환경의 응용은 재난구조나 회의실 또는 강의실에서의 정보 교환과 같은 그룹 통에서 이용된다. Ad-hoc 환경은 무선 채널을 이용하므로 상대적인 낮은 대역폭과 높은 오류 발생률을 가지게 된다. 따라서 Ad-hoc 네트워크에서는 신뢰적인 전송이 요구된다. 이동 노드는 상대적으로 낮은 성능과 에너지의 제한으로 인해 유선 환경과 같은 신뢰적인 전송 기법을 Ad-hoc 환경에 적용하기에는 문제가 발생한다. Ad-hoc 환경의 무선 채널이 가지는 보안적인 취약성과 높은 에러율을 극복하는 신뢰적인 그룹 키 전송을 위한 재전송 기법을 제안한다. 신뢰적인 트리 형성하기 위해 n차 트리 구조를 이용한다. 손실 감지를 위한 ACK 메시지를 이용하고 손실 복구를 위한 재전송 기법에 대해 연구를 한다. 제안한 신뢰적인 그룹 키 전송을 위한 재전송 기법은 트리의 깊이의 차수가 루트 관리 노드, 서브 관리 노드와 로컬 멤버 노드로 구성되기 때문에 손실 감지와 손실 복구에 대한 연산의 오버헤드가 적다. 루트 관리 노드는 멤버 노드로부터 받은 개인키 정보를 이용하여 그룹 키를 생성하고 그룹 키 부분 정보를 서브 관리 노드에게 전송하고 서브 관리 노드에 대한 신뢰성을 책임진다. 서브 관리 노드는 루트 관리 노드로부터 받은 그룹 키 부분 정보를 로컬 멤버 노드에게 전송하고 로컬 멤버 노드에 대한 신뢰성을 책임진다. 루트 관리 노드와 서브 관리 노드를 관리 노드라 한다. 관리 노드가 신뢰적인 전송을 위해 관리하는 멤버 노드는 전체 그룹에 독립적으로 유지 가능하므로 확장성 및 효율성이 좋다. 관리 노드는 동적인 그룹에 따른 타이머를 설정함으로써 손실 감지에 대한 시간을 줄임으로써 효율적인 손실 감지 및 손실 복구를 한다. 임계값 설정으로 인한 중복 수신에 대한 오버헤드를 줄일 수 있다.신뢰성을 향상 시킬 수 있는 Load Balancing System을 제안한다.할 때 가장 효과적인 라우팅 프로토콜이라고 할 수 있다.iRNA 상의 의존관계를 분석할 수 있었다.수안보 등 지역에서 나타난다 이러한 이상대 주변에는 대개 온천이 발달되어 있었거나 새로 개발되어 있는 곳이다. 온천에 이용하고 있는 시추공의 자료는 배제하였으나 온천이응으로 직접적으로 영향을 받지 않은 시추공의 자료는 사용하였다 이러한 온천 주변 지역이라 하더라도 실제는 온천의 pumping 으로 인한 대류현상으로 주변 일대의 온도를 올려놓았기 때문에 비교적 높은 지열류량 값을 보인다. 한편 한반도 남동부 일대는 이번 추가된 자료에 의해 새로운 지열류량 분포 변화가 나타났다 강원 북부 오색온천지역 부근에서 높은 지열류량 분포를 보이며 또한 우리나라 대단층 중의 하나인 양산단층과 같은 방향으로 발달한 밀양단층, 모량단층, 동래단층 등 주변부로 NNE-SSW 방향의 지열류량 이상대가 발달한다. 이것으로 볼 때 지열류량은 지질구조와 무관하지 않음을 파악할 수 있다. 특히 이러한 단층대 주변은 지열수의 순환이 깊은 심도까지 가능하므로 이러한 대류현상으로 지표부근까지 높은 지온 전달이 되어 나타나는 것으로 판단된다.의 안정된 방사성표지효율을 보였다. $^{99m}Tc$-transferrin을 이용한 감염영상을 성공적으로 얻을 수 있었으며, $^{67}Ga$-citrate 영상과 비교하여 더 빠른 시간 안에 우수한 영상을 얻을 수 있었다. 그러므로 $^{99m}Tc$-transierrin이 감염 병소의 영상진단에 사용될 수 있을 것으로 기대된다.리를 정량화 하였다. 특히 선조체에서의 도파민 유리에 의한 수용체 결합능의 감소는 흡연에 의한 혈중 니코틴의 축

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Data Modeling Method of NETCONF Protocol's Content Layer Applying VTD-XML (VTD-XML을 적용한 NETCONF 프로토콜 Content 계층의 데이터 모델링 기법)

  • Lee, Yang Min;Lee, Jae Kee
    • KIPS Transactions on Computer and Communication Systems
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    • v.4 no.11
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    • pp.383-390
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    • 2015
  • It is appropriate to use the NETCONF to monitor and manage today's complex networks that are composed of variety links and heterogeneous equipment. Since the first standard of the NETCONF are launched, there have been several revisions, but disadvantages of each layer capabilities is still present and the most typical disadvantage is XML document processing efficiency of the Content layer. In this paper, we perform data modeling by constructing a sub-tree based on the dependencies between Content layer data, and suggest method of extract efficiently data from XML by applying the extended VTD-XML technique for the XPath query. We performs experiment to compare NETCONF in proposed method to NETCONF in previous studies and NETCONF standard. we validate superiority of improved NETCONF in the paper. As experimental results, we verify that improved NETCONF is better than the other two NETCONF each 4% and 10% in terms of query processing rate, and faster than each 3.9 seconds and 10.4 seconds in terms of query processing speed.