기체 크로마토그래피에서 PAH와 그것의 유도체들의 상대적 용리시간을 인공신경망분석과 다변량 선형 회귀분석을 사용하여 학습한 후, 시험세트들의 상대적 용리시간을 예측하였다. QSRR에서 PAH와 그것의 유도체의 주요한 설명인자는 분자량의 제곱근, 분자의 연결지수($^1{\chi}_v$), 분자 쌍극자모멘트 및 분자의 길이와 폭의 비율(L/B)이었다. 다변량선형회귀분석에 의하면 큰 분자일수록 용리시간은 길어지며 또한 L/B의 값이 커지면 용리시간이 증가하는 것으로 보아 슬롯이론을 따르고 있음을 알 수 있었다. 반면에 설명인자 사이의 선형 독립성에 영향을 받지 않는 인공신경망 분석결과에 의하면 분자량과 분자 쌍극자 모멘트가 주요한 인자로 작용하고 있었다. 시험세트의 예측 정확도를 나타내는 분산은 선형회귀분석에서는 1.860, 인공신경망분석법에서 0.206으로서 인공신경망 분석법이 다변량회귀분석보다 더 좋은 예측방법임을 알 수 있었다.
고속액체크로마트그래피에서 RAH분자들이 상대적 용리시간을 다변량선형회귀분석과 인공신경망분석방법을 사용하여 학습시킨 후, 시험 세트의 상대적 용리시간을 예측하였다. PAH의 QSRR에서 주요한 설명인자는 분자연결지수($^1X_v,\;^2X_v$),길이와 폭의 비율(L/B) 및 분자 쌍극자 모멘트(D)이었다, 슬롯 모델과 관계깊은 L/B은 인공신경망분석방법에서는 적절한 설명인자로 작용하나, 다변량회귀분석에서는 그러하지 못하다. 시험세트에서 용리시간 예측도를 나타내주는 분산은 각각 인공신경망분석방법에서 0.0099, 다변량회귀분석방법에서 0.0114이었다. 인공신경망분석방법이 다변량회귀분석보다 더 좋은 결과를 보여준다.
감자절편을 고농도용액에 침지하여 탈수시킨 결과 침지용액을 구성하는 용질의 분자량에 따라 탈수형태가 다르게 나타났다. 저분자 용액인 NaCl, PEG 400 용액에 침지한 경우 조직의 뒤틀림현상(cytorrhysis) 은 나타나지 않고 부피의 감소와 수분의 탈수현상이 나타난 반면 고분자 용액인 PEG 4000, PEG 6000용액에 침지한 경우 cytorrhysis 현상을 동반한 부피의 감소와 탈수현상이 나타났다. 초기 탈수속도는 저분자 용액에 침지시 더 빨랐으나 최종 탈수량은 고분자 용액에 침지시 더 컸다 고장성 용액에 감자절편을 침지시켜 탈수되는 기작이 두가지 압력(삼투압 분자압착력)에 의해 진행된다고 가정하고 모델을 제안하여 감정한 결과 제안된 모델은 고분자 용액에 침지시의 탈수현항을 설명하는데 적합하였다. 모델에서 구해진 압력인자(ΔP)와 농도인자(a)는 온도(T)와 농도(C) 의 함수로 표현되며 계수의 탄력성 검정결과 농도에 대한 의존성이 더 큰 것으로 나타났다.
가축의 번식과 수요를 조절할 수 있는 생물학적 자극 통제 수단으로 새로운 돼지 페르몬성 냄새 물질를 탐색하고자, 기질 분자로서 2-cyclohexyloxytetrahydrofurane (A), 2-phenoxytetrahydrofurane (B) 유도체들의 설명인자인 물리화학 파라미터와 돼지 페로몬의 수용체 (pOBP)에 대한 결합 친화력 상수($p[Od.]_{50}$) 간의 2D-QSAR 모델을 유도하고 검토하였다. 2D-QSAR 모델은 결합 친화력 상수를 약 96.4% 설명하는 매우 양호한 모델($r^{2}=0.964$)로서 분자내 치환기의 소수성 (SL) 상수에 관한 적정값이 $(SL)_{opt.}=1.418$일 때 가장 높은 결합 친화력을 나타냄을 알았다. 그러므로 분자내 치환기의 소수성 인자가 결합 친화력 상수에 가장 큰 영향을 미치는 중요한 요소이었다.
We investigated molecular polarity by using theoretical means and comparing empirical solvent polarity. Our approach employed electrostatic potentials at the molecular surface calculated by density functional methods. A number of molecular descriptors related to molecular polarities were computed from molecular surface electrostatic potentials. Among computed molecular descriptors, the most positive electrostatic potential provided the best correlation with the empirical solvent polarities. A regression equation was developed in order to predict molecular polarities of molecules whose experimental solvent polarities were unknown. The new regression equations were utilized in estimating solvent polarities of cubane derivatives which are considered important precusors of high-energy density meterials.
장수 또는 노화에 관한 연구는 여러 가지 유전적 요인과 생리학적 및 환경 요인들의 복잡한 조합에 의해 결정되므로, 이와 관련된 연구는 매우 흥미로운 분야이나 또한 어려운 주제이다. 지난 수십 년 동안 장수 또는 노화에 관여하는 분자 메커니즘을 찾기 위하여 동물 모델을 사용한 유전학적 접근법으로, 특이적 유전자를 결손 시키는 연구는 귀중한 도구임이 입증되었다. 장수에 관한 첫 번째 연구는 꼬마선충의 돌연변이체에서 발견되었으며, 이 선충의 인슐린/인슐린유사 성장인자-1 회로가 장수에 관여함이 밝혀졌다. 인슐린유사 성장인자-1은 인슐린과 유사한 아미노산 서열을 가진 폴리펩타이드로, 세포의 정상적인 성장과 발달에 관여한다. 이 발견 이후 인슐린/인슐린유사 성장인자-1 회로에 관여하는 많은 인자들이 선충과 초파리 연구에서 장수에 관여함이 밝혀졌다. 또한 특이적 유전자를 결손 시킨 생쥐 모델을 이용한 연구에서도 인슐린/인슐린유사 성장인자-1 회로뿐 아니라 성장호르몬/인슐린유사 성장인자 회로도 장수에 관여함이 지난 수십 년 동안의 연구결과로 밝혀졌다. 간 조직 특이적으로 인슐린유사 성장인자-1 유전자를 결손 시킨 생쥐모델을 이용한 최근의 연구 결과에 의하면 인슐린유사 성장인자-1 자체도 장수에 관여함이 최초로 밝혀졌으며, 이는 인슐린유사 성장인자-1 회로가 무척추동물뿐 아니라 척추동물에서도 장수에 관여함을 명백하게 보여주는 결과이다. 장수를 조절하는 분자 메커니즘은 아직 완전하게 설명되지 않지만, 감소되어진 인슐린유사 성장인자-1의 신호가 장수와 노화의 조절에 중요한 역할을 하며, 인슐린유사 성장인자-1 회로에 관여하는 여러 가지 유전자들의 장수에서의 역할을 유전자 조작된 생쥐모델을 이용하여 집중적으로 검토하려 한다.
이 리뷰 논문에서는 혈관 투과성, 내피세포 모집, 종양관련 혈관 및 림프관의 유지 등에서 핵심적인 과정인 angiogenesis와 lymphangiogenesis에 있어서 vascular endothelial growth factors (VEGF)가 이행하는 중요한 역할에 대해 재조명하고자 한다. VEGF는 tyrosine-kinase receptor인 VEGFR-1, VEGFR-2, VEGFR-3를 통해 그 역할을 이행하며, 이러한 VEGF-VEGFR 시스템은 암에서뿐만 아니라 비정상적인 혈관 및 림프관 형성으로 인해 야기되는 다른 질병들에 있어서도 핵심적인 요소로 각광받고 있다. 암의 측면에서 보았을 때, VEGF와 그 수용체는 종양관련 혈관 및 림프관을 형성하는 과정에서 필수적이라는 점에서 치료적인 타겟으로 이목을 끌고 있다. 때문에 암세포의 성장을 방해하기 위한 항VEGF 항체, 수용체 길항체, 수용체 기능 억제제 등과 같은 여러 가지 시도들이 있었지만, 아직까지 그 임상효과가 불확실하며 더 많은 연구들이 필요한 실정이다. 이 논문에서는 VEGF의 생리적 역할을 VEGF-A, VEGF-B, VEGF-C, VEGF-D, PLGF에 따라 나누어 설명하면서 VEGF/VEGFR 시스템의 중요성을 강조한다. VEGFR-1과 VEGFR-3은 각각 angiogenesis와 lymphangiogenesis에 핵심적인 인자이며, VEGFR-2의 경우 두 가지 모두를 일으킨다. 전반적으로 이 리뷰는 현재까지 밝혀진 암을 포함한 다양한 질병에서의 VEGF와 VEGFR의 역할에 대해 상세히 설명하고자 하였다. 이를 통해 치료 표적으로서 VEGF와 VEGFR의 활용이 더욱 촉진될 것으로 기대된다.
Purpose ; 본 연구는 X-염색체와 관련된 장애 중에서 가장 흔하고 심한 Duchenne Muscular Dystrophy(DMD)의 세포유전학 및 분자유전학적 특성을 설명하기 위해서 DMD에 영향을 받고 있는 두 가계의 13명을 대상으로 가계도 분석과 염색체 분석 및 DNA 분석을 하였다. Method ; DNA분석은 DNA probe을 이용한 Southern blotting method로써 RFLPs와 DMD유전자 부위의 exon소실 유무를 조사하여 아래와 같은 결과를 얻었다. Conclusion ; A 염색체 분석 : 말초혈액과 양수를 표본으로 High-Resolution GTG염색에서 A가계와 B가계의 염색체 분석에서 12명의 염색체는 정상 X-염색체였으나 B가계의 I-2(DMD여성)에서 46, x,-x,+t(2:x)(q 21.1 : p21.2)로 나타난다. B. DNA분석3 : 1) RFLPs의 분석 J66,XJ-1.1,754-11로써 B가계의 RELPs(Restriction Fragment Length Polymorphisms)에서 J66/Pst I은 1.7hb(E), 1.6kb(e)을 보여 주었고 XJ-1.1/Taq I은 3.6kb(F), 3.0kb(f), 754-11/EoR I은 4.2kb(G), 2.0kb(g)의 대립인자를 나타내었다. 이상의 결과를 바탕으로 영향을 받고 있는 남자 (II-2)의 haplotype는 보인자인 어머니의 한쪽 인자를 받았으며 어머니와 딸은 보인자이고 임산부의 태아는 남아였고 태아의 인자들은 그의 할아버지로부터 물려받아 DMD에 영향을 받지 않은 것으로 진단되었다. 2) DMD 유전자의 exon 소실에 대한 분석 cDNA probe 8과 cDNA probe 2b-3으로써 소실에 대한 진단은 영향을 받은 남자(II-2)는 cDNA probe 8에서 12, 7.3, 6.6, 4.2kb에 소실이 있고 cDNA 2b-3은 1.7kb에 소실에 나타났다.
기체크로마토그래피에서 황화합물의 분자구조와 용리시간과의 관계를 연구하였다. 분석대상인 황화합물은 황화수소, 이산화항, 이황화탄소, 에틸메르캅탄, 황화이메틸, 이소프로필메르캅탄, 노말프로필메르캅탄, 황화에틸메틸, 황화이에틸, t-부틸메르캅탄, 테트라히이드로티오핀, 티오핀, 2-클로르티오핀이었다. 다중선형회귀분석방법으로 용리시간과 분자의 설명인자 사이의 상관관계를 설명할 수 있었다. 기체크로마토그래피에서 오븐 온도 프로그램을 30$^{\circ}C$에서 10.5분간 유지 후 15$^{\circ}C$/min 비율로 150$^{\circ}C$까지 증가하는 것으로 설정하였다. SAS를 사용하여 사대적 용리시간에 대한 예측식을 다음과 같이 얻을 수 있었다. $RRT=0.121bp+14.39dp-8.94dp^2+0.0741sqmw-35.78\;(N=8,\;R^2=0.989, \;Variance=0.175,\;F=66.21)$. 상대적 용리시간은 끓는점, 분자량의 제곱근 및 분자쌍극자모멘트의 함수이며 끓는점에 의한 영향이 가장 컸다. 무극성 컬럼 사용시 분자쌍극자모멘트가 0.805D에서 용리시간이 가장 길었다. 분자구조가 평면성을 띠면서 대칭성이 높은 물질은 용리속도가 작았다. 훈련세트(training set)에서 SAS 프로그램을 통해 얻은 예측식의 상관계수의 제곱$(R^2)$은 0.989이며 분산은 0.175이다. 시험세트(testing set)에서 3개의 황화합물에 대하여 예측식을 통해 얻은 상대적 용리시간과 관측된 값 사이의 분산은 0.432 이었다.
본 연구는 당뇨병 치료제 후보약물 정보를 이용하여 항당뇨에 영향을 미치는 물질구조를 발견하는데 목적이 있다. 정량적구조 활성관계를 이용한 기계 학습 모델을 만들고 부분최소자승 알고리즘을 통해 실험데이터 별로 결정계수를 파악한 후 변수중요도척도를 활용하여 주요 분자표현자를 도출하였다. 연구 결과, 후보약물 구조정보를 반영한 molecular access system fingerprint 데이터로 분석한 결과가 in vitro 데이터를 이용한 분석 결과보다 설명력이 높았으며, 항당뇨에 영향을 미치는 주요 분자표현자 역시 다양하게 도출할 수 있었다. 제안된 항당뇨 예측 및 주요인자 분석 방법을 활용한다면 유사한 과정을 반복 실험하는 기존 신약개발 방식과는 달리, 많은 비용과 시간이 소요되는 후보물질 스크리닝 (screening) 기간을 최소화하고, 신약개발 탐색기간도 단축하는 계기가 될 수 있을 것으로 기대한다.
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[게시일 2004년 10월 1일]
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