• Title/Summary/Keyword: 부분문자열

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Constant Time RMESH Algorithm for Computing Longest Common Substring and Maximal Repeat of String (문자열의 최장 공통 부분문자열과 최대 반복자를 구하기 위한 상수시간 RMESH 알고리즘)

  • Han, Seon-Mi;Woo, Jin-Woon
    • The KIPS Transactions:PartA
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    • v.16A no.5
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    • pp.319-326
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    • 2009
  • Since string operations were applied to computational biology area, various data structures and algorithms for computing efficient string operations have been studied. The longest common substring problem is an operation to find the longest matching substring in more than two strings, and maximal repeat of string problem is an operation to find substrings repeated more than once in the given string. These operations are importantly used in the string processing area such as pattern matching and likelihood measurement. In this paper, we present algorithms to compute the longest common substring of two strings and to find the maximal repeat of string using three-dimensional $n{\times}n{\times}n$ processors on RMESH(Reconfigurable MESH). Our algorithms have O(1) time complexity.

Frequency Estimation of Substring for Scientific Database (과학 데이타베이스에서 부분 문자열의 발생 빈도 예측)

  • 배진욱;이석호
    • Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
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    • 2003.04a
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    • pp.536-538
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    • 2003
  • 대량의 짧은 문자열들에 대해 부분 문자열의 발생 빈도를 예측하는 문제는 카운트 서픽스 트리를 미리 생성한 후 이를 이용함으로써 처리될 수 있다. 카운트 서픽스 트리는 모든 부분 문자열의 발생 빈도를 저장한 뒤 가지치기를 함으로써, 제한된 트리 크기와 발생 빈도 예측이라는 두 가지 목표를 처리한다. 하지만, 염기서열에서 처럼 저장된 문자열의 길이가 길어질 경우 카운트 서픽스 트리를 생성하기가 대단히 어려워진다는 문제점이 발생한다. 이 논문에서는 선삽입, 후가지치기 방식의 카운트 서픽스 트리 대신 처음부터 길이가 q 이하인 문자열들만을 삽입하는 큐그램 트리를 제안한다. 큐그램 트리는 제한된 트리 크기에 따라 저장할 부분 문자열의 크기를 미리 결정할 수 있으며, 데이타베이스에 저장된 문자열의 전체 길이가 N일 때 O(N) 시간에 생성 가능하다. 실험 결과 제한된 부분 문자열을 가지고 있음에도 불구하고 긴 부분 문자열의 발생 빈도를 매우 정확하게 예측할 수 있음을 보였다.

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Estimation of Substring Selectivity in Biological Sequence Database (생물학 서열 데이타베이스에서 부분 문자열의 선적도 추정)

  • 배진욱;이석호
    • Journal of KIISE:Databases
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    • v.30 no.2
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    • pp.168-175
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    • 2003
  • Until now, substring selectivities have been estimated by two steps. First step is to build up a count-suffix tree, which has statistical information about substrings, and second step is to estimate substring selectivity using it. However, it's actually impossible to build up a count-suffix tree from biological sequences because their lengths are too long. So, this paper proposes a novel data structure, count q-gram tree, consisting of fixed length substrings. The Count q-gram tree retains the exact counts of all substrings whose lengths are equal to or less than q and this tree is generated in 0(N) time and in site not subject to total length of all sequences, N. This paper also presents an estimation technique, k-MO. k-MO can choose overlapping length of splitted substrings from a query string, and this choice will affect accuracy of selectivity and query processing time. Experiments show k-MO can estimate very accurately.

A Transliteration Model based on the Seq2seq Learning and Methods for Phonetically-Aware Partial Match for Transliterated Terms in Korean (문장대문장 학습을 이용한 음차변환 모델과 한글 음차변환어의 발음 유사도 기반 부분매칭 방법론)

  • Park, Joohee;Park, Wonjun;Seo, Heecheol
    • Annual Conference on Human and Language Technology
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    • 2018.10a
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    • pp.443-448
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    • 2018
  • 웹검색 결과의 품질 향상을 위해서는 질의의 정확한 매칭 뿐만이 아니라, 서로 같은 대상을 지칭하는 한글 문자열과 영문 문자열(예: 네이버-naver)의 매칭과 같은 유연한 매칭 또한 중요하다. 본 논문에서는 문장대문장 학습을 통해 영문 문자열을 한글 문자열로 음차변환하는 방법론을 제시한다. 또한 음차변환 결과로 얻어진 한글 문자열을 동일 영문 문자열의 다양한 음차변환 결과와 매칭시킬 수 있는 발음 유사성 기반 부분 매칭 방법론을 제시하고, 위키피디아의 리다이렉트 키워드를 활용하여 이들의 성능을 정량적으로 평가하였다. 이를 통해 본 논문은 문장대문장 학습 기반의 음차 변환 결과가 복잡한 문맥을 고려할 수 있으며, Damerau-Levenshtein 거리의 계산에 자모 유사도를 활용하여 기존에 비해 효과적으로 한글 키워드들 간의 부분매칭이 가능함을 보였다.

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Comparison and Analysis of Lengths of Longest Common Subsequence and Maximal Common Subsequence (최장 공통 부분 서열과 극대 공통 부분 서열의 길이 비교 및 분석)

  • Lee, DongYeop;Na, Joong Chae
    • Proceedings of the Korea Information Processing Society Conference
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    • 2021.11a
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    • pp.15-18
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    • 2021
  • 최장 공통 부분 서열(Longest Common Subsequence, LCS)은 서열 유사도(Similarity)를 측정하기 위한 주요 지표 중 하나로 특별한 가정이 없는 한 두 문자열의 LCS 를 계산하기 위해서는 두 문자열의 길이의 곱에 비례하는 시간이 필요하다. 최근 최장(longest)이라는 조건을 극대(maximal)로 완화한 극대 공통 부분 서열(Maximal Common Subsequence, MCS)이 제시되었고, 두 문자열의 MCS 를 선형에 가까운 시간에 찾는 알고리즘이 개발되었다. 극대는 최장을 보장하지 않기 때문에 두 문자열의 MCS 길이는 LCS 길이와 달리 유일하지 않을 수 있고, LCS 길이가 매우 길어도 길이가 1인 MCS가 존재할 수도 있다. 본 논문에서는 기존 알고리즘에 의해 계산되는 MCS 의 효용성을 알아보기 위해, DNA 등 여러 종류의 실제 데이터와 랜덤 생성된 데이터에 대해 LCS 와 MCS 의 길이를 비교했다. MCS 길이는 LCS 길이 대비 실제 데이터에서 32.1 ~ 60.2%, 랜덤 데이터에서는 27.5 ~ 62.9%로 나타났다. 이 비율은 문자열을 이루고 있는 알파벳 수가 많을수록, 문자열의 길이가 길어질수록 감소했다.

Implementation of String Selectivity Estimation for Range-based Predicate (범위 술어에 대한 문자열 선택도 추정 구현)

  • Kim, Jae-Myung;Lee, Mi-Young;Lee, Sang-Won
    • Proceedings of the Korea Information Processing Society Conference
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    • 2006.11a
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    • pp.357-360
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    • 2006
  • 범위 술어에 대한 문자열 선택도 추정은 해당 문자열 범위를 숫자 표현으로 변환 해야 하는 어려움이 있다. 하지만 문자열을 숫자 표현으로 변환할 경우 각각의 바이트에 대한 모든 경우의 수를 모두 고려해야 한다. 따라서 변환 시 문자열 뒷부분에 대한 정보를 고려할 수 없는 문제가 발생한다. 최근 연구되고 있는 부분 문자열에 대한 선택도 추정 방식을 적용할 경우 통계정보와 추정에 대한 연산이 증가되는 단점이 있다. 따라서 이는 범위 술어에 대한 추정만을 위해 사용하기에는 적합하지 않다. 따라서 이 논문에서는 B+ Tree 인덱스의 제한적인 통계정보만을 가지고 범위 술어에 대한 문자열 선택도를 추정하는 방법으로 알티베이스에 구현하였다.

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An Efficient Algorithm for Similarity Search using Positional Information of DNA Sequences (DNA 서열의 위치 정보를 이용한 효율적인 유사성 검색 알고리즘)

  • Jeong In-Seon;Park Kyoung-Wook;Lim Hyeong-Seok
    • Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
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    • 2005.11a
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    • pp.970-972
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    • 2005
  • 유전자 데이터베이스의 서열의 길이가 수백만에서 수백억 정도의 대용량 텍스트이기 때문에 기존의 Smith-waterman 알고리즘으로 정확한 서열의 유사성을 검색하는 것은 매우 비효율적이다. 따라서 빠른 유사성 검색을 위해 데이터베이스에 저장된 문자열에 대해 특정 길이의 모든 부분문자열에 나타나는 문자의 출현 빈도를 이용한 휴리스틱 방법들이 제안되었다. 이러한 방법들은 질의 서열과 일치될 가능성이 높은 후보들만을 추출한 후 이들 각각에 대하여 질의 서열과의 일치 여부를 조사하므로 빠르게 유사성 검색을 할 수 있다. 그러나 이 방법은 문자의 출현 빈도만을 사용하므로 서로 다른 서열을 같은 서열로 취급하는 단점이 있어 정확도가 Smith-Waterman 알고리즘에 비해 떨어진다. 본 논문에서는 문자가 부분문자열에 나타나는 위치 정보를 포함하여 문자의 출현빈도를 인덱싱함으로써 질의 처리를 효율적으로 수행하는 알고리즘을 제안한다. 실험결과 제안된 알고리즘은 문자 빈도만을 사용하는 알고리즘에 비해 $5\~15\%$정도 정확성이 향상되었다.

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Passport Recognition using PCA-based Face Verification and SOM Algorithm (PCA 기반 얼굴 인증과 SOM 알고리즘을 이용한 여권 인식)

  • Lee Sang-Soo;Jang Do-Won;Kim Kwang-Baek
    • Proceedings of the Korean Institute of Information and Commucation Sciences Conference
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    • 2006.05a
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    • pp.285-290
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    • 2006
  • 본 논문에서는 출입국자 관리의 효율성과 체계적인 출입국 관리를 위하여 여권 코드를 자동으로 인식하고 위조 여권을 판별할 수 있는 여권 인식 및 얼굴 인증 방법을 제안한다. 본 논문의 구성은 여권 인식과 얼굴 인증 부분으로 구성되며, 여권 인식 부분에서는 소벨 연산자, 수평 최소값 필터 등을 적용한 후, 8 방향 윤곽선 추적 알고리즘을 적용하여 코드의 문자열 영역을 추출하고 기울기를 보정한다. 추출된 문자열은 반복 이진화 방법을 적용하여 코드의 문자열 영역을 이진화 한다. 이진화된 문자열 영역에 대해 8 방향 윤곽선 추적 알고리즘을 적용하여 개별 코드를 추출한 후에 SOM(Self-Organizing Maps) 알고리즘을 적용하여 여권 코드를 인식한다. 얼굴 인증 부분에서는 여권 사진 영역의 특징을 이용하여 얼굴 후보 영역을 추출한 후, RGB와 YCbCr 색공간에서 피부색 정보를 이용하여 얼굴 영역을 추출한다. 추출된 얼굴 영역은 PCA(Principal Component Analysis) 알고리즘을 적용하여 특징 벡터를 구하고 여권 코드가 인식된 결과를 바탕으로 여권 소지자의 데이터 베이스에 있는 얼굴 영상의 특징벡터와의 거리 값을 계산하여 사진 위조 여부를 판별한다. 제안된 여권 인식 및 얼굴 인증 방법의 성능 평가를 위하여 원본 여권의 얼굴 부분을 위조한 여권과 기울어진 여권 영상을 대상으로 실험한 결과, 제안된 방법이 여권의 코드 인식 및 얼굴 인증에 있어서 우수한 성능이 있음을 확인하였다.

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개선된 퍼지 ART 기반 RBF 네트워크와 PCA 알고리즘을 이용한 여권 인식 및 얼굴 인증

  • Jang, Do-Won;Kim, Kwang-Baek
    • Proceedings of the Korea Inteligent Information System Society Conference
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    • 2005.11a
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    • pp.547-556
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    • 2005
  • 본 논문에서는 출입국자 관리의 효율성과 제계적인 출입국 관리를 위하여 여권 코드를 자동으로 인식하고 위조 여권을 판별할 수 있는 여권 인식 및 얼굴 인증 방법을 제안한다. 여권 이미지가 기울어진 상태로 스캔되어 획득되어질 경우 개별 코드 인식과 얼굴 인증에 많은 영향을 미칠 수도 있으므로 기울기 보정은 문자 분할 및 인식, 얼굴 인증에 있어 매우 중요하다. 따라서 본 논문에서는 여권 영상을 스미어링한 후, 추출된 문자열 중에서 가장 긴 문자열을 선택하고 이 문자열의 좌측과 우측 부분의 두께 중심을 연결하는 직선과 수평선과의 기울기를 이용하여 여권 영상에 대한 각도 보정을 수행한다. 여권 모드 추출은 소벨 연산자와 수평 스미어링, 8 방향 윤곽선 추적 알고리즘을 적용하여 여권 코드의 문자열 영역을 추출하고, 추출된 여권 코드 문자열 영역에 대해 반복 이지화 방법을 적용하여 코드의 문자열 영역을 이진화한다. 이진화된 문자열 영역에 대해 CDM 마스크를 적용하여 문자열의 코드들을 복원하고 8 방향 윤곽선 추적 알고리즘을 적용하여 개별 코드를 추출한다. 추출된 개별 코드 인식은 개선된 RBF 네트워크를 제안하여 적용한다. 제안된 RBF 네트워크는 퍼지 논리 접속 연산자를 이용하여 경계변수를 통적으로 조정하는 개선된 퍼지 ART 알고리즘을 제안하여 RBF 네트워크의 중간층으로 적용한다. 얼굴 인증을 위해서는 얼굴 인증에 가장 보편적으로 사용되는 PCA 알고리즘을 적용한다. PCA 알고리즘은 고차원의 벡터를 저 차원의 벡터로 감량하여 전체 입력 영상들의 직교적인 공분산행렬을 계산한 후 그것의 고유 값에 따라 각 영상의 고유벡터를 구하므로 PCA 알고리즘을 적용하여 얼굴의 고유 벡터를 구한 후 특징 벡터를 추출한다. 따라서 여권 영상에서 획득되어진 얼굴 영상의 특징벡터와 데이터베이스에 있는 얼굴 영상의 특징벡터와의 거리 값을 계산하여 사진 위조 여부를 판별한다. 제안된 여권 인식 및 얼굴 인증 방법의 성능을 평가를 위하여 원본 여권에서 얼굴 부분을 위조한 여권과 기울어진 여권 영상을 대상으로 실험한 결과, 제안된 방법이 여권의 코드 인식 및 얼굴 인증에 있어서 우수한 성능이 있음을 확인하였다.

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Design and Performance Evaluation of an Indexing Method for Partial String Searches (문자열 부분검색을 위한 색인기법의 설계 및 성능평가)

  • Gang, Seung-Heon;Yu, Jae-Su
    • The Transactions of the Korea Information Processing Society
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    • v.6 no.6
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    • pp.1458-1467
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    • 1999
  • Existing index structures such as extendable hashing and B+-tree do not support partial string searches perfectly. The inverted file method and the signature file method that are used in the web retrieval engine also have problems that they do not provide partial string searches and suffer from serious retrieval performance degradation respectively. In this paper, we propose an efficient index method that supports partial string searches and achieves good retrieval performance. The proposed index method is based on the Inverted file structure. It constructs the index file with patterns that result from dividing terms by two syllables to support partial string searches. We analyze the characteristics of our proposed method through simulation experiments using wide range of parameter values. We analyze the derive analytic performance evaluation models of the existing inverted file method, signature file method and the proposed index method in terms of retrieval time and storage overhead. We show through performance comparison based on analytic models that the proposed method significantly improves retrieval performance over the existing method.

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