• Title/Summary/Keyword: 바이오데이터

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Building a Integrated Protein Data Management System Using the XPath Query Process (XPath 질의 처리를 적용한 단백질 데이터 통합 관리시스템 구축)

  • 차효성;정광수;정영진;류근호
    • Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
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    • 2004.10b
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    • pp.103-105
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    • 2004
  • 최근 바이오 인포매틱스 분야의 발전에 따라 방대한 양의 유전체 데이터에 대한 연구가 진행되고 있으며, 이러한 데이터를 효율적으로 다루기 위해 다양한 형태의 파일과 데이터베이스들이 사용되고 있다. 하지만 표준화의 미비로 인하여 데이터의 관리 및 변환에 어려움이 많다. 따라서 이 논문에서는 시퀀싱을 통해 생성된 유전체 및 단백질 서열 데이터의 통합 저장 관리를 위해 서열 정보의 편집, 저장 및 검색과 서열 파일 포맷 변환을 수행하는 서열 정보관리 시스템의 구현을 목적으로 한다. 이러한 요구사항을 만족시키기 위해 바이오 인포메틱스 데이터를 다루기 위한 표준으로 BSML(Bioinformatic Sequence Markup Language)을 채택하고 이질적 플랫파일들은 DTD를 기반으로 BSML 스키마로 통합 및 저장한다. 그리고 객체 관계 데이터베이스 특성을 적용하여 XML 문서를 보다 쉽게 저장 관리하고 범위 또는 구조적 질의에 효율적인 XPath 질의 처리를 위한 시스템을 개발하였다.

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Design and Implementation of a General Purpose Importing System for Integrated Data Processing on Clinical and Bio Information (임상 및 바이오 정보 통합 데이터 처리를 위한 범용적 임포팅 시스템의 설계 및 구현)

  • Lim, Jongtae;Ryu, Eunkyung;Kim, Kiyeon;Kim, Cheonjung;Yoon, Sooyong;Park, Sunyong;Noh, Yeonwoo;Yuk, Miseon;Jeong, Jiwon;Choi, Kitae;Yu, Seokjong;Yoo, Jaesoo
    • Proceedings of the Korea Contents Association Conference
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    • 2014.11a
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    • pp.301-302
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    • 2014
  • 질병의 발병기작과 같이 생명현상을 이해하기 위해서는 질병관점에서 생명현상을 분석하는 연구가 필요하며, 이를 지원하기 위한 질병과 관련된 임상 및 바이오 정보의 통합된 데이터베이스가 필요하다. 통합된 데이터베이스를 구축하기 위해서는 다양한 출처로부터 수집되는 다양한 임상 및 바이오 정보를 하나로 통합하여 저장 및 관리하는 기법이 필요하다. 따라서 본 논문에서는 임상 및 바이오 정보 통합 데이터베이스를 위한 범용적 임포팅 시스템을 설계하고 구현한다. 제안하는 시스템을 통해 사용자는 다양한 출처로부터 수집되는 임상 및 바이오 정보를 데이터 형태에 상관없이 하나의 통합 데이터베이스에 입력할 수 있다.

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The Server based Realtime Biometric Signature Scheme (서버 기반 실시간 바이오메트릭 서명 기법)

  • Yun, Sunghyun
    • Journal of Digital Convergence
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    • v.11 no.9
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    • pp.173-179
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    • 2013
  • In a biometric authentication scheme, a user's biometric data that is unique to the user is used to prove the user's identity to the third party. Since the user should have to participate in every authentication sessions, it's not possible to delegate other users to authenticate instead of himself/herself. In a biometric signature scheme, contrary to authentication scheme, a user's biometric data is used to prove that "this message is signed by the signer who claims to be" to the third party. However, once the biometric key is created, it can be accessed by the signer. Thus, it's possible to lend the biometric key to other users. In this study, the server based biometric realtime signature scheme is proposed. The proposed scheme can be applied to sign the vote in electronic voting or to authenticate the copyright owner in DRM enabled mobile commerce where the proxy signatures are not allowed.

Heterogeneous Clustering Ensemble Method using Evolutionary Approach with Different Cluster Results (다양한 클러스터 결과에 의해 진화적 접근법을 사용하는 이종 클러스터링 앙상블 기법)

  • Yoon Hye-Sung;Ahn Sun-Young;Lee Sang-Ho;Cho Sung-Bum;Kim Ju-Han
    • Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
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    • 2006.06a
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    • pp.16-18
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    • 2006
  • 데이터마이닝 기법의 클러스터링 알고리즘은 생물정보학에서 데이터 셋의 사전 정보를 고려하지 않고 중요한 유전적, 생물학적 상호작용을 찾기 위하여 적용되고 있다. 그러나 다양한 형식의 수많은 알고리즘들은 바이오데이터의 다양한 특성들과 실험의 가정 때문에 다른 클러스터링 결과들을 만들 수 있다. 본 논문에서는 바이오 데이터 셋의 특성에도 적합하면서 양질의 클러스터링 결과를 만들기 위한 새로운 방법을 제안한다. 이 방법은 여러 가지 클러스터링 알고리즘의 결과들을 유전자 알고리즘의 기본 개념인 진화적 환경에서 가장 적합한 형질을 선택하는 문제와 결합하였다. 그리고 실제 데이터 셋을 이용하여 우리의 제안하는 방법을 증명하고 실험 결과로 최적의 클러스터 결과를 보인다.

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Design of an Integrated Database of Clinical and Bio Information for Big Data Analysis (빅데이터 분석을 위한 임상 및 바이오 정보 통합 데이터베이스의 설계)

  • Lim, Jongtae;Ryu, Eunkyung;Kim, Kiyeon;Kim, Cheonjung;Yoon, Sooyong;Park, Sunyong;Noh, Yeonwoo;Yuk, Miseon;Jeong, Jiwon;Choi, Kitae;Yu, Seokjong;Yoo, Jaesoo
    • Proceedings of the Korea Contents Association Conference
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    • 2014.11a
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    • pp.299-300
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    • 2014
  • 생명과학분야에서는 생명현상을 이해하기 위해 신호 전달 네트워크에 대한 연구가 진행되고 있다. 하지만 신호전달 네트워크와 임상 정보를 결합하여 질병관점에서 신호 전달 네트워크를 통합하고 결합하는 관점의 연구가 부족하다. 따라서 본 논문에서는 빅데이터 기술을 활용하여 임상 및 신호전달 정보를 연계 분석할 수 있는 시스템을 구축하고자 빅데이터 분석을 위한 임상 및 바이오 정보 통합 데이터베이스를 설계한다. 설계한 임상 및 바이오 정보 통합 데이터베이스는 빅데이터 분석 기술을 적용한 확장 분석 기법 및 통합 분석 시스템 개발에 활용할 수 있다.

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The Biometric Authentication Scheme Capable of Multilevel Security Control (보안레벨 조절이 가능한 바이오메트릭 인증 기법)

  • Yun, Sunghyun
    • Journal of the Korea Convergence Society
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    • v.8 no.2
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    • pp.9-14
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    • 2017
  • A fingerprint is unique to each person and can be represented as a digital form. As the fingerprint is the part of human body, fingerprint recognition is much more easy to use and secure rather than using password or resident card for user authentication. In addition, as the newly released smart phones have built-in camera and fingerprint sensors, the demand for biometric authentication is increasing rapidly. But, the drawback is that the fingerprint can be counterfeited easily and if it's exposed to the hacker, it cannot be reused. Thus, the original fingerprint template should be transformed for registration and authentication purposes. Existing transformation functions use passcode to transform the original template to the cancelable form. Additional module is needed to input the passcode, so it requires more cost and lowers the usability. In this paper, we propose biometric authentication scheme that is economic and easy to use. The proposed scheme is consisted of cancelable biometric template creation, registration and user authentication protocols, and can control several security levels by configuring the number of fingerprints and scan times. We also analyzed that our scheme is secure against the brute-force attack and the active attacks.

The One Time Biometric Key Generation and Authentication Model for Portection of Paid Video Contents (상용 비디오 콘텐츠 보호를 위한 일회용 바이오메트릭 키 생성 및 인증 모델)

  • Yun, Sunghyun
    • Journal of the Korea Convergence Society
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    • v.5 no.4
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    • pp.101-106
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    • 2014
  • Most peoples are used to prefer to view the video contents rather than the other contents since the video contents are more easy to understand with both their eyes and ears. As the wide spread use of smartphones, the demands for the contents services are increasing rapidly. To promote the contents business, it's important to provide security of subscriber authentication and corresponding communication channels through which the contents are delivered. Generally, symmetric key encryption scheme is used to protect the contents in the channel, and the session key should be upadated periodically for the security reasons. In addition, to protect viewing paid contents by illegal users, the proxy authentication should not be allowed. In this paper, we propose biometric based user authentication and one time key generation models. The proposed model is consist of biometric template registration, session key generation and chanel encryption steps. We analyze the difference and benefits of our model with existing CAS models which are made for CATV contents protection, and also provides applications of our model in electronic commerce area.

Data analysis for quantitative proteomics research (프로테오믹스 연구를 위한 정량분석 데이터의 해석)

  • Kwon Kyung-Hoon
    • KOGO NEWS
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    • v.6 no.1
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    • pp.24-28
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    • 2006
  • 프로테오믹스는 생물체 안에 포함되어 있는 단백질을 통합적으로 연구한다. 단백질을 동정(Protein identification)하고, 단백질의 상태를 분석(Protein characterization)하며, 단백질의 양적 변화를 관찰(Protein quantitation)한다. 단백질에 대한 분석, 특히 질량분석기에 의해 초고속으로 대량의 단백질 데이터를 생산하는 프테테오믹스의 연구는 정량적인 단백질 발현양상분석의 정확도를 높이고 분석시간을 단축하기 위해 다양한 실험기법과 데이터 분석기법을 동원하고 있다. 1) 단백질의 양적 차이나 양적 변화의 관찰은 바이오마커를 발굴하고 생명현상의 메카니즘을 규명하여 그 결과를 신약개발에 활용하기 위한 기초 연구이다. 이 글에서는 프로테오믹스 연구의 초창기부터 사용되어온 2차원 전기영동법에 의해 생성되는 2D-gel image에서의 스팟(spot)분석법과 함께, 탄뎀 질량분석기를 사용하는 ICAT, SILAC 등의 동위 원소를 사용한 라벨링(labeling) 방법, 라벨링을 하지 않는 label-free 방법 등 프로테오믹스에서의 정량분석법에 대한 기본 개념을 살펴보고, 이들에서의 데이터 분석 기술의 적용에 대해 간략히 소개하였다.

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Combination and evaluation to multiplex-biomarkers for check of ovarian cancer (난소암 조기진단을 위한 다중 바이오마커 선택 알고리즘 성능 비교)

  • Choi, Kwang-Won;Kim, Seung-Il;Cho, Sang-Yeun;Song, Hae-Jung;Kim, Jong-Dae;Kim, Yu-Seop;Park, Chan-Young;Kim, Young-Mog;Park, Hyung-Ki;Lee, Eun-Young;Lee, Myung-Sun
    • Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
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    • 2011.06c
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    • pp.176-179
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    • 2011
  • 본 연구에서는 T-Test와 Genetic Algorithm을 사용해 Luminex 사용 환경에서 난소암을 진단할 수 있는 바이오마커의 조합을 찾고 Cancer와 Normal간의 분류 성능을 평가해 보았다. 바이오마커는 혈액, 체액 내의 특정 질환 여부나 상태를 나타내는 단백질, DNA들의 지표 물질이다. 정상인과는 다른 분포를 가진 성분이 환자의 혈액이나 체액에서 발견되면 이를 토대로 질병유무와 상태를 판단할 수 있다. 난소암을 진단할 수 있는 바이오마커 조합을 찾기 위해 T-Test와 Genetic Algorithm를 사용하여 분류성능이 좋은 바이오마커 조합을 각각 선별해 보았고, 선별된 각각의 마커조합을 선형분류기(LDA)를 사용해 평균 민감도, 특이도, 정확도를 비교해 보았다. 실험데이터는 두 곳의 병원에서 제공받은 총 58명(Cancer 27명, Normal 31명)의 혈청에서 21 종류의 바이오마커 데이터를 Luminex-PRA를 통해 얻었다. 본 연구에서는 T-Test로 만들어진 마커조합이 Genetic algorithm으로 만들어진 마커조합 보다 더 좋은 민감도, 특이도, 분류정확도를 보여주었다.