• 응용통계연구
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• 제17권3호
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• pp.419-430
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• 2004

마이크로어레이 기술은 한번에 수만 개의 유전자를 동시에 분석할 수 있는 고효율, 고가의 새로운 연구 도구로 자리잡았으며 마이크로어레이 실험 자료의 올바른 분석을 위해서는 실험 목적에 맞는 실험계획법의 확립과 통계분석법의 적용이 중요하다 본 논문에서는 마이크로어레이 자료에서 여러 군 사이에서 발현의 차이를 보이는 유전자를 찾을 수 있는 되돌림 설계를 소개하고 ANOVA 모형을 이용하여 분석하는 방법을 제시한다. 연세대학교 암전이 연구센터의 되돌림 설계를 이용한 백혈병 자료를 MA-ANOVA(Wu et. al.(2003))를 이용하여 분석하였다

• 한국통계학회:학술대회논문집
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• 한국통계학회 2005년도 춘계 학술발표회 논문집
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• pp.167-171
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• 2005

마이크로어레이자료의 분석에 있어서 주성분 자기조직도(principal component SOM)의 유용성을 알아보고, 흔히 사용되는 다른 군집분석방법과 비교하였다. 또한 MST(minimal spanning tree)를 이용하여 주성분자기조직도 결과의 적합성을 알아보았다.

• 응용통계연구
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• 제21권1호
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• pp.65-80
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• 2008

소규모 경시적 마이크로어레이 실험이란 시점의 개수가 적은 경시적 마이크로어레이 실험으로서 현재까지 보고된 경시적 마이크로어레이 실험의 약 80%를 차지한다. 최근 들어 소규모 경시적 마이크로어레이 실험을 대상으로 하는 통계적 분석 방법이 몇 가지 제안되었다. 최근에 제안된 세 가지 방법들을 실제 소규모 경시적 마이크로어레이 실험자료에 적용하여 분석하고 모의실험 자료를 생성하여 각 방법들의 검정력과 위양성율을 비교해 보았다. 그 결과 낮은 위양성율을 보이는 STEM방법이 다른 방법에 비해서 우위에 있음이 드러났다.

• 한국통계학회:학술대회논문집
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• 한국통계학회 2002년도 춘계 학술발표회 논문집
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• pp.99-104
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• 2002

cDNA 마이크로어레이자료를 이용한 분류방법은 수많은 유전자의 발현을 동시에 모니터링 할 수 있으므로 특정 질병간의 분자생물학적 변이를 이해하는데 있어 기존의 분류방법보다 신뢰성이 훨씬 높을 것으로 기대되고 있다 최근에 Dudoit et al.(2001)은 cDNA 마이크로어레이를 이용한 유전자발현자료의 분석에 있어 분류를 위한 여러 고전적인 판별분류기법 및 최근에 개발된 기법들을 비교, 평가하였다. 본 논문에서는 Dudoit et al.(2001)에서 다루지 않았던 많은 최신 기법들을 포함하여 인간의 종양 자료뿐만이 아니라 농작물을 포함한 동식물 자료에 적용하여 보다 폭넓은 비교연구를 하였다.

• 응용통계연구
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• 제19권1호
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• pp.13-32
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• 2006

생물학자들은 시간에 따라 발현 수준이 변화하는 유전자의 군집화를 시도하고 있다. 지금까지는 마이크로어레이 자료의 군집분석에 관한 연구의 경우 군집 방법 자체를 비교하는 연구가 주를 이루었다. 그러나 군집화 이전에 의미있는 변화를 보이는 유전자 선택에 따라 군집화 결과가 달라지기 때문에, 군집 분석에 있어서 유전자 선택 단계도 중요하게 고려되어야 한다. 따라서, 본 논문에서는 시간 경로 마이크로어레이 자료를 군집 분석하는데 있어서 유전자 선택, 군집 방법 선택, 군집평가 방법 선택 등 3가지 요인을 고려한 폭 넓은 비교 연구를 하였다.

• 응용통계연구
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• 제24권4호
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• pp.623-631
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• 2011

시간경로 마이크로어레이 자료 분석의 주요 목적 중의 하나는 유전자들의 시간에 따른 발현수준의 변화를 고려함으로써 발현패턴에 기초한 유전자들의 그룹을 찾기 위한 것으로, 군집분석을 위한 다양한 알고리즘들이 제안되었다. 본 연구에서 시간경로 마이크로어레이 자료에 대한 군집분석을 위해 두 약물제제 간 생물학적 동등성을 평가하기 위한 약동학 시험에서 사용되는 약동학적 파라미터 값에 기초한 군집분석을 제안하였으며 이를 실제 데이터 및 모의실험 자료에 적용하여 유용성을 검토하였다.

• Journal of the Korean Data and Information Science Society
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• 제23권1호
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• pp.39-51
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• 2012

군집분석은 마이크로어레이 발현자료에서 유전자 혹은 표본들의 유사한 특성을 갖는 연관구조를 조사하는데 중요한 도구이다. 본 논문에서는 마이크로어레이 자료에서 계층적 군집방법, K-평균법, PAM (partitioning around medoids), SOM (self-organizing maps) 그리고 모형기반 군집방법 들의 성능을 3가지 군집 타당성 측도인 내적 측도, 안정적 측도 그리고 생물학적 측도를 가지고 비교분석하고자 한다. 모의실험을 통해 생성된 자료와 실제 SRBCT (small round blue cell tumor) 자료를 가지고 여러 가지 군집방법들의 성능을 비교하였으며 그 결과 모의실험 자료에서는 거의 모든 방법들이 3가지 군집측도에서 원래 자료와 일치하는 좋은 군집 결과를 나타내었고 SRBCT 자료에서는 모의실험 자료처럼 명확한 군집화 결과를 보여주지는 않으나 내적측도의 실루엣 너비 (Silhouette width) 관점에서는 PAM 방법, SOM, 모형기반 군집방법 그리고 생물학적 측도에서는 PAM 방법과 모형기반 군집방법이 모의실험 결과와 비슷한 결과를 얻었고 안정적 측도에서 모형기반 군집방법이 다른 방법들보다 좋은 군집결과를 보여주었다.

• 응용통계연구
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• 제19권3호
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• pp.587-598
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• 2006

본 논문에서는 마이크로어레이 (microarray) 자료에 판별분석을 적용 시 나타나는 고차원 및 소표본 문제의 해결방법으로서 직교요인을 새로운 특징변수로 사용한 비모수적 국소선형 로지스틱 판별분석을 제안한다. 제안된 방법은 국소우도에 기반한 것으로서 다범주 판별분석에 적용될 수 있으며, 고려된 직교인자는 주성분 요인, 부분최소제곱 요인, 인자분석 요인 등이다. 대표적인 두 가지 실제 마이크로어레이 자료에 적용한 결과 직교요인들 중에서 부분최소제곱 요인을 특징변수로 사용한 경우 고전적인 통계적 판별분석보다 향상된 분류 능력을 나타내고 있음을 확인하였다.

• 응용통계연구
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• 제18권1호
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• pp.115-127
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• 2005

DNA마이크로어레이 기술은 수천 개 또는 수만 개의 유전자의 발현을 동시에 탐색할 수 있는 새로운 과학 기술이다. 표준화(normalization)는 마이크로어레이 실험에서 다양한 원인에 의해 발생하는 잡음(noise)을 줄이거나 제거하는 과정을 나타낸다. print-tip의 변동은 잡음의 주요 요인으로 인지되어 왔다. 본 논문에서는 잡음의 주요 발생요인이 되는 print-tip의 변동을 조절하기 위한 print-tip 표준화 작업에 대한 객관적인 비교 및 그 타당성 평가를 하였다. 먼저 그동안 제안된 여러 표준화 방법들 중에서 가장 널리 사용되고 있는 방법들을 정리해서 소개한 후에, 잡음이 많이 포함된 실제 cDNA 실험자료를 이용하여 각 표준화 방법의 특성을 비교해 보았다. 또한 실험자료와 유사한 모의분포를 생성한 후에 print-tip 표준화 작업에 대한 체계적인 비교를 해 보았다.

• 한국통계학회:학술대회논문집
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• 한국통계학회 2003년도 춘계 학술발표회 논문집
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• pp.295-297
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• 2003

본 논의에서는 cDNA 마이크로어레이 분석에서 다변량 분석의 한 방법인 Hotelling의 T제곱 통계량을 이용하여 유의적 유전자군을 검색하고, 이 유전자군을 사용하여 검사자료를 두군으로 분류하는데 단변량 t통계량에 기초한 접근보다 얼마나 효율적인지를 평가하고자 한다.