• 한국정보과학회논문지:데이타베이스
• /
• 제30권6호
• /
• pp.573-584
• /
• 2003

최근 유전체학과 단백질체학 분야에서 생성되는 방대한 분량의 데이타로부터 생물학적 의미를 추출해내기 위한 생물정보학적인 도구들에 대한 필요성이 크게 대두되고 있다. 본 논문에서는 세포 신호전달 경로에 관한 정보를 효율적으로 표현, 저장함은 물론 저장된 데이타로부터 생물학적 의미를 추출할 수 있도록 하기 위한 다양한 요구 조건들을 생물학자의 관점에서 분석하고, 이들 요구조건을 체계적으로 반영하여 설계한 ROSPath 데이타베이스 시스템을 제안한다. ROSPath 데이타 모델에서는 향후의 확장성을 고려하여 불완전한 지식의 표현이 가능하도록 하며 인터넷상에서 기존의 다른 생화학 데이타베이스를 공유할 수 있는 연결성을 제공한다. 또한, 객체지향 모델을 이용하여 계층적인 구성을 제공함으로써 효율적인 검색을 지원한다. ROSPath 데이타 모델은 두 가지 주요 데이타 요소인 ‘바이오 개체’와 ‘상호작용’으로 정의된다. 바이오 개체는 세포 신호전달 경로에 관여하는 단백질과 단백질 상태 등과 같은 개개의 생화학적인 개체를 의미하고, 상호작용은 단백질 상태 전이나 화학 반응, 단백질-단백질 상호작용 등과 같은 바이오 개체들 간의 다양한 관계 및 신호전달과정을 설명한다. 제안된 ROSPath 데이타 모델을 이용하여 구성되는 복잡한 정보 네트워크는 다양한 생화학 프로세스들을 기술하고 분석하는 데에 활용할 수 있다.

• 한국식품영양과학회지
• /
• 제12권4호
• /
• pp.368-373
• /
• 1983

제사공장(製絲工場)에서 부산물(副産物)로 나오는 번데기 단백질(蛋白質) 영양가(營養價)를 측정(測定)하기 위하여 이의 아미노산조성을 분석하였고 casein군(群)($D_1$), 대두단백질군(大豆蛋白質群)($D_2$), 대두단백질(大豆蛋白質)+20%번데기단백질군(蛋白質群)($D_3$), 대두단백질(大豆蛋白質)+40%번데기단백질군(蛋白質群)($D_4$), 번데기단백질군(蛋白質群)($D_5$)등(等) 5군(群)의 식이(食餌)로 나누어 동물실험(動物實驗)을 통(通)해 성장률(成長率), protein efficiency ratio, 장기중량(臟器重量), 그리고 hematology 및 total serum protein과 albumin의 함량을 측정(測定)하여 비교(比較)하였다. 번데기단백질(蛋白質)의 아미노산조성은 FAO의 provisional scoring pattern과 비교(比較)하였을 때 필수아미노산 조성이 우수하였으며 특히 lysine과 methionine의 함량이 높은 것은 곡류(穀類)와 두류(豆類) 단백질(蛋白質)에 부족(不足)한 필수아미노산을 보충(補充)하는데 좋은 단백질원(蛋白質源)으로 이용(利用)될 수 있다. 번데기단백질군(蛋白質群)의 체중증가량(體重增加量)과 단백효율(蛋白效率)은 대두단백질(大豆蛋白質)보다 우수하였으며 대두단백질(大豆蛋白質)에 첨가하는 양(量)의 증가(增加)에 따라 성장율과 단백효율(蛋白效率)이 증가(增加)하는 경향을 나타내었다. liver와 spleen의 총 중량은 대두단백질군(大豆蛋白質群)에 비(比)해 번데기단백질(蛋白質) 첨가군(群)에 있어서 더욱 높았으며 RBC, WBC, Hct과 Hb함량(含量)은 5식이군(食餌群) 모두 정상치(定常値)에 속(屬)하였다. Total serum protein과 albumin의 함량(含量)은 번데기단백질(蛋白質)의 첨가로 인해 현저히 증가(增加)하는 결과를 보여주고 있다. 이상의 결과로서 번데기단백질(蛋白質)은 대두단백질(大豆蛋白質)의 질(質)을 향상(向上)시킬 수 있는 단백질원(蛋白質源)으로 사료(思料)된다.

• 한국수산과학회지
• /
• 제7권4호
• /
• pp.209-214
• /
• 1974

Casein을 단백원으로 하고 조단백질과 지질의 함량을 조사한 사료로서 치무지개송어를 19일간 사육하여 다음과 같은 결과를 얻었다. 1) 무지개송어의 체중은 사료중의 단백질 함량이 많을수록 증가하며 단백질의 함량 $40\%$ 부근에서 최대치에 달하고 그 이상 단백질이 증가하여도 체중은 증가하지 않았다. 체단백질의 증가도 사료중의 단백질 함량이 $40\%$ 부근에서 최대치에 가까워지며 그 이상 단백질이 증가하여 도 변화는 적었다. 2) 단백질의 이용치는 사료중의 단백질 함양이 많을 수록 증가하였으나 체단백질의 축적률은 단백질의 함량 $40\%$ 부근에서 최대치에 달했다. 3) 이상의 결과에서 Casein을 단백원으로 하는 경우 치무지개송어의 단백질 요구량은 사료중 $40\%$라고 생각했다. 4) 사료의 단백효율(y)은 단백질의 함양(x)이 많을 수록 감소하고 그 관계는 y=4.91-0.034x의 방정식으로 표시 할 수 있었다. 5) 사료의 단백질 함량과 사료효율 및 사료계수와의 관계를 검토하였다. 끝으로 시종 실험을 지도하여 주신 동경수산대학에 야진길 교수에게 사의를 표한다.

• 한국정보과학회:학술대회논문집
• /
• 한국정보과학회 2002년도 가을 학술발표논문집 Vol.29 No.2 (1)
• /
• pp.283-285
• /
• 2002

생물학의 주된 목적이 세포 안에서의 유전자의 기능을 알아내는 것이므로 유전자의 실제 기능을 담당하는 단백질에 대한 연구는 필연적인 것이다. 근래에 이르러 2DE등의 실험방법 개선 둥으로 대량의 단백질에 대한 연구가 실현화됨에 따라, 프로트오믹스(proteomics)의 연구가 활성화되었으며, 본 실험팀 역시 식물 애기장대의 돌연변이들을 이용한 프로티오믹스 연구를 진행중이다. 프로티오믹스 연구는 실험 특성상 대량의 단백질 정보들을 얻게 되므로 데이터의 수작업 분석이 불가능하다. 그리하여 우리는 식물 애기장대(arabidopsis)의 특성과 2DE 실험에서 파생되는 여러 데이터들을 반영하여 정보를 효율적으로 관리할 수 있는 데이터 베이스를 설계 구축하였으며, 나아가 각 표현형을 대표할 수 있는 표지 단백질을 선별해내는 분석모듈을 구현하였다.

• 한국가금학회지
• /
• 제14권1호
• /
• pp.1-8
• /
• 1987

사료의 에너지와 단백질 수준이 산란계의 능력에 미치는 영향을 조사하기 위하여 3회의 시험을 실시하였다. 시험1에서는 352일령의 마니나 브라운종을, 시험 2에서는 280일령의 갈색 와렌종을, 시험 3에서는 317일령의 갈색 와렌종을 각각 이용하였다. 각 시험에서 공히 총 360수의 공시계를 18수씩 20개구로 나누어 4개처리에 5반복으로 배치하였다. 시험 설계는 2가지 수준의 에너지(2500과 2800 kcal ME/kg)와 2가지 수준의 단백질 (13% 및 16 %)을 조합한 2$\times$2 요인시험을 실시하였다. 모든 공시계는 산란계용 Cage에 cage 당 2수씩 수용하였으며 시험 1과 2에서는 4주간의 시험기간동안 시험사료와 물을 자유로이 급여하였고 시험3에서는 2주간의 시험기간동안 사료섭취량을 1일 수당 130g으로 제한하여 급여하였다. 시험 1과 2에서 고에너지 사료를 섭취한 닭이 산란율이 다소 높았으나 유의성은 없었다. 그러나 시험 1에서는 단백질 수준이 산란율에 영향을 미치지 못하였다. 사료를 제한 급여한 시험3에서는 고에너지 사료에서 산란율이 개선되었으며(P〈0.05) 단백질 수준도 산란율에 영향을 미쳤으나 유의성은 없었다. 시험 1과 2에서 란중은 에너지 수준이나 단백질 수준에 의하여 영향을 받지 않았으나 시험 3에서는 고에너지 수준에서 란중도 약간 개선되는 경향을 보였다. 3회의 시험 모두에서 사료의 단백질이나 에너지 수준이 증가할 때 egg mass가 증가하는 경향을 보였다. 사료의 에너지나 단백질 수준이 증가할 때 사료섭취량은 감소하고 사료효율이 개선되는 경향을 보였다. 또한 사료의 에너지 수준이 증가할 때 단백질 효율(egg mass/단백질섭취량)이 개선되었으며 사료의 단백질 수준이 증가할 때 에너지 효율(egg mass /ME 섭취량) 이 개선되었다.

• 생명과학회지
• /
• 제18권3호
• /
• pp.318-322
• /
• 2008

단백질 상호작용 관련 데이터들이 기하급수적으로 증가하고 있는데 그러한 데이터들을 수동으로 갱신하고 관리하는 작업은 엄청나게 많은 시간과 노력을 요구한다. 뿐만 아니라 개발자가 아닌 비전문가인 생물학자들이 시스템 구성 데이터베이스들을 갱신하고 관리하며 분석 시스템을 운영한다는 것은 현실적으로 거의 불가능하다. 이러한 측면에서 단백질 상호작용 정보를 이용한 효율적인 단백질 기능분석 시스템인 WASPIFA에 대해 자동적으로 데이터를 갱신하고 관리할 수 있는 시스템을 설계하고 개발하였다. WASPIFA 시스템은 단백질의 상호작용 관련 데이터들을 통합하여 사용자가 편리하게 데이터를 검색할 수 있으며 단백질 상호작용에 관련된 정보 즉, 기능 및 주석 정보, 도메인 정보, 도메인 간의 상호 작용 정보 등을 제공해 주는 유용한 단백질 기능분석 시스템이다.

• Journal of Nutrition and Health
• /
• 제18권2호
• /
• pp.126-138
• /
• 1985

한국산 두류중 대두, 팥, 녹두 및 강남콩의 영양학적 가치를 흰쥐를 이용한 두차례의 동물실험을 통하여 알아보았다. 첫번째 실험에서는 젖뗀 albino rat을 사용하여 단백질원을 모두 생두류 단백질로 하여 식이의 15 %가 되도록 하였으며 각 두류별 영양 저해 정도를 파악하고 이러한 저해가 두류의 methionine결핍인지 또는 methionine을 포함한 다른 아미노산들과의 복합적인 결핍인지를 알아보고자 각 두류별로 대조군, methionine첨가군, 단백질 첨가군으로 나누어 각각 methionine 0.18%와 북어 단백질 5%를 첨가해 준 후 4주간 사육하였다. 두번째 실험에서는 생두류 대신 익힌 두류를 사용하였으며 나머지는 첫번째 실험과 같은 조건으로 하여 영양저해 요인의 소실정도를 파악하고자 하였다. 각각의 실험에서 성장에 미치는 영향을 알아보기 위하여 식이섭취량, 체중, 식이와 단백질의 소화흡수율 및 식이의 효율 (FER), 단백질의 효율(PER)둥을 구하였고 췌장 무게를 측정하여 비대여부를 관찰하였다. 그 결과를 요약하면 다음과 같다. 1) 생두류 섭취군에서 성장저해가 나타났고 이 중 강남콩이 가장 심하여 100%의 치사율을 보였으며 팥도 대두와 녹두에 비해 심한 저해를 보였다. 이러한 성장저해는 methionine이나 북어 단백질 첨가에 의해 극복되지 않아 그 저해요인이 아미노산 결핍이라기 보다는 생두류중에 함유되어 있는 독성물질들로 말미암아 식이의 소화흡수율 및 단백질의 소화흡수율이 저하되었기 때문인 것으로 생각된다. 이 중 특히 생강남콩의 심한 성장저해 및 치사의 주원인은 hemagglutinin 으로 인한 흡수방해라고 생각된다. 2) 또한 생팥 섭취군에서 체중감소 및 치사등 성장저해효과가 생대두에서 보다 더 심하게 나타났는데 생팥의 성장저해의 일차 원인은 생강남콩과는 달리 tryp-sin저해제에 의한 단백질 소화방해라고 볼 수 있다. 또 생팥은 북어 단백질 첨가에 의해 이러한 소화흡수 저해현상이 뚜렷이 극복된 것으로 보아 methionine외의 여러 아미노산의 부족도 한 원인으로 생각할 수 있다. 3) 생두류 섭취군에서 췌장의 비대현상을 볼 수 있었으며 이와 같은 현상은 methionine 첨가에 의해서는 방지되었으나 북어 단백질 첨가로는 유의적인 차이가 없었다. 4) 익힌두류를 섭취한 군들은 생두류 섭취군에 비해 체중이 증가하였고 치사율도 훨씬 감소하였으며 췌장도 비대해 지지 않아 두류독성물질인 trypsin저해제와 hemagglutinin은 파괴된 것으로 간주할 수 있겠으나 팥을 제외하고는 식이나 단백질의 소화율 및 효율은 크게 향상되지 않았다. 또 익힌두류에 methionine 이나 북어 단백질을 첨가하였을 때 식이의 효율 및 체중의 증가가 뚜렷하였으나 강남콩군 외에는 단백질의 소화 흡수율 및 효율은 크게 향상되지 않아 단백질의 소화 흡수율을 떨어뜨리는 요인에 관한 연구가 집중적 으로 이루어져야 하리라고 생각된다.

• 대한바이러스학회지
• /
• 제26권2호
• /
• pp.141-150
• /
• 1996

본 연구에서는 $CD4^+$ T 세포를 일회성으로 감염시킬 수 있고 $CD4^+$ T 세포에 HIV-1 envelope 유전자를 전달할 수 있는 바이러스 입자를 생산하는 HIV-1 complementation system을 개발하였고 이 system을 이용하여 $CD4^+$ T 세포에 선택적으로 HIV-1 envelope 당단백질을 발현시켰다. 이 system은 Gag/Gag-Pol expressor와 Env expressor로 구성되어있다. Gag/Gag-Pol expressor는 바이러스 입자 생산에 필요한 구조단백질과 기능단백질을 발현시키지만 packaging signal이 결핍되어 바이러스 입자로 유전자가 들어가지 못하도록 제조되었다. Env expressor는 Tat, Rev와 envelope 당단백질을 발현시키고 packaging signal을 갖고 있어 바이러스 입자로 envelope 유전자가 들어가도록 제조되었다. Gag/Gag-Pol expressor로부터 Gag와 Gag-Pol의 발현은 Rev 단백질을 요구하였고 Env expressor로부터 Rev 단백질 이 제공될 때 Gag와 Gag-Pol 단백질은 효율적으로 발현되었다. Gag/Gag-Pol과 Env expressor로 cotransfection된 COS-1 세포에서 $CD4^+$ T 세포를 일회성으로 감염시킬 수 있는 바이러스 입자가 생산되었다. 생산된 바이러스 입자는 $CD4^+$ T 세포에 HIV-1 envelope 유전자를 전달하여 envelope 당단백질을 발현시켰고 복제 가능한 자손 바이러스의 생성을 유도하지 못하였다. 본 연구에서 개발된 방법은 $CD4^+$ T 세포에서 envelope 당단백질의 기능을 분석하고 관심 있는 유전자를 $CD4^+$ T 세포에 전달하는 바이러스 입자의 생산에 이용할 수 있다.

• KSBB Journal
• /
• 제14권6호
• /
• pp.677-681
• /
• 1999

계란의 난황으로부터 유래한 IgY의 분리와 정제과정이 흐름을 정리한 결과, 난황에서의 수용성 단백질의 분리단계가 단백질의 수율을 증가시키는데 가장 큰 영향을 미치는 것으로 판단되었다. 본 연구에서는 자연 침전방법을 통하여 실험하였는데 수율의 증가를 위해서는 원심분리와 같이 수용성 단백질의 양을 많이 얻을 수 있는 방법이 필요하고, 인지질이나 lipoprotein등의 성분의 제거효율을 높이기 위해서는 x-carrageenan등과 같은 natural gum성분의 첨가와 같은 방법이 필요하다. 그러므로 자연침전을 이용하여 수율의 증가측면과 비용의 절감의 효과를 얻을 수 있었다. 보다 효율적인 IgY의 분리를 위해서는 초기 단계에서 수율의 극대화와 불순성분 제거의 최대화가 동시에 요구되고 있다. 전처리 후의 시료를 이용하여 이온교환 크로마토그래피와 gel filtration chromatography를 통해 순도 90% 이상의 IgY를 얻을 수 있었다.

• 대한임상검사과학회지
• /
• 제51권1호
• /
• pp.78-85
• /
• 2019

막 단백질은 심장질환, 암과 같은 우리 주변에서 흔히 발생하는 질병에 관련되어 있다. 이러한 암과 같은 특정한 질환 상태에서, 막 단백질과 관련된 신호 전달의 비정상은 세포분열을 통제하지 못하고 증가시킬 수 있으며 막 단백질의 발현에 변화가 생긴다. 막 단백질은 지질 이중층으로 이루어진 소수성 환경을 가지고 있어 불안정하기 때문에 막 단백질을 추출해서 연구를 수행하는데 어려움이 있다. 이번 연구에서는 최적화된 막 단백질 추출법을 확인하고자 서로 다른 두 가지 추출법의 효율성을 평가하였다. 두 가지 방법으로, high-speed centrifuge법과 reagent법이 비교되었다. 비교 분석결과, 미토콘드리아 내막 단백질 분석에는 high-speed centrifuge법이 효율적이고, 소포체 막 단백질 분석에는 reagent법이 유용함을 확인하였다. 게다가 유전자 온톨로지 소프트웨어를 이용해서 추출된 막 단백질의 기능분석을 진행하였을 때, 유전자 온톨로지는 reagent법에서 소포체 막 단백질에 연관된 반응이 활성화 되는 것을 확인할 수 있었다. 프로세스 네트워크 분석에서, high-speed centrifuge법에서는 하나의 클러스터를 형성화는 반면, reagent법에서는 네 개의 클러스터를 형성하는 것을 시각화하여 확인하였다. 결론적으로, 두 가지 분석법은 서로 다른 하위 막 단백질의 분석에 유용함을 확인할 수 있었다. 이러한 결과를 토대로, 막 단백질을 분석할 때, 표적의 세부 막 단백질을 고려하여 방법론을 선택하는데 도움을 줄 것으로 기대된다.