• KIPS Transactions on Software and Data Engineering
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• v.2 no.2
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• pp.107-112
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• 2013

With the progress of NGS technologies, large genome data have been exploded recently. To analyze such data effectively, the assistance of HPC technique is necessary. In this paper, we organized a genome analysis pipeline to call SNP from NGS data. To organize the pipeline efficiently under HPC environment, we analyzed the CPU utilization pattern of each pipeline steps. We found that sequence alignment is computing centric and suitable for parallelization. We also analyzed the performance of parallel open source alignment tools and found that alignment method utilizing many-core processor can improve the performance of genome analysis pipeline.

• Journal of IKEEE
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• v.22 no.4
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• pp.1093-1098
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• 2018

In this paper, we proposed a methodology for portable disease diagnosis platform using high performance computing. The proposed methodology consists of gathering clinical data, diagnosis and feature selection algorithm, implementation of diagnosis platform. For the algorithm verification, a clinical data which is obtained from 401 people(314 normal subjects and 87 liver cancer patients) using a microarray consists of 1,146 aptamers were used. As the result, we could diagnosis liver cancer with 97.5% accuracy using the 32 selected aptamers. Based on these results, we designed and implemented a portable disease diagnosis platform which has 32 bio-signals as inputs.

• Journal of KIISE:Computing Practices and Letters
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• v.5 no.1
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• pp.29-42
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• 1999

은행이나 증권시장 혹은 통신 분야와 같은 온라인 트랜잭션처리 (OLTP) 응용 분야들이 계속 증가하고 있으며 그 규모와 복잡성은 매년 405에서 50% 이상 증가하고 있는 것으로 평가되고 있다. 이러한 복잡한 OLTP 응용분야들은 한 대의 개인용 컴퓨터나 워크스테이션으로는 처리가 불가능하며, 슈퍼 컴퓨터나 MPP와 같은 고성능의 컴퓨터를 이용하는 경우에는 방대한 예산이 소요될 것이다. 본 논문에서는 데이터를 공유하는 워크스테이션 클러스터에서 트랜잭션을 병렬로 처리할 수 있는 고성능 트랜잭션처리 시스템인 PHLOX를개발한다. PHLOX는 네트워크 파일 시스템을 이용하여 데이터를 공유함으로써 확장성이 뛰어나며 각 워크스테이션의 메모리 버퍼간에 직접 데이터 전송을 지원함으로써 디스크 액세스빈도수를 줄일 수 있다는 장점을 갖는다.

• Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
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• 2005.11a
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• pp.562-564
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• 2005

최근 지역적으로 분산되어 있는 이질적인 고성능 컴퓨팅 자원을 하나로 묶어 거대한 시스템을 구성하는 그리드 컴퓨팅(Grid Computing)에 대한 연구가 활발하게 이루어짐에 따라, 본 논문에서는 그리드 시스템에서 클라이언트 작업들을 특성에 따라 분류하여 우선순위가 높은 작업은 예약이 가능한 큐로 분배하고 우선순위가 낮은 작업은 백필이 가능한 큐로 할당하는 다중 큐 스케줄링 기법을 제안하였고 다양한 실험을 통하여 제안된 기법들의 성능을 평가하였다. 그 결과 그리드 컴퓨팅 시스템의 이용률(Utilization)이 높아지고, 작업 지연시간(Slowdown)이 줄어드는 것을 확인하였다.

• Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
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• 2005.11b
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• pp.244-246
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• 2005

최근 바이오 데이터 분석에는 데이터 양의 급격한 증가와 이에 따른 문제의 복잡성도 함께 증가하고 있다. 이 결과 다양한 분석 툴들의 유연한 조합과 고성능, 고처리 컴퓨팅이 가능한 분석 시스템이 절실히 요구되고 있다. 본 논문에서는 병렬 컴퓨팅 환경을 이용하고 워크플로우 기반에서 다양한 생물정보 분석 툴들을 자유롭게 조합하여 작업을 수행할 수 있는 바이오워크벤치를 소개한다. 바이오워크벤치 내에는 컴퓨팅 자원 및 작업정보에 대한 모니터링 툴, 각 툴 들과 데이터를 손쉽게 가공할 수 있도록 고안된 인터페이싱 툴 워크플로우 디자인 툴을 포함 하고 있다. 이 기능모듈을 활용함으로써 다양한 생물정보 분석 툴을 이용하는 과정에서 효율적인 분석을 수행을 지원하는 바이오 워크벤치의 기능 및 아키텍쳐을 제시한다.

• Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
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• 2007.10b
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• pp.482-487
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• 2007

자발적 컴퓨팅은 인터넷의 연결된 가정 혹은 사무실의 PC를 집적하여 고성능 컴퓨팅을 창출하고자 하는 것이 목표이다. 이는 많은 자원제공자가 참여할 수 있도록 확장성이 보장되어야 한다. 하지만 기존의 자발적컴퓨팅 시스템에서는 중앙관리서버에 의해서만 작업분배가 이루어지므로 서버의 병목현상이 발생하게 된다. 본 논문에서는 결함포용에 사용되는 중복수행기법을 이용하여 P2P기반의 중복작업분배기법을 제안한다. 제안하는 P2P기반 중복작업분배기법은 서버의 병목현상을 줄이고, 서버의 결함 시에도 일정시간 서비스를 유지할 수 있는 강건함을 보였다.

• Proceedings of the Korea Information Processing Society Conference
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• 2013.05a
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• pp.556-559
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• 2013

클라우드 컴퓨팅 환경에서는 사용자의 데이터를 수많은 분산서버를 이용하여 데이터를 암호화하여 저장한다. 구글, 야후 등 글로벌 인터넷 서비스 업체들은 인터넷 서비스 플랫폼의 중요성을 인식하고 자체 연구 개발을 수행, 저가 상용 노드를 기반으로 한 대규모 클러스터 기반의 클라우드 컴퓨팅 플랫폼 기술을 개발 활용하고 있다. 이와 같이 분산 컴퓨팅 환경에서 다양한 데이터 서비스가 가능해지면서 대용량 데이터의 분산관리가 주요 이슈로 떠오르고 있다. 한편, 대용량 데이터의 다양한 이용 형태로부터 악의적인 공격자나 내부 사용자에 의한 보안 취약성 및 프라이버시 침해가 발생할 수 있다. 이러한 문제점을 해결하기 위해 본 논문에서는 XOR기반의 효율적인 분산 저장 및 복구 기법을 제안하였다.

• Proceedings of the Korea Information Processing Society Conference
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• 2009.11a
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• pp.183-184
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• 2009

과학용 어플리케이션을 주로 사용하는 고성능 컴퓨팅 시장에서 연산 요구량이 증가하면서 연산 가속 기술에 대한 관심이 높아지고 있다. 컴퓨터 연산 가속의 대안으로 재설정가능반도체(FPGA)나 주문형 반도체(ASIC) 등의 전용 칩을 사용하거나 Cell 프로세서와 같이 비디오 게임용으로 개발된 게임 프로세서(Game Processor)를 과학 어플리케이션에 이용하려는 노력이 대두되고 있다. 이에 본 논문에서는 ASIC 프로세서를 이용한 대표적인 가속 프로세서인 Clearspeed Advanced e620을 대상으로 성능을 분석하고 그 타당성을 검토하였다.

• Proceedings of the Korea Information Processing Society Conference
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• 2009.11a
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• pp.393-394
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• 2009

최근 컴퓨팅 성능의 급격한 발전으로 이를 통해 생산되는 데이터의 크기 역시 매우 커지고 있다. 이는 로터 시뮬레이션 분야에서도 마찬가지인데, 과거에는 백만개 정도의 격자 데이터 정도만을 다루었던 것에 비해 최근에는 1억개 이상의 격자 데이터를 다루려는 시도가 계속되고 있다. 그러나 이렇게 생산된 대용량의 시변환(time-variant) 유동 데이터는 그 크기가 매우 크기 때문에 일반 PC에서는 실시간으로 가시화하기에 곤란한 경우가 많다. 또, 이러한 로터 시뮬레이션 데이터는 매우 복잡한 구조를 가지고 있기 때문에 초보자가 이 데이터에서 vortex와 같은 중요한 정보를 뽑아서 가시화하는 데에는 많은 어려움이 있어 왔다. 본 논문에서는 일반 PC에서 가시화하기 어려운 대용량 로터 시뮬레이션 데이터를 고성능 가시화 컴퓨터와 VTK를 이용해서 빠르게 가시화하기 위한 방법을 서술한다. 또, 복잡한 데이터 내부의 중요한 정보들을 자동으로 빠르고 간편하게 표출하기 위한 방법을 제안한다.

• Proceedings of the Korea Information Processing Society Conference
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• 2021.05a
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• pp.16-18
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• 2021

최근 베어메탈 시스템에 스케줄러 시스템 기반 인프라 시스템에서 벗어나 사용자 맞춤형 클라우드 인프라가 관심을 받고 있다. KI Cloud 플랫폼은 고성능 컴퓨팅(HPC) 사용자를 위한 클라우드 기반 IaaS, PaaS 통합 플랫폼이다. 본 논문에서는 KI Cloud를 위한 데이터 저장소 설계 및 구현에 대해 기술한다. 오픈 소스 Ceph 분산 스토리지 시스템을 기반으로 구축하였고, 프로젝트의 목적에 맞게 블록 스토리지, 오브젝트 스토리지, 파일 스토리지 방식으로 구현하였다. Openstack 기반의 서비스와 Kubernetes 기반의 서비스가 하나의 스토리지를 통해 다양한 타입의 서비스를 제공할 수 있도록 개발하였다.