• 제목/요약/키워드: ${\gamma}$-turn

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NMR Studies on Turn Mimetic Analogs Derived from Melanocyte-stimulating Hormones

  • Cho, Min-Kyu;Kim, Sung-Soo;Lee, Myung-Ryul;Shin, Joon;Lee, Ji-Yong;Lim, Sung-Kil;Baik, Ja-Hyun;Yoon, Chang-Ju;Shin, In-Jae;Lee, Weon-Tae
    • BMB Reports
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    • 제36권6호
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    • pp.552-557
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    • 2003
  • Oligomers with $\alpha$-aminooxy acids are reported to form very stable turn and helix structures, and they are supposed to be useful peptidomimetics for drug design. A recent report suggested that homochiral oxa-peptides form a strong eight-member-ring structure by a hydrogen bond between adjacent aminooxy-acid residues in a $CDCl_3$ solution. In order to design an $\alpha$-MSH analog with a stable turn conformation, we synthesized four tetramers and one pentamer, based on $\alpha$-MSH sequence, and determined the solution structures of the molecules by two-dimensional NMR spectroscopy and simulated annealing calculations. The solution conformations of the three peptidomimetic molecules (TLV, TDV, and TLL) in DMSO-$d_6$ contain a stable 7-membered-ring structure that is similar to a $\gamma$-turn in normal peptides. Newly-designed tetramer TDF and pentamer PDF have a ball-type rigid structure that is induced by strong hydrogen bonds between adjacent amide protons and carbonyl oxygens. In conclusion, the aminooxy acids, easily prepared from natural or unnatural amino acids, can be employed to prepare peptidomimetic analogues with well-defined turn structures for pharmaceutical interest.

$p16^{INK4A}$ 단백질 활성부위(Asp 84-Leu 104)의 용액상 구조 (Solution Structure of 21-Residue Peptide (Asp 84-Leu 104), Functional Site derived from $p16^{INK4A}$)

  • 이호진;안인애;노성구;최영상;윤창노;이강봉
    • 분석과학
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    • 제13권4호
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    • pp.494-503
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    • 2000
  • 암 억제제인 $p16^{INK4A}$ 단백질의 활성부위 84-104번까지의 21개 아미노산으로 이루어진 펩타이드를 합성하여, 이것의 용액상 구조를 CD, $^1H$ NMR 분광법 그리고, 분자 모델링 방법으로 분석하였다. CDK4 그리고 CDK6와 함께 안정된 complex를 형성하는 p16의 활성 펩타이드(84-104 아미노산)는 in vitro에서 pRb를 인산화하는 CDK4/6의 능력을 차단하고, p16단백질의 기능에서 보여주듯이 G1/S상의 세포 Cycle을 차단한다. NOE를 포함하는 $^3J_{NH{\alpha}}$ 스핀결합 상수, $C_{\alpha}H$ 화학적 이동, 아마이드 화학적 이동의 평균 변화 폭 그리고 온도 계수 등은 p16 펩타이드의 이차구조가 helix-turn-helix의 구조를 구성하는 p16단백질과 유사한 2차 구조를 가지고 있음을 보여주었다. NOE에 근거한 거리 및 이면각을 이용한 3.D 기하구조는 p18이나 p19의 대응하는 부위에 대한 결정구조에서 보여준 바와 같이 아미노산 $Gly^{89}-Leu^{91}$(${\varphi}_{i+1}=-79.8^{\circ}$, ${\varphi}_{i+1}=60.2^{\circ}$)사이에는 ${\gamma}$-회전구조를 형성함을 보여주었다. 이렇게 비교적 단단한 구조를 형성하고 있는 ${\gamma}$-회전구조부위는 p16펩타이드 구조를 안정시키며, CDK를 인식하는 부위로 작용할 수 있다. 이러한 ${\gamma}$-회전구조는 항암제 선도물질을 개발하는데 유용하게 활용될 수 있을 것이다.

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좌회전운전자의 문격수낙행태 모형 (Gap-Acceptance Behavior Model of Left-Turn Drivers.)

  • 김경환
    • 대한교통학회지
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    • 제4권2호
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    • pp.3-14
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    • 1986
  • This study was undertaken to develop the gap acceptance model of left-turn drivers on the major road at intersections. Typical unsignalized intersections on the two-lane and four-lane streets in Masan City were selected for the study intersection. For the gap distribution model, the lognormal, negative exponential, shifted negative exponential, and Gamma distributions were tested using the x2 and K-S tests. Based on the results for both streets, it was concluded that among the distributions tested the lognormal distribution represented the gap distribution best, followed by the shifted negative exponential distribution. Stochastic models of the gap-acceptance behavior of left-turn drivers on the major road at unsignalized intersections were programmed using SLAM Ⅱ, a simulation computer language. A stochastic model was selected for the gap-acceptance behavior to compare the results of the simulation with the observed data. The model assumes that a fixed critical acceptance gap is assigned to each left-turn driver based on a normal distribution and the gap distribution of the opposing traffic stream follows the shifted negative exponential distribution.

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Asymptotic Inferences on the Shape Parameter of a Gamma Distribution : An Unconditional Approach

  • Na, Jonghwa
    • 품질경영학회지
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    • 제22권1호
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    • pp.162-168
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    • 1994
  • In this paper we develop an unconditional method for inferences on the shape parameter of a gamma distribution. A simple numerical implementation of this unconditional method is developed; this is a computer program that takes the observed data as input and produces the confidence distribution function for the shape parameter, which in turn provides approximate observe significance levels and confidence intervals for that parameter, as output. These approximations are extremely accurate even for very small sample size and numerically simple and easy to obtain.

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NK-2의 Antagonist인 cyclo-[Gln-Trp-Phe- $\beta$Ala-Leu-Met]의 형태에 관한 연구 (Conformation of cyclo-[Gln-Trp-Phe- $\beta$Ala-Leu-Met], a NK-2 Tachykinin Receptor Antagonist)

  • 하종명
    • 대한화학회지
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    • 제43권5호
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    • pp.540-546
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    • 1999
  • 새로운 NK-2 antagonist이며 고리상 펩티드인 cycIo-($Gln^1-Trp^2-Phe^3-{\beta}Ala^4-Leu^5-Met^6$)의 DMSO 용액 중에서의 형태를 2차원 핵자기공명과 분자동력학적인 계산에 의하여 결정하였다. 조건을 만족시키는 25개의 구조는 모든 아미노산 잔기의 골격원자들 (N,$C^{\alpha}$, C')의 자승 평균 평방근이 $0.02{\AA}$이내로 수렴하였다. 이 고리상 펩티드의 구조는 $Met^6NH$$Ala^4CO$, $Ala^4NH$$Met^6CO$, $Phe^3NH$$Met^6CO$의 사이에 분자내 수소결합이, Gln과 Trp에 type-I ${\beta}$-turn, 그리고 Leu에서 ${\gamma}$-turn을 취하고 있었다. 알려져 있는 고리상 펩티드인 cyclo-($Gln^1-Trp^2-Phe^3-Gly^4-Leu^5-Met^6$)의 Gly이 ${\beta}$Ala으로 바뀜에 따라 ${\beta}$Ala의 여분의 메틸렌이 고리의 골격의 반발력을 완화시키고 수소결합들이 형태의 안정에 기여하고 있다고 생각된다.

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국산 자동화 장비(Gamma Pro)의 결과보고시간 단축에 대한 유용성 평가 (Evaluation of Reliability about Short TAT (Turn-Around Time) of Domestic Automation Equipment (Gamma Pro))

  • 오윤정;김지영;석재동
    • 핵의학기술
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    • 제14권2호
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    • pp.197-202
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    • 2010
  • 목적: 각 검사실에서는 임상의 신속한 검사 결과 보고 요청에 부응하고 검사 결과의 신뢰도 및 효율성을 증가시키기 위해 자동화 장비를 많이 사용한다. 국산 자동화 장비는 기존 자동화 장비의 단점을 개선, 보완하여 폭넓은 수행능을 가진 국산 자동화 장비이다. 본 연구에서 국산 자동화 장비와 기존 자동화 장비와의 상관성 및 분석능력을 평가하여 검사실에서의 결과보고시간 단축에 대한 유용성과 신뢰성을 알아보고자 하였다. 대상 및 방법: 2009년 9월 삼성서울병원에서 갑상선 호르몬 검사(TT3, TSH, FT4)가 의뢰된 환자를 대상으로 저농도에서 고농도 검체 100개씩 국산 자동화 장비와 RIA-mat 280을 사용하여 상관성을 알아보았다. 국산 자동화 장비의 부분별 평가로 첫째, Tip부분은 정확도, 회수율, 검체 간 상호 오염도를 측정하였다. 둘째, Incubator부분은 회전수(RPM)와 회전축 원경(mm)에 따른 최적의 검사반응 조건을 알아보았다. 검체처리 속도를 분석하기 위해 특정기간의 검사결과 보고시간을 조사하였다. 결과: 국산 자동화 장비와 RIA-mat 280의 상관계수($R^2$)는 TT3 0.98, TSH 0.99, FT4 0.92로 좋은 상관관계를 보였다. Tip의 평가로 정밀도 CV 0.38 %(1번 Tip), CV 0.39 %(2번 Tip), 정확도 98.3 %(1번 Tip), 98.6 %(2번 Tip). 검체 간 상호 오염도는 0.01 %(1번 Tip), 0 %(2번 Tip)로 검체 간 상호 오염도가 거의 없었다. Incubator 조건에서 회전수(RPM)와 회전수 원경(mm) 500 RPM의 1.0 mm, 1.5 mm와 600 RPM의 1.0 mm, 1.5 mm 중 600 RPM의 1.0 mm가 최상의 조건임을 알 수 있었다. 기존의 자동화 장비에서 6회/일 시행되던 검사가 최대20회/일로 늘어남으로써 검체 접수에서 결과보고까지 소요시간이 평균 4.20시간에서 평균 2.19시간으로 약 2시간 단축되었다. 결론: 국산 자동화 장비(Gamma Pro) 사용으로 결과보고 시간이 평균 2.19시간으로, 약 2시간 단축되는 결과를 얻었다. 본 기기는 일정시간당 대량 검체 처리능력이 뛰어나고 실용성을 갖춘 효율적인 장비라고 여겨진다. 검사결과 보고 시간 단축으로 인해 응급환자의 신속한 진단과 외래환자의 진료대기시간 단축에 유용할 것이다.

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Characterization of rapidly consolidated γ-TiAl

  • Kothari, Kunal;Radhakrishnan, Ramachandran;Sudarshan, Tirumalai S.;Wereley, Norman M.
    • Advances in materials Research
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    • 제1권1호
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    • pp.51-74
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    • 2012
  • A powder metallurgy-based rapid consolidation technique, Plasma Pressure Compaction ($P^2C^{(R)}$), was utilized to produce near-net shape parts of gamma titanium aluminides (${\gamma}$-TiAl). Micron-sized ${\gamma}$-TiAl powders, composed of Ti-50%Al and Ti-48%Al-2%Cr-2%Nb (at%), were rapidly consolidated to form near-net shape ${\gamma}$-TiAl parts in the form of 1.0" (25.4 mm) diameter discs, as well as $3"{\times}2.25"$ ($76.2mm{\times}57.2mm$) tiles, having a thickness of 0.25" (6.35 mm). The ${\gamma}$-TiAl parts were consolidated to near theoretical density. The microstructural morphology of the consolidated parts was found to vary with consolidation conditions. Mechanical properties exhibited a strong dependence on microstructural morphology and grain size. Because of the rapid consolidation process used here, grain growth during consolidation was minimal, which in turn led to enhanced mechanical properties. Consolidated ${\gamma}$-TiAl samples corresponding to Ti-48%Al-2%Cr-2%Nb composition with a duplex microstructure (with an average grain size of $5{\mu}m$) exhibited superior mechanical properties. Flexural strength, ductility, elastic modulus and fracture toughness for these samples were as high as 1238 MPa, 2.3%, 154.58 GPa and 17.95 MPa $m^{1/2}$, respectively. The high temperature mechanical properties of the consolidated ${\gamma}$-TiAl samples were characterized in air and vacuum and were found to retain flexural strength and elastic modulus for temperatures up to $700^{\circ}C$. At high temperatures, the flexural strength of ${\gamma}$-TiAl samples with Ti-50%Al composition deteriorated in air by 10% as compared to that in vacuum. ${\gamma}$-TiAl samples with Ti-48%Al-2%Nb-2%Cr composition exhibited better if not equal flexural strength in air than in vacuum at high temperatures.

A NEW LOWER BOUND FOR THE VOLUME PRODUCT OF A CONVEX BODY WITH CONSTANT WIDTH AND POLAR DUAL OF ITS p-CENTROID BODY

  • Chai, Y.D.;Lee, Young-Soo
    • 호남수학학술지
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    • 제34권3호
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    • pp.403-408
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    • 2012
  • In this paper, we prove that if K is a convex body in $E^n$ and $E_i$ and $E_o$ are inscribed ellipsoid and circumscribed ellipsoid of K respectively with ${\alpha}E_i=E_o$, then $\[({\alpha})^{\frac{n}{p}+1}\]^n{\omega}^2_n{\geq}V(K)V({\Gamma}^{\ast}_pK){\geq}\[(\frac{1}{\alpha})^{\frac{n}{p}+1}\]^n{\omega}^2_n$. Lutwak and Zhang[6] proved that if K is a convex body, ${\omega}^2_n=V(K)V({\Gamma}_pK)$ if and only if K is an ellipsoid. Our inequality provides very elementary proof for their result and this in turn gives a lower bound of the volume product for the sets of constant width.

음이항분포의 특성을 이용한 조달기간 수요 분석 (Diagnosis of Lead Time Demand Based on the Characteristics of Negative Binomial Distribution)

  • 안선응;김우현
    • 산업경영시스템학회지
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    • 제28권2호
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    • pp.146-151
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    • 2005
  • Some distributions have been used for diagnosing the lead time demand distribution in inventory system. In this paper, we describe the negative binomial distribution as a suitable demand distribution for a specific retail inventory management application. We here assume that customer order sizes are described by the Poisson distribution with the random parameter following a gamma distribution. This implies in turn that the negative binomial distribution is obtained by mixing the mean of the Poisson distribution with a gamma distribution. The purpose of this paper is to give an interpretation of the negative binomial demand process by considering the sources of variability in the unknown Poisson parameter. Such variability comes from the unknown demand rate and the unknown lead time interval.

음이항분포의 특성을 이용한 조달기간 수요 분석 (Diagnosis of Lead Time Demand Based on the Characteristics of Negative Binomial Distribution)

  • 안선응;김우현
    • 산업경영시스템학회지
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    • 제28권4호
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    • pp.79-84
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    • 2005
  • Some distributions have been used for diagnosing the lead time demand distribution in inventory system. In this paper, we describe the negative binomial distribution as a suitable demand distribution for a specific retail inventory management application. We here assume that customer order sizes are described by the Poisson distribution with the random parameter following a gamma distribution. This implies in turn that the negative binomial distribution is obtained by mixing the mean of the Poisson distribution with a gamma distribution. The purpose of this paper is to give an interpretation of the negative binomial demand process by considering the sources of variability in the unknown Poisson parameter. Such variability comes from the unknown demand rate and the unknown lead time interval.