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RT-PCR과 다공성 세라믹 큐브를 이용한 벼줄무늬잎마름바이러스 간편 진단

Simple and Rapid Detection for Rice stripe virus Using RT-PCR and Porous Ceramic Cubes

  • 홍수빈 (농촌진흥청 국립농업과학원) ;
  • 곽해련 (농촌진흥청 국립농업과학원) ;
  • 김미경 (농촌진흥청 국립농업과학원) ;
  • 서장균 (농촌진흥청 국립농업과학원) ;
  • 신준성 ((주)바이오큐브시스템) ;
  • 한정헌 ((주)고추와 육종) ;
  • 김정수 (국립안동대학교 식물의학과) ;
  • 최홍수 (농촌진흥청 국립농업과학원)
  • Hong, Su-Bin (Crop Protection Division, National Institute of Agricultural Science) ;
  • Kwak, Hae-Ryun (Crop Protection Division, National Institute of Agricultural Science) ;
  • Kim, Mi-Kyeong (Crop Protection Division, National Institute of Agricultural Science) ;
  • Seo, Jang-Kyun (Crop Protection Division, National Institute of Agricultural Science) ;
  • Shin, Jun-Sung (Bio Cube System Co., Ltd.) ;
  • Han, Jung-Heon (Pepper & Breeding Institute) ;
  • Kim, Jeong-Soo (Department of Plant Medicine, Andong National University) ;
  • Choi, Hong-Soo (Crop Protection Division, National Institute of Agricultural Science)
  • 투고 : 2015.05.26
  • 심사 : 2015.09.10
  • 발행 : 2015.12.31

초록

다공성 세라믹 큐브를 이용한 RT-PCR 진단법은 별도의 핵산 추출 과정이나 용액 처리 없이, 식물체에 접촉시켜 큐브의 공극에 바이러스 입자나 핵산 등의 분자가 신속하게 흡수되면 이를 바로 RT-PCR 반응에 넣어 유전자를 증폭시키는 방법으로, 식물체로부터 빠르고 정확하게 바이러스를 진단하는 방법이다. 본 연구에서는 다공성 세라믹 큐브를 이용하여 벼에 발생하는 주요 바이러스인 벼줄무늬잎마름바이러스(RSV)를 진단하는 RT-PCR 진단법을 확립하였다. 벼의 잎, 잎집, 또는 줄기를 대상으로 큐브 1개 또는 3개를 사용하여 즙액을 흡수시킨 후, 이를 RT-PCR 주형으로 사용하였고, 그 결과 변성처리에 큰 차이 없이 증폭 효율이 나타났다. 또한 즙액을 흡수한 큐브는 9주차까지 상온에서 보관한 후 RT-PCR을 실시하여도 안정적으로 증폭 효율을 나타내었다.

A rapid and simple RT-PCR diagnosis method for detection of Rice stripe virus (RSV), one of major virus infecting rice, was developed using porous ceramic cubes in this study. The porous ceramic cube can rapidly absorb biological molecules such as small-sized proteins and nucleic acid fragments into its pores. We examined whether this ability of porous ceramic cubes could be applied for isolating viral nucleic acids or particles from the RSV- infected plant tissues. In this study, we found that the porous ceramic cube was capable of absorbing a detection level of viruses from the rice tissues infected with RSV and established RT-PCR-based RNA diagnosis method using porous ceramic cubes.

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참고문헌

  1. Hosokawa, M., Matsushita, Y., Uchida, H. and Yazawa, S. 2006. Direct RT-PCR method for detecting two chrysanthemum viroids using minimal amounts of plant tissue. J. Virol. Methods 131: 28-33. https://doi.org/10.1016/j.jviromet.2005.07.001
  2. Kim, J. S., Lee, S. H., Choi, H. S., Choi, G. S., Cho, J. D. and Chung, B. N. 2008. Survey of viral diseases occurrence on major crops in 2007. Res. Plant Dis. 14: 1-9. (In Korean) https://doi.org/10.5423/RPD.2008.14.1.001
  3. Kim, J. S., Lee, S. H., Choi, H. S., Kim, M. K., Kwak, H. R., Cho, J. D., Choi, G. S. and Kim, J. Y. 2009a. Occurrence of virus diseases on major crops in 2008. Res. Plant Dis. 15: 1-7. (In Korean) https://doi.org/10.5423/RPD.2009.15.1.001
  4. Kim, J. S., Lee, S. H., Choi, H. S., Cho, J. D., Noh, T. W. and Kim, J. Y. 2009b. Convenient genetic diagnosis of virion captured (VC)/RT-PCR for rice viruses (RSV, RBSDV) and small brown plant hopper. Res. Plant Dis. 15: 57-62. (In Korean) https://doi.org/10.5423/RPD.2009.15.2.057
  5. Nolasco, G., De Blas, C., Torres, V. and Ponz, F. 1993. A method combining immunocapture and PCR amplification in a microtiter plate for the detection of plant viruses and subviral pathogens. J. Virol. Methods 45: 201-218. https://doi.org/10.1016/0166-0934(93)90104-Y
  6. Shin, J. S., Kim, H. J., Choi, H. S. and Kim, J. S. 2015. A potential use of porous ceramic matters for simple preparation of DNA and RNA to amplify a target sequence of cucumber mosaic virus and plant DNA. The KSPP, p178. (Abstract)