Journal of the Korean Institute of Intelligent Systems (한국지능시스템학회논문지)

Korean Institute of Intelligent Systems (한국지능시스템학회)
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An Effective Bioinformatics Tool for Multiple Sequence Acquisition and Translation

다중서열수집 및 변환을 위한 효과적인 바이오인포메틱스 도구

  • 이혜리 (충북대학교 전기전자컴퓨터공학부) ;
  • 이승희 (충북대학교 전기전자컴퓨터공학부) ;
  • 이건명 (충북대학교 전기전자컴퓨터공학부) ;
  • 김성수 (충북대학교 전기전자컴퓨터공학부) ;
  • 이찬희 (충북대학교 미생물학과) ;
  • 이성덕 (충북대학교 정보통계학과)
  • Published : 2008.02.25
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Abstract

많은 바이오인포매틱스 관련 데이터베이스와 도구가 네트워크를 통해서 제공되고 있고, 이들을 효과적으로 활용하면 생물학적 분석을 적은 비용으로 우수한 결과를 얻을 수 있다. 이 논문에서는 주어진 질의에 대해서 잠재적으로 관련된 DNA 서열 정보를 획득하고, 분석자가 관심 있는 항목을 선택하면, 선택된 항목에 대한 모든 DNA 서열 정보를 확보하고, 이들에 대해서 아미노산 서열로 자동변환하여 ORF라는 정보를 활용하여 가장 가능성이 큰 것을 추천하는 도구를 소개한다. 해당 도구에는 웹 로봇 기법과 ORF 검색등을 위한 생물학적 지식을 활용한다.

Keywords

References

  1. P. Baldi, S. Brunak, Bioinformatics : The Machine Learning Approach (2nd Ed.), The MIT Press, 2001
  2. NCBI National Center for Biotechnology Information, http://www.ncbi.nih.gov/
  3. NCBI GeneBank, http://www.ncbi.nih.gov/Genbank/index.html
  4. E. Gasteiger, A. Gattiker, C. Hoogland, I. Ivanyi, Ron D. Appel and A. Bairoch ExPASy, : the proteomics server for in-depth protein knowledge and analysis, Nucleic Acids Research, 2003, Vol. 31, No. 13, pp. 3784-3788 https://doi.org/10.1093/nar/gkg563
  5. UniProtKB/Swiss-Prot, http://www.ebi.ac.uk/ swissprot/
  6. A. Marchler-Bauer, J. B. Anderson, et al., CDD: a curated Entrez database of conserved domain alignments, Nucleic Acids Research, 2003, Vol. 31, No. 1, pp.383-387 https://doi.org/10.1093/nar/gkg087
  7. G. B. Fogel, D. W. Corne, Evolutionary Computation in Bioinformatics, Morgan Kaufmann Publishers, 2003
  8. T. A. Brown, Genomes (2nd ed), Oxford, United Kingdom: Wiley-Liss, 2002
  9. S. Aluru, Handbook of Computational Molecular Biology(Eds.), Chapman & Hall/CRC, 2006