Korean Journal of Microbiology (미생물학회지)

The Microbiological Society of Korea (한국미생물학회)
권호 표지

RCA-mer: A Web-Based Program Searching for Primer Candidates

핵산증폭용 특정 길이의 Primer 검색 프로그램

  • Cho, Young-Hoon (Department of Bioinformatics, Korea Bio Polytechnic) ;
  • Park, Kie-Jung (Information Technology Institute, SmallSoft Co. Ltd.) ;
  • Lee, Dae-Sang (Department of Bioinformatics, Korea Bio Polytechnic)
  • 조영훈 (한국폴리텍 바이오대학 바이오생명정보과) ;
  • 박기정 ((주)스몰소프트 정보기술연구소) ;
  • 이대상 (한국폴리텍 바이오대학 바이오생명정보과)
  • Published : 2008.06.30
Download PDF
⟨ Previous Next ⟩

Abstract

Recently, rolling circle amplification (RCA) technique has been widely focused in the field of gene amplification just like PCR method. We have developed RCA-mer, which is a web-based program searching for primer candidates from a given sequence. It can be applied to find primer lists in DNA amplification experiment based on RCA method. The RCA-mer compares 8-mer primer lists with user's input sequence such as vector, mitochondria, and microbial genome sequence. After calculating 8-mers existences in a given sequence, it displays matched and no-matched primer lists with their GC-contents. In addition to it, RCA-mer can search the existence of 8-mer primer lists in two sequences whether they are co-existed or not. Users can apply candidate primer lists to their researches which use RCA techniques.

PCR 방법과 더불어 최근 핵산증폭기법으로 주목받기 시작한 방법이 Rolling Circle Amplification (RCA) 기법을 응용한 것이다. 본 논문에서 RCA 기술을 활용하는 실험에 이용할 수 있는 특정 길이(N-mer)를 가진 primer의 후보 리스트를 vector 서열이나 특정 미생물 염색체 서열에서 검색할 수 있는 프로그램인 RCA-mer를 개발하였다. RCA-mer는 사용자의 염기서열을 입력으로 받아 이 서열을 대상으로 특정 길이의 N-mer에 대한 존재 유무에 대한 리스트의 후브를 웹으로 보여주는 기능을 가지고 있다. 또한 서로 다른 두 개의 염기서열들에 대해 N-mer가 공통으로 존재하는지, 한쪽 서열에만 존재하는지 확인할 수 있는 기능을 가지도록 개발하였다. 사용자는 선발된 primer 후보들로 부터 적절한 N-mer 서열을 선택하여 실제 RCA를 이용한 실험 곧바로 응용할 수 있도록 후보 primer를 선별하여 사용할 수 있도록 하였다.

Keywords

References

  1. 이대상, 박기정. 2007. 미생물 유전체 프로젝트 수행을 위한 Base-Calling 오류감지 프로그램 및 알고리즘 개발. 한국미생물학회지 43, 317-320
  2. 이대상, 태홍석, 박기정. 2003. 유전정보분석시스템. 전자공학회지 30, 68-78
  3. Alsmadi, O.A., C.J. Bornarth, W. Song, M. Wisniewski, J. Du, J.P. Brockman, A.F. Faruqi, S. Hosono, Z. Sun, Y. Du, X. Wu, M. Egholm, P. Abarzua, R.S. Lasken, and M.D. Driscoll. 2003. High accuracy genotyping directly from genomic DNA using a rolling circle amplification based assay. BMC Genomics 4, 1471-2164
  4. Dean, F.B., J.R. Nelson, T.L. Giesler, and R.S. Lasken. 2001. Polymerase and multiply-primed rolling circle amplification. Genome Res. 11, 1095-1099 https://doi.org/10.1101/gr.180501
  5. Fire, A. and S.Q. Xu. 1995. Rolling replication of short DNA circles. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 92, 4641-4645 https://doi.org/10.1073/pnas.92.10.4641
  6. Fumito, M., K. Takehiko, Y. Nobuyasu, T. Katsuji, and N. Masao. 2005. Visualization and enumeration of bacteria carrying a specific gene sequence by in situ rolling circle amplification. Appl. Environ. Microbiol. 71, 7933-7940 https://doi.org/10.1128/AEM.71.12.7933-7940.2005
  7. Kingsmore, S.F. and D.D. Patel. 2003. Multiplexed protein profiling on antibody-based microarrays by rolling circle amplification. Curr. Opin. Biotechnol. 14, 74-81 https://doi.org/10.1016/S0958-1669(02)00019-8
  8. Liu, D., S.L. Daubendiek, M.A. Zillman, K. Ryan, and E.T. Kool. 1996. Rolling circle DNA synthesis: Small circular oligonucleotides as efficient templates for DNA polymerases. J. Am. Chem. Soc. 118, 1587-1594 https://doi.org/10.1021/ja952786k