Abstract
Most programs of bioinformatics provide biochemists and biologists retrieve and analysis services of gene and protein database. As these services retrieve database for each arrival of user's request, it takes a long time and increases server's load and response time. In this paper. by utilizing database retrieval patterns of sequence alignment programs in bioinformatics, grouping method is proposed to share database retrieval between many requests. Carpool method is also proposed to reduce response time as well as to increase system expandability by combining new arriving requests with the previous on going requests. The performance of our two proposed schemes is verified by mathematic analysis and simulation.
대부분의 생물정보학의 프로그램들은 데이타베이스로부터 유전자 등의 데이타를 검색하고 처리하여 생화학자와 생물학자에게 서비스를 제공한다. 이때 각각 클라이언트의 요청마다 데이타베이스의 검색을 수행한다면 많은 디스크 접근 시간이 소요된다. 또한 서버에 과부하를 초래하여 응답시간이 길어질 수 있다. 본 논문에서는 생물정보학에서 서열 검색 프로그램의 데이타베이스 사용 패턴을 이용하여 많은 데이타베이스 요청에 대하여 데이타베이스의 검색을 위한 디스크 접근을 공유하는 그룹핑 기법을 제안한다. 또한, 사용자 요청을 대기 시간 없이 처리중인 작업과 동시에 데이타베이스의 검색을 위한 디스크 접근을 공유하여 시스템 처리율을 높이고 빠른 응답시간을 가지는 카플 방식을 제안한다. 제안된 기법은 수학적 분석과 시뮬레이션을 통하여 성능을 검증하였다.
