Abstract
The optimized RAPD-PCR conditions, that can be utilized as a basic information for analysis of the gelletic characteristics were developed for genetic analysis of four mulberry varieties, named Milsung, Chungil, Suil, and Hansung using a primer, OPY15 (5'-AGTCGCCCTT-3') from Operon company. We tested several different factors for best PCR condition including concentrations of DNA, primer, Mgclu annealing temperature, number of PCR cycle, and prosence/absence of pre-heating time at the begining of PCR reaction in the $25 \mul$volume. The best RAPD profiles were obtained using 50 ng of DNA, 1 $\mu$M of primer, $1 \mum$of $MgCl_2\;,45^{\circ}C$ of annealing temperature and an absence of pre-heating time. An establishment of the stable and reproducible RAPD-PCR conditions are expected to be useful for the subsequent RAPD-related investigation, such as genetic characterization of the mulberry varieties, re-establishment of phylogenetic relationships and development of new varieties.
본 연구는 뽕나무 품종간의 유전적 특성 분석을 위한 기초 자료로서 최적의 RAPD-PCR 조건을 확립하기 위하여 수행하였다. 본 연구를 위해 '밀성뽕', '청일뽕', '수일뽕' 그리고 한성뽕'등의 4품종을 이용하여 Operon사의 OPY15 (5'-AG-TCGCCCTT-3') primer를 사용, 여러 가지 PCR 조건하에서 실험하였다. DNA 농도, primer농도, $MgCl_2$ 농도, PCR 횟수, annealing temperature, pre-heating time의 조작유무 등 여러 가지 요인들을 대상으로 시험을 수행한 결과, $25 \mu$ 반응용액을 기준으로 50 ng의 template DNA, $1 \muM$의 random primer, 1.5 mM의$MgCl_2$45회의 PCR cycle, 45$^{\circ}C$의 annealing temperature 그리고 pre-heating time이 없는 조건이 최적으로 나타났다. 이러한 RAPD-PCR법의 안정적인 조건의 확립은 후차적인 뽕나무 품종간의 유전적 특성의 규명, 계통간의 관련, 신품종 육성 등을 위한 중요한 기초 자료로 활용될 것으로 생각된다.
