Food Science of Animal Resources (한국축산식품학회지)

Korean Society for Food Science of Animal Resources (한국축산식품학회)
권호 표지

Identification of Korean Native Goat Meat using Amplified Fragment Length Polymorphism (AFLP) DNA Markers

Amplified Fragment Length Polymorphism (AFLP) DNA Marker를 이용한 한국 재래흑염소육 감별

  • 정의룡 (상지대학교 생명자윈과학대학 응용동물과학부)
  • Published : 2002.12.01
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Abstract

This study was carried out to develop the breed-specific DNA markers for breed identification of Korean native goat meat using amplified fragment length polymorphism (AFLP)-PCR techniques. The genomic DNAs of Korean native goat, imported black goat and four dairy goat breeds(Saanen, Alpine, Nubian and Toggenburg) were extracted from muscle tissues or blood. Genomic DNA was digested with a particular combination of two restriction enzymes with 4 base(Mse I and Taq I) and 6 base(EcoR I and Hind III) recognition sites, ligated to restriction specific adapters and amplified using the selective primer combinations. In AFLP profiles of polyacrylamide gels, the number of scorable bands produced per primer combination varied from 36 to 74, with an average of 55.5. A total of 555 bands were produced, 149(26.8%) bands of which were polymorphic. Among the ten primer combinations, two bands with 2.01 and 1.26 kb in M13/H13 primer and one band with 1.65 kb in E35/H14 primer were found to be breed-specific AFLP markers in Korean native goat when DNA bands were compared among the goat breeds. In the E35/H14 primer combination, 2.19, 2.03, 0.96 and 0.87 kb bands detected in imported black goat, 2.13 kb band in Saanen breed and 2.08 kb band in Nubian breed were observed as breed-specific bands showing differences between goat breeds, respectively. The E35/H14 primer combination produced four DNA bands distinguished between Korean native goat and Saanen breed. The is study suggested that the breed specific AFLP bands could be used as DNA markers for the identification of Korean native goat meat from imported black goat and dairy goat meats.

본 연구는 AFLP-PCR 유전자 지문분석 기법을 이용하여 우리나라 고유의 동물유전자원으로서 재래흑염소의 품종 및 흑염소육 감별을 위한 품종 특이적 DNA marker를 개발하고자 수행하였다. 흑염소로부터 추출한 genomic DNA를 EcoR I/Hind III 및 Taq I/Hind III 2종류의 제한효소 조합으로 이중 절단한 후 10종류의 two selective primer조합형을 이용하여 분석한 결과 각 printer 조합형당 검출된 AFLP band의 수는 36~74개의 범위로 평균 55.5개였다. 그리고 검출된 총 555개의 band 가운데 polymorphic band의 수는 149 개로 다형성 수준은 약 26.8%로 추정되었다. 재래흑염소 품종 특이적인 AFLP marker를 탐색하고자 육용종 수입흑염소 및 4품종의 유용종 염소와 AFLP 지문양상을 비교 검토한 결과 M13/H13 primer 조합형에서 2.01과 1.26 kb의 2개 band 그리고 E35/H14 primer 조합형에서 1.65 kb의 1개 band가 재래흑염소의 품종 특이적 AFLP marker로 검출되었다. 그리고 E35/H14 primer 조합형에서 수입흑염소의 2.19, 2.03, 0.96 및 0.87 kb band, Saanen종의 2.13 kb band, Nubian종의 2.08 kb band는 각 해당 품종에만 특이적으로 출현하는 품종 특이적 band로 확인되었다. 또한, E35/H13 primer 조합형에서 재래흑염소를 특히, Saanen종과 식별이 가능한 4개의 DNA band가 확인되었다. 따라서, 본 연구에서 AFLP-PCR 기법을 이용하여 검출한 품종 특이적 DNA band들은 우리나라 재래흑염소, 수입흑염소 및 유용종 염소품종들간에 명확히 구별되어 재래종 흑염소 육과 육제품의 품종판별에 매우 유용한 DNA marker로 이용 가능할 것으로 기대된다.

Keywords

References

  1. Aarts, H. J., Van Lith, L. A., and Keijer, J. (1998) Hiah-resolutiongenotyping of SalmoneIla strains by AFLP-fingerprinting. Lett. AppI. MicrobioI., 26, 131-139 https://doi.org/10.1046/j.1472-765X.1998.00302.x
  2. Ajmone-Marsan, P., Valentini, A., Cassandro, M., VecchiottiAntaldi, G., Bertoni, G. and Kuiper, M. (1997) AFLP markers for DNA fingerprinting in cattle. Anim. Genct., 28, 418-426 https://doi.org/10.1111/j.1365-2052.1997.00204.x
  3. Ajmone-Marsan, P., Negrini, R., Crepaldi. P., Milanesi, E., Gorni,C., Valentini, A. and Cicogna, M. (2001) Assessing genetic diversity in Italian goat populations using AFLP markers. Anim.Genet., 32, 281-288 https://doi.org/10.1046/j.1365-2052.2001.00789.x
  4. Anderson, R. M., Mcewan, K. M., Bixley, M. J. and Tate, M. L.(1998) Identification and mapping of species-specific AFLP bandsin deer. Anim. Genet.(Suppl. 1), 25, 13-21 https://doi.org/10.1111/j.1365-2052.1994.tb00049.x
  5. Calvo, J. H., Zaragoza, P. and Osta, R. (2001) Technical note :A quick and more sensitive method to identify pork in processedand unprocessed food by PCR amplification of a new specificDNA fragment. J. Anim. Sci., 79, 2108-2112 https://doi.org/10.2527/2001.7982108x
  6. Colgan, S., O'Brien, L., Maher, M., Shilton, N., McDonnell, K.and Ward, S. (2001) Development of a DNA-based assay forspecies identification in meat and bone meal. Food Research International, 34, 409-414 https://doi.org/10.1016/S0963-9969(00)00185-X
  7. Herbergs, J., Siwek, M., Crooijmans, R. P., Van der Poel, J. J. andGroenen, M. A. M. (1999) Multicolour fluorescent detection andmapping of AFLP markers in chicken(Gallus domesticus). Anim. Genet., 30, 274-286 https://doi.org/10.1046/j.1365-2052.1999.00494.x
  8. Knorr, C., Cheng, H. H. and Dodgson, J. B. (1999) Applicationof AFLP markers to genome mapping in poultry. Anim. Genet.,30, 28-36 https://doi.org/10.1046/j.1365-2052.1999.00411.x
  9. Kingombe, C. I. B., Schlosser, E. L. H., Howald, D., Kuhn, M.,and Jemmi, T. (2001) A PCR-based test for species-specificdetermination of heat treatment conditions of animal meals as aneffective prophylactic method for bovine spongiform encephalopathy. Meat Sci., 57, 35-41 https://doi.org/10.1016/S0309-1740(00)00074-7
  10. Lin, J. J., Kuo, J. and Ma, J. (1996) A PCR-based DNAfingerprinting technique: AFLP for molecular typing of bacteria. Nucl. Acids Res., 24, 3649-3653 https://doi.org/10.1093/nar/24.18.3649
  11. Miller. S. A., Dykes, D. D. and Polesky, H. F. (1988) A simplesalting out procedure for extracting DNA from human nucleatedcells. Nuct. Acids. Res., 16, 1215-1218 https://doi.org/10.1093/nar/16.3.1215
  12. Matsunaga, T., Chikuni, K.., Tanabe, R., Muroya, S., Shibata, K..,Yamada, J. and Shinmura, Y.(1999) A quick and simple methodfor the identification of meat species and meat products by PCRassay. Meat Sci., 51, 143-148 https://doi.org/10.1016/S0309-1740(98)00112-0
  13. Nijman, I. J., Bradley, D. G., Hanotte, O., Otsen, M. and Lenstra,J. A. (1999) Satellite DNA polymorphisms and AFLP correlatewith Bos indicus-taurus hybridization. Anim. Genet., 30, 265-278 https://doi.org/10.1046/j.1365-2052.1999.00475.x
  14. $\dot{O}$vilo, C., Cervera, M. T., Castellanos, C. and Martinez-Zapater,J. M. (2000) Characterization of Iberian pig genotypes usingAFLP markers. Anim. Genet., 24, 117-123
  15. Vos, P., Hogers, R. and Bleeker, M. (1995) AFLP : a new conceptfor DNA fingerprinting. Nucl. Acids. Res., 23, 4407-4409 https://doi.org/10.1093/nar/23.21.4407
  16. 민병록, 한재용, 이무하 (1995) RAPD 기법을 이용한 쇠고기 품종(한우육, 유우육(Holstein육), 수입우육) 구분. 한축지, 37, 651-660
  17. 민중석, 민병록, 한재용. 이무하 (1996) RAPDs를 이용한 육류(한우육.사슴육.면양육.산양육)의 축종 판별. 한축지, 38, 231-238
  18. 이창수, 유영복, 나기준, 조병대, 최병규 (1994) 핵산분석법에 의한 한우의 판별. 한축지, 36, 369-373
  19. 조병욱, 한재용 (1994) 한우 특이적 RAPD 표지인자 개발. 한축지, 36, 263-271
  20. 정의룡, 김우태, 김연수, 한강기 (2000) AFLP marker를 이용한한우의 유전자 지문 분석. 한국동물자원과학회지, 42, 391-406
  21. 정의룡, 김우태, 김연수, 이정구, 한상기 (2001) AFLP Marker를이용한 한국 재래돼지의 유전적 다양성 및 품종식별. 한국동물자원과학회지, 43, 777-788
  22. 정의룡, 김우태, 한상기 (1995) RAPD-PCR 기법을 이용한 젖소의 DNA 다형분석과 유전적 특성에 관한 연구. 한축지. 37, 455-467
  23. 정의룡, 김우태, 김연수, 김계웅, 최순호, 한상기 (1999) DNA 표지인자를 이용한 한국재래산양의 품종식별. 한축지, 41, 257-270
  24. 정의룡, 김우태, 김연수, 한상기 (2000). 소 모색관련 유전자MC1R의 PCR-RFLP marker를 이용한 한우육 판별. 한국동물자원과학회지, 42, 379-390