Proceedings of the Korea Contents Association Conference (한국콘텐츠학회:학술대회논문집)
- 2019.05a
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- Pages.9-10
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- 2019
Stream based DNA Read Deduplication Method
스트림 기반 DNA 리드 중복제거 방법
- Lee, Hyeon-byeong (Chungbuk National University) ;
- Song, Seok-il (Korea National University of Transportation) ;
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Yoo, Jaesoo
(Chungbuk National University)
- Published : 2019.05.17
Abstract
NGS 분석과정 중 증폭된 DNA 리드(Read)는 중복이 발생하여 이로 인해 다음 단계의 정확도 저하 등의 문제를 야기한다. 이 논문에서는 기존 DNA 리드 중복 제거 도구 중 하나인 Samblaster의 중복제거 알고리즘을 이용하여 분산 병렬 형태로 중복제거를 수행하는 방법을 제안한다. 제안하는 중복제거 방법은 중복제거 전단계인 정렬단계애서 정렬된 리드에 대해 중복제거 키를 생성하고 이를 스트림으로 전달하여 중복제거를 수행한다.
Keywords