Proceedings of the Korea Contents Association Conference (한국콘텐츠학회:학술대회논문집)
- 2018.05a
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- Pages.319-320
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- 2018
RNA-seq Analysis Pipeline for Differential Gene Expression
유전자 발현량 비교를 위한 RNA-seq 분석 파이프라인 설계
- Jung, Minah (University of Science and Technology) ;
- Kim, Dae-soo (Korea Research Institute of Bioscience and Biotechnology)
- Published : 2018.05.11
Abstract
여러 단계를 걸쳐 이루어지는 RNA-seq 분석 과정을 한 번에 처리할 수 있는 shell script 파이프라인을 구축하였다. 연구자들로 하여금 trimming, quality control, mapping, assembly, quantification 등 개별 과정을 거치지 않고, 한 줄의 커맨드 라인(command line) 만으로 유전자 발현량과 상대적 발현량 차이를 확인할 수 있는 fold change(FC) 값까지 얻을 수 있도록 하였다.
Keywords