Proceedings of the Korea Information Processing Society Conference (한국정보처리학회:학술대회논문집)

  • 2015.10a
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  • Pages.41-44
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  • 2015
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  • 2005-0011(pISSN)
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  • 2671-7298(eISSN)
Korea Information Processing Society (한국정보처리학회)
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A Greedy Algorithm for Haplotype Phasing

하플로타입 페이징에 대한 탐욕적 알고리즘

  • Kim, Eun-Kwang (Dept. of Computer Science & Engineering, Sejong University) ;
  • Na, Joong Chae (Dept. of Computer Science & Engineering, Sejong University)
  • 김은광 (세종대학교 컴퓨터공학과) ;
  • 나중채 (세종대학교 컴퓨터공학과)
  • Published : 2015.10.28
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Abstract

하플로타입 페이징이란 상동 염색체의 DNA 염기 서열로부터 hetero SNP만을 읽어 들여 프래그먼트들을 만들고 이 프래그먼트들을 조합하여 하플로타입을 결정하는 것을 말한다. 하플로타입 페이징 과정에서 프래그먼트들의 조합은 무수히 많이 존재하며 때문에 하플로타입을 결정하기 위한 효율적인 알고리즘이 필요하다. 본 논문에서는 하플로타입 페이징 알고리즘들의 정확도 비교를 위해 제공되고 있는 데이터들을 가지고 탐욕적 알고리즘을 사용하여 하플로타입 페이징을 했을 경우 얼마나 정답과 유사한 하플로타입을 얻을 수 있는지를 분석하였다. 실험 결과 모든 데이터에 대하여 약 80%의 꽤 높은 정답률을 보였다. 더 나아가, 정답률이 저조한 구간에 대한 원인 분석을 한다.

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