한국정보처리학회:학술대회논문집 (Proceedings of the Korea Information Processing Society Conference)
- 한국정보처리학회 2013년도 추계학술발표대회
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- Pages.103-106
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- 2013
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- 2005-0011(pISSN)
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- 2671-7298(eISSN)
DOI QR Code
멀티 코어 시스템을 이용한 MC-SAMtools
MC-SAMtools using a multi-core system
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김민호
(한국전자통신연구원)
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임명은
(한국전자통신연구원)
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- 최재훈 (한국전자통신연구원) ;
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박수준
(한국전자통신연구원)
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최완
(한국전자통신연구원)
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정호열
(한국전자통신연구원)
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Kim, Minho
(Electronics and Telecommunications Research Institute)
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Lim, Myung-Eun
(Electronics and Telecommunications Research Institute)
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- Choi, Jae-Hoon (Electronics and Telecommunications Research Institute) ;
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Park, Soo Jun
(Electronics and Telecommunications Research Institute)
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Choi, Wan
(Electronics and Telecommunications Research Institute)
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Jung, Ho-Youl
(Electronics and Telecommunications Research Institute)
- 발행 : 2013.11.08
초록
SAMtools는 NGS 데이터의 alignment 결과에 대해 사실상의 표준으로 쓰이고 있는 SAM 포맷의 데이터를 다루는 많은 연구자들에게 애용되는 tool 들을 포함하고 있는 SW 이다. 최근 멀티코어 처리장치 HW 기술이 적용된 alignment SW 들이 속속 공개되어 성능향상을 보여주고 있으나, SAMtools 는 그렇지 못한 실정이어서 점점 더 NGS 데이터 처리의 병목구간으로 작용하고 있다. 이러한 문제를 해결하기 위하여 본 논문에서는 멀티코어 CPU 를 효과적으로 활용한 고성능의 MC-SAMtools SW를 제시하고자 한다.
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