한국정보과학회:학술대회논문집 (Proceedings of the Korean Information Science Society Conference)

한국정보과학회 (Korean Institute of Information Scientists and Engineers)
권호 표지

RNA-Seq 데이터를 이용한 전사체 분석 도구

A Transcriptome Analysis Tool using RNA-Seq Data

  • 공진화 (한림대학교 컴퓨터공학과) ;
  • 신재문 (한림대학교 컴퓨터공학과) ;
  • 원정임 (한양대학교 전기정보통신기술연구소) ;
  • 이은주 (한림대학교 전자공학과) ;
  • 윤지희 (한림대학교 컴퓨터공학과)
  • Kong, Jin-Hwa (Dept. of Computer Engineering, Hallym University) ;
  • Shin, Jae-Moon (Dept. of Computer Engineering, Hallym University) ;
  • Won, Jung-Im (Research Institute of Electrical and Computer Engineering, Hanyang University) ;
  • Lee, Un-Joo (Dept. of Electronic Engineering, Hallym University) ;
  • Yoon, Jee-Hee (Dept. of Computer Engineering, Hallym University)
  • 발행 : 2012.06.22

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초록

전사체(transcriptome) 분석이란 주어진 조건 하에서 현재 세포 내에 발현된 모든 트랜스크립트의 종류와 양을 밝히는 것을 의미하며, 분석 결과는 질병 관련성/유전적 요인 규명 등의 연구에 직접 활용한다. 우리는 선행 연구에서 RNA-Seq 데이터를 이용하여 선택 스플라이싱 과정에 의하여 생성되는 모든 트랜스크립트의 유형을 분류/추출하는 새로운 방법론을 제안한 바 있다. 그 후속 연구로서 본 연구에서는 시간/공간 효율적인 알고리즘 구현을 위한 최적화 방법론을 제안하고, 실용화를 위한 전사체 분석 도구 개발에 대하여 논한다. 개발된 전사체 분석 도구에서는 기존의 분석 도구와 달리 RNA-Seq 데이터의 단계적 분석 결과를 시각적 뷰어를 통하여 검색 가능하며, 이들 기능은 복잡한 전사체 분석 결과의 이해와 타당성 검증에 활용한다.

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