Proceedings of the Korea Information Processing Society Conference (한국정보처리학회:학술대회논문집)

  • 2012.11a
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  • Pages.1340-1343
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  • 2012
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  • 2005-0011(pISSN)
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  • 2671-7298(eISSN)
Korea Information Processing Society (한국정보처리학회)
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Transcriptome visualization framework development

전사체 시각화 프레임워크 개발

  • Hwang, HyeRyeon (Dept of Computer Engineering, Pusan National University) ;
  • Kim, Sora (Dept of Computer Engineering, Pusan National University) ;
  • Cho, Hwan-Gue (Dept of Computer Engineering, Pusan National University)
  • 황혜련 (부산대학교 컴퓨터공학과) ;
  • 김소라 (부산대학교 컴퓨터공학과) ;
  • 조환규 (부산대학교 컴퓨터공학과)
  • Published : 2012.11.22
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Abstract

정보의 시각화는 추상적 정보를 직관적으로 이해하기 쉽도록 시각적으로 명확하게 표현하는 방법을 말한다. 대용량의 바이오 데이터를 다루는 생물정보학(bioinformatics) 분야에서는 컴퓨터의 높은 성능을 활용하여 수많은 유전학적 데이터들을 분석하고 있다. 다양한 생물정보학 실험에서 전사체는 특정한 조건에서 발현된 RNA의 총합을 말한다. 분석된 전사체 정보는 텍스트형태로 제공이 되는데 이를 사용자가 수작업으로 비교하는 데에는 한계가 있다. 따라서 분석된 전사체 정보를 효과적으로 인지할 수 있도록 시각화하는 연구들이 진행되고 있다. 본 논문에서는 그래프 라이브러리인 yFile을 활용하여 추정된 전사체를 실시간으로 시각화하여 제공하는 방법을 제안한다. GTF파일을 입력받아서 데이터베이스에 저장하고 이 정보를 이용하여 그래프를 생성한다. 실험 결과는 전사체를 시각화 하는 방법을 통하여 다양한 전사체 정보를 알아 낼 수 있고, 최종적으로는 novel gene을 찾는 것이 가능할 것으로 기대한다.

Keywords