Proceedings of the Korea Information Processing Society Conference (한국정보처리학회:학술대회논문집)

  • 2009.04a
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  • Pages.379-382
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  • 2009
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  • 2005-0011(pISSN)
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  • 2671-7298(eISSN)
Korea Information Processing Society (한국정보처리학회)
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Predict Protein Secondary Structure based on Emerging Sequence Mining

출현 시퀀스 마이닝 기반의 단백질 2 차 구조 예측

  • Li, Meijing (Database/Bioinformatics Laboratory, Chungbuk National University) ;
  • Lee, Heon Gyu (Poster Technology Research Center, Electronics & Telecommunications Research Institute) ;
  • Saeed, Khalid E.K. (Database/Bioinformatics Laboratory, Chungbuk National University) ;
  • Shon, Ho Sun (Database/Bioinformatics Laboratory, Chungbuk National University) ;
  • Ryu, Keun Ho (Database/Bioinformatics Laboratory, Chungbuk National University)
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  • 이헌규 (한국전자통신연구원 우정물류기술연구부) ;
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  • 손호선 (충북대학교 데이터베이스/바이오인포메틱스 연구실) ;
  • 류근호 (충북대학교 데이터베이스/바이오인포메틱스 연구실)
  • Published : 2009.04.23
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Abstract

최근 단백질 기능 예측을 위한 서열비교와 구조비교 기법들은 정확한 분류가 가능한 반면, 새로운 단백질 기능 분류를 함에 있어서 많은 복잡도가 따른다. 따라서 이 논문에서는 보다 빠른 단백질의 구조 분류 및 예측을 위하여 출현 시퀀스(emerging sequence)를 기반으로 하는 분류기법을 제안하였다. 이 기법에서는 먼저, 출현 시퀀스 마이닝 알고리즘을 이용하여 단백질 서열 데이터로부터 4 가지의 단백질 2 차 구조 출현 시퀀스를 발견하고, SVM을 이용하여 단백질의 출현 시퀀스 속성으로부터 단백질의 2 차 구조를 예측하였다.

Keywords