Acknowledgement
이 논문은 한국과학재단에서 지원하는 우수연구 센터사업 종양의료 개인특화를 위한 기기, 시스템 연구센터(ERC)의 2008년도 연구과제 지원에 의한 결과임.
Proceedings of the Korea Information Processing Society Conference (한국정보처리학회:학술대회논문집)
- 2008.11a
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- Pages.340-343
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- 2008
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- 2005-0011(pISSN)
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- 2671-7298(eISSN)
DOI QR Code
Constructing Gene Regulatory Networks using Temporal Relation Rules from 3-Dimensional Gene Expression Data
3차원 유전자 발현 데이터에서의 시간 관계 규칙을 이용한 유전자 상호작용 조절 네트워크 구축
- Meijing Li (Database/Bioinformatics Laboratory, Chungbuk National University) ;
- Jin Hyoung Park (Database/Bioinformatics Laboratory, Chungbuk National University) ;
- Heon Gyu Lee (Database/Bioinformatics Laboratory, Chungbuk National University) ;
- Keun Ho Ryu (Database/Bioinformatics Laboratory, Chungbuk National University)
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- 박진형 (충북대학교 데이터베이스/바이오인포메틱스 연구실) ;
- 이헌규 (충북대학교 데이터베이스/바이오인포메틱스 연구실) ;
- 류근호 (충북대학교 데이터베이스/바이오인포메틱스 연구실)
- Published : 2008.11.14
Abstract
유전자들은 복잡한 상호작용을 통해 세포의 기능이 조절된다. 상호작용하는 유전자 그룹들을 유전자 조절 네트워크라고 한다. 기존의 유전자 조절 네트워크는 2D microarray 데이터를 이용하여 시간의 흐름에 따른 유전자간의 상호작용을 알 수가 없었다. 이 논문에서는 시간의 변화에 따른 유전자들 간의 조절관계를 살펴 볼 수 있는 조절네트워크 모델링의 방법을 제시한다. 유전자의 발현양을 표시하기 위해 이진 이산화 방법을 사용하였고 3D microarray 데이터에서 유전자 발현 패턴을 찾기 위해 Cube mining 알고리즘을 적용하였고, 유전자간의 관계를 밝히기 위해 시간 관계 규칙탐사 기법을 사용하여 유전자들 간의 시간 관계를 포함한 유전자 조절네트워크를 구축하였다. 이 연구는 시간의 흐름에 따른 유전자간의 상호작용을 알 수 있으며, 모델링된 조절 네트워크를 이용하여 기능이 아직 발견되지 않은 유전자들의 기능을 예측 할 수 있다.
Keywords