Proceedings of the Korea Information Processing Society Conference (한국정보처리학회:학술대회논문집)

  • 2008.11a
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  • Pages.785-787
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  • 2008
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  • 2005-0011(pISSN)
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  • 2671-7298(eISSN)
Korea Information Processing Society (한국정보처리학회)
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Modified Chi-square Method for Prediction of Unannotated Proteins from Protein Interaction Network

단백질 상호작용 네트워크에서 단백질 기능 예측을 위한 Modified Chi-square 기법

  • Tae-Ho Kang (School of Electrical & Computer Engineering, Chungbuk National University) ;
  • Jae-Soo Yoo (School of Electrical & Computer Engineering, Chungbuk National University)
  • 강태호 (충북대학교 전기전자컴퓨터공학부) ;
  • 유재수 (충북대학교 전기전자컴퓨터공학부)
  • Published : 2008.11.14
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Abstract

생명체의 생명현상을 주관하는 각종 화학반응들은 단백질이 관여하고 있다. 단백질은 일정한 질서에 따라 서로 조립되기도 하고, 기능적으로 연관돼 네트워크를 이루고 있다. 이 네트워크를 구성하는 단백질-단백질 상호작용은 단백질의 기능과 밀접하게 관련되어 있다. 즉, 상호작용하는 단백질은 같은 기능을 수행할 가능성이 크다. 이러한 사실은 단백질-단백질 상호작용을 통해 기능이 알려지지 않은 미지 단백질의 기능을 예측할 수 있게 한다. 대표적인 연구로는 이웃 노드에 존재하는 기능분포를 이용하는 이웃노드 카운트(Neighborhood Counting)방식과 특정 기능의 나타날 빈도를 계산하여 기능을 예측하는 카이-제곱(Chi-Square)방식 등이 있다. 본 논문에서는 단백질 기능 예측의 정확성을 높이기 위해 이들 두 방식의 장점을 취합한 보완된 카이-제곱 방식을 제안한다. 그리고 다양한 단백질 상호작용 네트워크 데이터를 비교 분석하여 보완된 카이-제곱 방식이 기능 예측의 정확성이 높음을 증명한다.

Keywords

Acknowledgement

이 논문은 2008년 정부(교육과학기술부)의 지원을 받아 수행된 연구임(지역거점연구단육성사업/충북BIT연구중심대학육성사업단)