Development of a browser for signal transduction network to simulate biochemical reaction in a cell

생체내 반응 시뮬레이션을 위한 신호전달 네트워크 브라우저 개발

After introducing some experiment methods including immunoprecipitation and yeast two-hybrid screening, the pool of molecular interaction data is growing fast and databases are produced dramatically. But it is difficult to apply the information to molecular kinetic studies for understanding disease. In this paper, we developed a program that can browse and visualize interactions of cellular molecules using importing heterogeneous external data file. This program support 3D view to navigate and understand more easily and making a signal transduction model that user wants and simulating function to research the model. It was tested for signal transduction of chmotaxis in bacteria.

분자상호작용에 대한 실험방법이 소개되면서 이 분야의 자료가 빠르게 증가되고 있으며, 이와 관련된 데이터베이스는 급격히 증가하고 있다. 하지만 이와 같은 정보를 기반으로 질병의 이해와 같은 분자수준의 반응 기작 연구의 활용에는 어려움이 있었다. 본 연구 우리는 다양한 형태의 분자상호작용 정보를 불러들이고 이를 가시화 할 수 있는 브라우저를 개발하였다. 이 프로그램은 복잡한 구조의 상호작용을 좀더 쉽게 이해시킬 수 있도록 3차원 형태의 네비게이션 기능을 제공하며, 이를 통해 연구자가 자신의 원하는 상호작용 모델을 생성할 수 있도록 해준다. 또한 얻어진 모델을 이용하여 손쉽게 분자 시뮬레이션을 수행할 수 있도록 시뮬레이션 기능을 제공한다. 대장균의 주화성에 대한 신호전달기작을 대상으로 시뮬레이션 분석과정을 테스트해 보았다.