한국정보과학회:학술대회논문집 (Proceedings of the Korean Information Science Society Conference)

한국정보과학회 (Korean Institute of Information Scientists and Engineers)
권호 표지

Decision Tree와 SNP정보를 이용한 간경화 환자의 감수성 예측

Pridict of Liver cirrhosis susceptibility using Decision tree with SNP

  • 김동회 (한림대학교 컴퓨터공학과) ;
  • 엄상용 (한림대학교 컴퓨터공학과) ;
  • 조성원 (아주대학교 간소화기 질환센터) ;
  • 함기백 (아주대학교 간소화기 질환센터) ;
  • 김진 (한림대학교 컴퓨터공학과)
  • Kim, Dong-Hoi (Dept of Computer Engineering, Hallym University) ;
  • Uhmn, Saang-Yong (Dept of Computer Engineering, Hallym University) ;
  • Cho, Sung-Won (Ajou university Medical Center Genomic Research Center for Gastroenteroloy) ;
  • Ham, Ki-Baek (Ajou university Medical Center Genomic Research Center for Gastroenteroloy) ;
  • Kim, Jin (Dept of Computer Engineering, Hallym University)
  • 발행 : 2006.10.20
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초록

본 논문에서는 SNP데이터를 이용하여 간경화에 대한 감수성을 예측하기 위해 의사결정 트리를 이용하였다. 데이터는 간경화 환자와 정상환자 총 116명의 데이터를 사용하였으며, Feature 값으로는 간질환과 밀접한 연관성을 갖는 28개의 SNP데이터를 사용하였다. 실험방법은 각각의 SNP에 대하여 의사결정트리로 분류율을 측정한 후 가장 높은 분류율을 가지는 SNP부터 조합해 나가는 방식으로 C4.5 의사결정트리를 이용 leave-one-out cross validation으로 간경화와 정상을 구분하는 정확도를 측정하였다. 실험결과 간 질환 관련 SNP중 IL1RN-S130S, IRNGR2-Q64R, IL-10(-592), IL1B_S35S 4개의 SNP조합에서 65.52%의 정확도를 얻을 수 있었다.

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