Proceedings of the Korean Information Science Society Conference (한국정보과학회:학술대회논문집)
- 2006.10a
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- Pages.63-66
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- 2006
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- 1598-5164(pISSN)
Pridict of Liver cirrhosis susceptibility using Decision tree with SNP
Decision Tree와 SNP정보를 이용한 간경화 환자의 감수성 예측
- Kim, Dong-Hoi (Dept of Computer Engineering, Hallym University) ;
- Uhmn, Saang-Yong (Dept of Computer Engineering, Hallym University) ;
- Cho, Sung-Won (Ajou university Medical Center Genomic Research Center for Gastroenteroloy) ;
- Ham, Ki-Baek (Ajou university Medical Center Genomic Research Center for Gastroenteroloy) ;
- Kim, Jin (Dept of Computer Engineering, Hallym University)
- 김동회 (한림대학교 컴퓨터공학과) ;
- 엄상용 (한림대학교 컴퓨터공학과) ;
- 조성원 (아주대학교 간소화기 질환센터) ;
- 함기백 (아주대학교 간소화기 질환센터) ;
- 김진 (한림대학교 컴퓨터공학과)
- Published : 2006.10.20
Abstract
본 논문에서는 SNP데이터를 이용하여 간경화에 대한 감수성을 예측하기 위해 의사결정 트리를 이용하였다. 데이터는 간경화 환자와 정상환자 총 116명의 데이터를 사용하였으며, Feature 값으로는 간질환과 밀접한 연관성을 갖는 28개의 SNP데이터를 사용하였다. 실험방법은 각각의 SNP에 대하여 의사결정트리로 분류율을 측정한 후 가장 높은 분류율을 가지는 SNP부터 조합해 나가는 방식으로 C4.5 의사결정트리를 이용 leave-one-out cross validation으로 간경화와 정상을 구분하는 정확도를 측정하였다. 실험결과 간 질환 관련 SNP중 IL1RN-S130S, IRNGR2-Q64R, IL-10(-592), IL1B_S35S 4개의 SNP조합에서 65.52%의 정확도를 얻을 수 있었다.
Keywords