Proceedings of the Korean Institute of Intelligent Systems Conference (한국지능시스템학회:학술대회논문집)

Korean Institute of Intelligent Systems (한국지능시스템학회)
권호 표지

A Constraint-based Three-Dimensional Visualization Method of Operational Taxonomic Units for Phylogenetic Analysis

계통발생학적 분석을 위한 분류 단위의 제약조건 기반의 3차원 시각화 기법

  • Lee Sun-a (School of Electrical and Computer Engineering, Chungbuk National University) ;
  • Lee Keon Myung (School of Electrical and Computer Engineering, Chungbuk National University)
  • Published : 2005.11.01
Download PDF
⟨ Previous Next ⟩

Abstract

계통발생학적 분석기법은 서열의 유사성을 비교하여 이들의 유연관계를 알아내는 것으로, 각각의 관계를 시각적으로 표현하는 것이 매우 중요하다. 일반적으로 2차원 계통수를 사용한다. 그러나 2차원으로 시각화했을 때 서로 유사성이 높은 OTU(Operational Taxonomic Unit)들을 서로 멀리 떨어뜨려 놓는 경우도 생기게 된다. 이 논문에서는 이러한 점을 보완하고자 3차원 공간에 OTU들을 배치시키기 위한 2단계 좌표 배치 기법을 제안한다. 단계는 유클리디안 거리를 3차원 좌표로 변환하는 것이다. 1단계 방법은 서열의 비교 순서에 영향을 받기 때문에 2단계를 통해 유전자 알고리즘 기법을 적용하여 보다 적절한 좌표를 찾는다.

Keywords