Proceedings of the Korean Information Science Society Conference (한국정보과학회:학술대회논문집)

  • 2004.04b
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  • Pages.331-333
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  • 2004
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  • 1598-5164(pISSN)
Korean Institute of Information Scientists and Engineers (한국정보과학회)
권호 표지

LD-based Algorithm for Haplotype Block Partitioning

Haplotype 블록 분할을 위한 LD 기반 알고리즘

  • 나경락 (중앙대학교 컴퓨터공학부 알고리즘 및 정보보호 연구실) ;
  • 김상준 (중앙대학교 컴퓨터공학부 알고리즘 및 정보보호 연구) ;
  • 여상수 (중앙대학교 컴퓨터공학부 알고리즘 및 정보보호 연구) ;
  • 김성권 (중앙대학교 컴퓨터공학부 알고리즘 및 정보보호 연구실)
  • Published : 2004.04.01
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Abstract

본 연구는 Haplotype 데이터에서 나타나는 별개의 Haplotype의 수를 최소화하는 블록으로 분할하는 방법을 제안한다. Multi-population case인 Haplotype 데이터를 분석하기 위해 패턴의 개수를 최소한으로 줄이는 볼록 분할 방법은 전산학적인 최적해의 의미를 가지게 되며, 이와 더불어 생물학적인 의미를 가지는 블록 경계를 찾기 위해 ｜D'｜ 을 계산하고 LD를 분석하였다 분석된 LD는 블록 분할 알고리즘에서 블록 결정 함수로 사용하였으며, 이에 대한 검정은 X$^2$-test를 통해 이루어졌다. 많은 Sample로 구성된 Haplotype 데이터로부터 평균 패턴의 개수를 최소화하고 긴 블록 길이를 가지는 블록 분할의 결과를 얻었다.

Keywords