한국지능시스템학회:학술대회논문집 (Proceedings of the Korean Institute of Intelligent Systems Conference)

한국지능시스템학회 (Korean Institute of Intelligent Systems)
권호 표지

미생물 다양성 분석을 위한 웹 기반의 생물정보도구 개발

Web-based Research Assistant Tools for Analysis of Microbial Diversity

  • 강병철 (부산대학교 대학원 생물정보협동과정) ;
  • 김현진 (부산대학교 대학원 생물정보협동과정, 부산지놈센터) ;
  • 박준형 (부산대학교 대학원 생물정보협동과정, 부산지놈센터) ;
  • 박희경 (부산대학교 의과대학 생화학교실) ;
  • 김철민 (부산대학교 대학원 생물정보협동과정, 부산지놈센터, 부산대학교 의과대학 생화학교실)
  • 발행 : 2004.04.01
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초록

생태학, 환경공학, 임상진단 둥 여러 생물학 분야에서 미생물의 다양성 연구의 중요성이 대두되고 그 연구가 점증하고 있다. 특히 16S rRNA를 분자지표로한 DNA 염기서열 분석방법이 널리 사용되고 있다. 본 논문에서는 16S rRNA의 염기서열 분석과정을 각 단계별로 자동화하고, 생물학자들의 결과 판단이나 사용상의 편의를 도모하기 위하여 웹기반의 미생물 다양성 분석 어플리케이션을 개발하였다. 개발을 위하여 단계별 자동화 및 인터페이스 개발에 적합한 폴더 프로세스-필터 모델을 고안하고 적용하였다. 제공되는 생물정보분석도구는 서열입력, 서열방향교정, 다중서열정렬 및 가시화, 서열동정 등의 분석등이 있으며, 각 결과는 계통분류도구와 호환가능하도록 하였다. 또한 신생아의 장내 세균총에 대한 분석을 수행하여 개발된 도구의 유용성을 확인하였다. 개발된 웹 에플리케이션은 리눅스 시스템 상에서 Perl 과 CGI를 이용하였으며, http: //home.pusan.ac.kr/~genome/tools/rat.htm으로 접속하여 사용할 수 있다.

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