Proceedings of the Korean Information Science Society Conference (한국정보과학회:학술대회논문집)

  • 2003.04a
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  • Pages.638-640
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  • 2003
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  • 1598-5164(pISSN)
Korean Institute of Information Scientists and Engineers (한국정보과학회)
권호 표지

Development of Bioinformatic Database and Converting Tools based on BSML

BSML 기반의 유전자 데이터베이스와 변환기의 구축

  • 윤애란 (이화여자대학교 컴퓨터학과 데이터베이스 연구실) ;
  • 이수정 (이화여자대학교 컴퓨터학과 데이터베이스 연구실) ;
  • 이희전 (이화여자대학교 컴퓨터학과 데이터베이스 연구실) ;
  • 용환승 (이화여자대학교 컴퓨터학과 데이터베이스 연구실)
  • Published : 2003.04.01
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Abstract

최근 바이오인포매틱스 분야의 발전에 따라 방대한 양의 유전체 데이터에 대한 연구가 진행되고 있으며, 이러한 데이터를 효율적으로 다루기 위해 다양한 형태의 파일과 데이터베이스들이 사용되고 있다. 하지만 표준화의 미비로 인하여 데이터의 관리와 변환에 어려움이 많다. 본 논문에서는 이러한 문제점을 해결하기 위하여 바이오인포매틱스 데이터를 다루기 위한 표준으로 다양한 XML 포맷들 중에서 BSML(Bioinformatic Sequence Markup Language)을 채택하고, Genbank 파일을 변환하여 관계형 데이터베이스에 저장하는 모듈을 개발한다. 또한 관계형 데이터베이스 형태의 유전체 데이터를 BSML 형태로, Genbank 파일 형태를 BSML 형태로 그리고 AGAVE(Architecture for Genomic Annotation)파일 형태를 BSML 형태로 변환하는 변환기롤 개발하고자 한다.

Keywords