Implementation of integrated motif database and Design of meta engine

모티프 자원 통합 데이터베이스 구축 및 메타엔진 설계

  • Lee, Bum-Ju (Database Laboratory, Chungbuk National University) ;
  • Choi, Eun-Sun (Database Laboratory, Chungbuk National University) ;
  • Ryu, Keun-Ho (Database Laboratory, Chungbuk National University)
  • 이범주 (충북대학교 데이터베이스연구실) ;
  • 최은선 (충북대학교 데이터베이스연구실) ;
  • 류근호 (충북대학교 데이터베이스연구실)
  • Published : 2002.11.15

Abstract

새롭게 발견되는 단백질의 구조와 기능 예측에 사용되는 모티프는 단백질 원시 데이터가 빠르게 증가함에 따라 그 중요성 역시 나날이 증가하고 있으며 이러한 모티프에 대한 다양한 서열 메소드들과 데이터베이스들이 개발되었다. 그러나, 이러한 모티프 데이터베이스들은 각각 이질적인 데이터 구조를 지니고 독자적으로 개발, 개발되어 왔기 때문에 서로 다른 형태의 검색 결과를 제공한다. 따라서 사용자는 각 데이터베이스에서 사용하는 데이터 구조들에 대한 전반적인 지식을 습득해야 하며 모티프 데이터베이스들 각각에 대해 중복된 반복 검색 작업들을 수행하여야 한다. 따라서 이 논문에서는 이러한 문제 해결을 위해, 각각의 모티프 데이터베이스들에서 제공하는 자원을 분해하고, 합병하는 과정을 거쳐 하나의 통합된 모티프 데이터베이스를 구축하였고, 기존의 데이터베이스에서 지원하지 못했던 단백질 3차 구조정보, 분류 정보의 지원을 가능케 하였고, 각 멤버 데이터베이스 검색 메소드의 장점을 그대로 적용할 수 있는 메타 엔진을 설계하여 사용자 편의적 검색 환경을 제공한다.

Keywords