Proceedings of the Korea Information Processing Society Conference (한국정보처리학회:학술대회논문집)

  • 2001.10a
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  • Pages.105-108
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  • 2001
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  • 2005-0011(pISSN)
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  • 2671-7298(eISSN)
Korea Information Processing Society (한국정보처리학회)
권호 표지

Buliding Clustered EST database for In Silico Cloning

전산 클로닝을 위한 Clustered EST 데이터베이스 구축

  • Lee, Jin-Kwan (Database Laboratory, Chung-buk National University) ;
  • Choi, Eun-Sun (Database Laboratory, Chung-buk National University) ;
  • Ryu, Keun-Ho (Database Laboratory, Chung-buk National University)
  • 이진관 (충북대학교 데이터베이스연구실) ;
  • 최은선 (충북대학교 데이터베이스연구실) ;
  • 류근호 (충북대학교 데이터베이스연구실)
  • Published : 2001.10.12
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Abstract

cDNA(complementary DNA)를 복제(cloneing)하여 염기 서열화 한 EST(Expressed Sequence Tag) 데이터는 여러 생물체들의 염기서열 정보들과 비교를 통해 유사점을 찾거나 기능적 부위 검색을 통해 유전자 기능을 추정한 수 있어 기능 유전체 연구에 많이 사용되고 있다. EST 데이터를 식물은 특정종(Species)별로, 동물의 경우 종의 조직별로 클러스터링 함으로써 아직 알려지지 않은 종의 유전자를 밝혀낼 수 있음은 물론 유전자의 발현에 따른 단백질의 기능도 알아낼 수 있다. 따라서 이 논문에서는 NCBI에서 flatfile 형태로 제공하는 EST 데이터를 분석하여 관계형 데이터베이스로 모델링하고 구축하였다. 또한 EST 데이터의 효율적인 사용을 위하여 데이터를 특정 종의 조직별로 클러스터링하여 제공하는 시스템을 설계하고 구현하였다.

Keywords