한국정보과학회:학술대회논문집 (Proceedings of the Korean Information Science Society Conference)

한국정보과학회 (Korean Institute of Information Scientists and Engineers)
권호 표지

복수 염기서열 정렬을 위한 휴리스틱에 관하여

On heuristics for multiple sequence alignment

  • 김진 (건국대학교 전산과학과) ;
  • 장연아 (한림대학교 컴퓨터공학과) ;
  • 최홍식 (한림대학교 컴퓨터공학과)
  • Kim, Jin (Dept of Computer Science, Konkuk University) ;
  • Chang, Yeon-Ah (Dept. of Computer Engineering, Hallym University) ;
  • Choi, Hong-Sik (Dept. of Computer Engineering, Hallym University)
  • 발행 : 1999.10.01
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초록

복수 염기서열 정렬(multiple sequence alignment)은 염기서열들 사이의 진화관계, 단백질의 구조와 기능에 관한 연구에 필수적인 도구이다. 다이나믹 프로그래밍(dynamic programming) 방법은 대부분의 경우에 있어 최적의 염기서열 정렬 결과를 제공할 수 있다. 그러나 그것이 사용하는 갭 비용함수 때문에 특별한 경우에 최적의 염기서열 정렬을 만들어 내지 못한다. 본 논문에서는 다이나믹 프로그래밍에 의해 획득된 염기서열을 개선하기 위한 휴리스틱 방법을 제안한 후, 실제 단백질 데이터를 가지고 성능 분석을 한다.

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